A estas alturas, muchos de ustedes han visto el anuncio reciente que nuestro producto JMP Genomics actual ya no se venderá a nuevos clientes después del 31 de marzo S t .Esta decisión ha generado varias preguntas internamente y, a medida que los clientes escuchan esta noticia, esperamos que tengan preguntas similares. Estas son algunas de esas preguntas junto con las respuestas de desarrollo y gestión de productos.
Pregunta: ¿Estamos abandonando a nuestros clientes de JMP Genomics?¿Los métodos y herramientas de análisis de datos "-ómicos" siguen siendo una parte importante de la visión y hoja de ruta de nuestro producto?
Respuesta: No, no estamos abandonando a nuestros clientes, y sí, tenemos la intención de apoyar a nuestros clientes de genómica y ciencias biológicas relacionadas mejor que nunca, pero ahora con JMP Pro y no con un producto separado dedicado a la genómica. El campo de la genómica está creciendo en uso e importancia, más allá de la investigación académica o básica, y esperamos que nuestros clientes actuales y futuros deseen utilizar nuestros productos para resolver problemas importantes en esta área.
Pregunta: ¿Por qué estamos haciendo este movimiento en este momento, y tan rápido?
Respuesta: Las mejoras planificadas para JMP Pro 17 proporcionarán un nivel avanzado de capacidad y rendimiento que le permitirá valerse por sí mismo sin necesidad de que SAS proporcione capacidades de análisis adicionales.Además, ahora debemos forjar nuestro propio camino y ya no proporcionaremos productos SAS como parte de ninguna de nuestras ofertas de productos JMP después de este año.Al mismo tiempo, ya existían planes para implementar una transición para hacer que nuestros productos de ciencias de la vida utilicen únicamente JMP.Con todas estas consideraciones, este es el mejor momento para tomar esta decisión.
Pregunta: ¿Cuáles serán algunos de los beneficios de esta transición?
Respuesta: El producto anterior de JMP Genomics tenía un front-end JMP y usaba SAS como back-end, y por eso tenía algunos inconvenientes:
- Fue difícil de instalar porque requería un paquete de instalación grande (12 GB), principalmente debido a los componentes SAS. Ahora, con Genomics dentro de JMP Pro, es fácil de descargar (menos de 1 GB) y rápido de instalar.
- Los usuarios de Genomics tenían que pedir una versión especial de JMP. Ahora tendrán las funciones que necesitan dentro de JMP Pro; no habrá necesidad de obtener un producto o complemento diferente.
- Se requería SAS en versiones anteriores porque JMP no tenía todas las características necesarias para manejar datos de Genómica, incluida la importación y algunos métodos estadísticos. Ahora JMP puede hacer casi todas estas cosas sin necesidad de SAS.
- El uso de conjuntos de datos SAS en el disco sufría un acceso lento al disco, archivos grandes sin comprimir y una falta de coincidencia entre los archivos SAS y JMP. Bajo JMP Pro, los archivos serán mucho más pequeños, en forma comprimida, directamente accesibles para todas las plataformas, y todo el análisis estará en la memoria, mucho, mucho más rápido.
- Anteriormente, los archivos a menudo tenían que apilarse en forma "alta", con pocas columnas y una gran cantidad de filas. El formulario alto era un desperdicio, con datos de sujeto repetidos en todos los elementos de ese sujeto. Es mucho mejor en forma "ancha"; no solo es mucho más compacto, sino que utiliza muchas funciones nuevas en JMP Pro para hacer que el manejo de datos amplios sea rápido y fácil.
- Hemos eliminado los cuellos de botella en JMP Pro 17 que anteriormente ralentizaban el manejo de cientos de miles de columnas. Las rutinas de uso común ahora tienen subprocesos múltiples y están optimizadas para problemas amplios, a veces cientos de veces más rápido que antes.
Pregunta: ¿Qué capacidades y características habrá en JMP Pro 17 que satisfagan las necesidades de los usuarios actuales de Genomics y que atraigan a los científicos de datos genómicos?
Respuesta: JMP Pro 17 será uno de los únicos paquetes de software de análisis avanzado que ofrece la combinación de una experiencia de usuario interactiva y atractiva que permite una rápida exploración de datos genómicos con solo apuntar y hacer clic, herramientas avanzadas de modelado predictivo y multivariante, y un sistema flexible y plataforma adaptativa (a través de JMP Scripting e integración con otras herramientas de ciencia de datos). Las nuevas capacidades de JMP Pro para este tipo de trabajo incluyen:
- Mejoras de rendimiento y salida para varias plataformas (incluyendo Evaluación de respuesta , Componentes principales , Modelo de ajuste , Ajuste mixto , Jerárquico Agrupación , Agrupación de K-Means ) para manejar mejor mesas grandes y anchas
- Un nuevo submenú de Genética con dos nuevas plataformas: Estadísticas de marcador y Simulación de marcador
- Métodos de reducción y resumen de dimensiones multivariadas, incluidos t-SNE y UMAP, en un nuevo Incrustación multivariante plataforma
- Importación optimizada de archivos IDAT de Illumina
- Nuevos materiales de capacitación detallados que brindan numerosos consejos, estrategias y flujos de trabajo comunes de análisis genómico
Las herramientas tradicionales para analizar datos genómicos solían estar basadas en programación, lo que requería una larga curva de aprendizaje para aprender el lenguaje de programación. Con JMP Pro, todo es interactivo, apuntar y hacer clic, subir y usar fácilmente. Todos los gráficos son completamente interactivos y el análisis se convierte en un viaje de descubrimiento, en el que se siguen pistas y se obtienen conocimientos de los gráficos. Compare esto con el proceso de trabajo basado en guiones cargado de aprendizaje y planificación anticipada que domina el proceso con herramientas de código abierto. Con JMP, los investigadores pueden concentrarse en el tema, en lugar de pasar todo el tiempo luchando contra las herramientas de análisis.Para los usuarios avanzados que ya tienen esas habilidades y herramientas de programación y basadas en scripts, JMP Pro también será beneficioso para ellos, brindándoles la capacidad de realizar un análisis interactivo rápido para que puedan comprender rápidamente sus datos y permitirles compartir mejor sus conocimientos. con otros.
Pregunta: ¿El análisis de datos genómicos de JMP Pro 17 tendrá la misma experiencia de usuario o será diferente?
Respuesta: El estilo de funcionamiento de JMP Pro 17 para usuarios de Genomics será diferente al del producto JMP Genomics: en lugar de remodelar y caracterizar sus datos para que se ajusten a un flujo de trabajo de análisis predeterminado, los usuarios podrán acceder directamente al sencillo herramientas para usar en JMP Pro y crear sus propios flujos de trabajo personalizados.
¿Alguna pregunta adicional?
Si tiene alguna otra pregunta, no dude en comentar a continuación o enviarla a Sam Gardner ( @SamGardner ) en Gestión de productos JMP.
¿Estarán disponibles las nuevas plataformas JMPG para todos los usuarios de JMP Pro?
@DonMcCormack JMP Pro vendrá con todas estas plataformas y funciones.
¿Hay un menú de Genomics en el nuevo JMP Pro, en lugar de Genomics Starter de JMP Genomics actual?
No tendremos un menú Genomics separado o Genomics Starter para JMP Pro.Hay dos nuevas plataformas, Estadísticas de marcadores y Simulación de marcadores, que se encuentran en un menú de submenú separado en el menú Analizar.
