Ormai, molti di voi hanno visto il annuncio recente che il nostro attuale prodotto JMP Genomics non sarà più venduto a nuovi clienti dopo il 31 marzo st .Questa decisione ha portato a diverse domande internamente e, poiché i clienti ascoltano questa notizia, prevediamo che avranno domande simili. Ecco alcune di queste domande insieme alle risposte dallo sviluppo e dalla gestione del prodotto.
Domanda: Stiamo abbandonando i nostri clienti JMP Genomics?I metodi e gli strumenti di analisi dei dati "-omic" sono ancora una parte importante della nostra visione e roadmap del prodotto?
Risposta: No, non stiamo abbandonando i nostri clienti e sì, intendiamo supportare pienamente i nostri clienti di genomica e scienze della vita correlate meglio che mai, ma ora con JMP Pro e non un prodotto separato dedicato alla genomica. Il campo della genomica sta crescendo in uso e importanza, al di là della semplice ricerca accademica o di base, e ci aspettiamo che i nostri clienti attuali e futuri vorranno utilizzare i nostri prodotti per risolvere problemi importanti in questo settore.
Domanda: Perché stiamo facendo questa mossa proprio ora, e così velocemente?
Risposta: I miglioramenti pianificati per JMP Pro 17 forniranno un livello avanzato di capacità e prestazioni che gli consentiranno di stare in piedi da solo senza la necessità di SAS per fornire capacità di analisi aggiuntive.Inoltre, ora dobbiamo forgiare il nostro percorso e dopo quest'anno non forniremo più prodotti SAS come parte di nessuna delle nostre offerte di prodotti JMP.Allo stesso tempo, erano già in atto piani per implementare una transizione per fare in modo che i nostri prodotti Life Sciences utilizzassero esclusivamente JMP.Con tutte queste considerazioni, questo è il momento migliore per prendere questa decisione.
Domanda: Quali saranno alcuni dei vantaggi di questa transizione?
Risposta: Il precedente prodotto JMP Genomics aveva un front-end JMP e utilizzava SAS come back-end, e per questo presentava alcuni inconvenienti:
- È stato difficile da installare perché richiedeva un pacchetto di installazione di grandi dimensioni (12 GB), principalmente a causa dei componenti SAS. Ora, con Genomics all'interno di JMP Pro, è facile da scaricare (meno di 1 GB) e veloce da installare.
- Gli utenti di Genomics dovevano ordinare una versione speciale di JMP. Ora disporranno delle funzionalità di cui hanno bisogno all'interno di JMP Pro: non sarà più necessario ottenere un prodotto o un componente aggiuntivo diverso.
- SAS era richiesto nelle versioni precedenti perché JMP non disponeva di tutte le funzionalità necessarie per gestire i dati di genomica, inclusi l'importazione e alcuni metodi statistici. Ora JMP può fare quasi tutte queste cose senza bisogno di SAS.
- L'utilizzo di set di dati SAS su disco ha subito un accesso lento al disco, file non compressi di grandi dimensioni e una mancata corrispondenza tra i file SAS e JMP. Con JMP Pro i file saranno molto più piccoli, in forma compressa, direttamente accessibili a tutte le piattaforme e tutta l'analisi sarà in memoria, molto, molto più veloce.
- In precedenza, i file spesso dovevano essere impilati in una forma "alta", con poche colonne e un numero enorme di righe. La forma alta era dispendiosa, con i dati del soggetto ripetuti su tutti gli elementi di quel soggetto. È molto meglio in forma "ampia"; non solo è molto più compatto, ma utilizza molte nuove funzionalità di JMP Pro per rendere la gestione di dati di grandi dimensioni semplice e veloce.
- Abbiamo rimosso i colli di bottiglia in JMP Pro 17 che in precedenza rallentavano la gestione di centinaia di migliaia di colonne. Le routine comunemente utilizzate ora sono multithread e ottimizzate per problemi ampi, a volte centinaia di volte più veloci di prima.
Domanda: Quali capacità e caratteristiche ci saranno in JMP Pro 17 che soddisferanno le esigenze degli attuali utenti di Genomics e che attireranno i data scientist di genomica?
Risposta: JMP Pro 17 sarà uno degli unici pacchetti software di analisi avanzata a fornire la combinazione di un'esperienza utente interattiva e coinvolgente che consente una rapida esplorazione point-and-click dei dati genomici, strumenti avanzati di modellazione multivariata e predittiva e un sistema flessibile e piattaforma adattiva (tramite JMP Scripting e integrazione con altri strumenti di data science). Le nuove funzionalità di JMP Pro per questo tipo di lavoro includono:
- Miglioramenti delle prestazioni e dell'output su diverse piattaforme (incluso Screening della risposta , Componenti principali , Modello in forma , Fit misto , Gerarchico Raggruppamento , Cluster di mezzi K ) per gestire al meglio tavoli grandi e larghi
- Un nuovo sottomenu Genetica con due nuove piattaforme: Statistiche dei marcatori e Simulazione di marcatori
- Metodi di riduzione e riepilogo della dimensione multivariata, inclusi t-SNE e UMAP, in un nuovo Incorporamento multivariato piattaforma
- Importazione semplificata di file Illumina IDAT
- Nuovi materiali di formazione dettagliati che forniscono numerosi suggerimenti, strategie e flussi di lavoro di analisi genomica comuni
Gli strumenti tradizionali per l'analisi dei dati genomici tendevano ad essere basati sulla programmazione, richiedendo una lunga curva di apprendimento per apprendere il linguaggio di programmazione. Con JMP Pro tutto è interattivo, punta e clicca, facile da usare. Tutti i grafici sono completamente interattivi e l'analisi diventa un viaggio di scoperta, seguendo indizi e perseguendo intuizioni dai grafici. Contrasta questo con il processo di lavoro basato su script, gravato da un apprendimento pianificato, che domina il processo con strumenti open source. Con JMP, i ricercatori possono concentrarsi sull'argomento, invece di passare tutto il loro tempo a combattere gli strumenti di analisi.Per gli utenti avanzati che dispongono già di tali competenze e strumenti di programmazione e basati su script, JMP Pro sarà utile anche per loro, offrendo loro la possibilità di eseguire rapide analisi interattive in modo che possano comprendere rapidamente i propri dati e consentire loro di condividere meglio le proprie conoscenze con altri.
Domanda: L'analisi dei dati genomici di JMP Pro 17 avrà la stessa esperienza utente o sarà diversa?
Risposta: Lo stile di funzionamento di JMP Pro 17 for Genomics sarà diverso dal prodotto JMP Genomics: invece di rimodellare e caratterizzare i dati in modo che si adattino a un flusso di lavoro di analisi predeterminato, gli utenti potranno accedere direttamente al utilizzare gli strumenti in JMP Pro e creare i propri flussi di lavoro personalizzati.
Altre domande?
Se hai altre domande, sentiti libero di commentare di seguito o inviarle a Sam Gardner ( @SamGardner ) in Gestione prodotti JMP.
Le nuove piattaforme JMPG saranno disponibili per tutti gli utenti di JMP Pro?
@DonMcCormack JMP Pro verrà fornito con tutte queste piattaforme e funzionalità.
C'è il menu Genomics sul nuovo JMP Pro, invece di Genomics Starter dell'attuale JMP Genomics?
Non avremo un menu Genomics separato o un Genomics Starter per JMP Pro.Ci sono due nuove piattaforme, Marker Statistics e Marker Simulation, che si trovano in un menu di sottomenu separato sotto Analyze.menu.
