Mittlerweile haben viele von Ihnen das gesehen aktuelle Ankündigung dass unser aktuelles JMP Genomics-Produkt nach dem 31. März nicht mehr an Neukunden verkauft wird st .Diese Entscheidung hat intern zu mehreren Fragen geführt, und wenn Kunden diese Neuigkeiten hören, gehen wir davon aus, dass sie ähnliche Fragen haben werden. Hier finden Sie einige dieser Fragen sowie Antworten aus der Entwicklung und dem Produktmanagement.
Frage: Verlassen wir unsere Kunden von JMP Genomics?Sind „-omische“ Datenanalysemethoden und -tools immer noch ein wichtiger Teil unserer Produktvision und Roadmap?
Antwort: Nein, wir lassen unsere Kunden nicht im Stich, und ja, wir haben die feste Absicht, unsere Kunden im Bereich Genomik und verwandte Biowissenschaften besser als je zuvor zu unterstützen – aber jetzt mit JMP Pro und nicht mit einem separaten Produkt speziell für Genomik. Der Einsatz und die Bedeutung des Bereichs der Genomik nehmen über die bloße akademische oder Grundlagenforschung hinaus zu und wir gehen davon aus, dass unsere aktuellen und zukünftigen Kunden unsere Produkte zur Lösung wichtiger Probleme in diesem Bereich nutzen möchten.
Frage: Warum machen wir diesen Schritt gerade jetzt und so schnell?
Antwort: Die für JMP Pro 17 geplanten Verbesserungen werden ein erweitertes Leistungs- und Leistungsniveau bieten, das es ihm ermöglicht, eigenständig zu arbeiten, ohne dass SAS zusätzliche Analysefunktionen bereitstellen muss.Darüber hinaus müssen wir jetzt unseren eigenen Weg gehen und werden nach diesem Jahr keine SAS-Produkte mehr als Teil unserer JMP-Produktangebote anbieten.Gleichzeitig gab es bereits Pläne, einen Übergang dahingehend umzusetzen, dass unsere Life-Science-Produkte ausschließlich JMP verwenden.Angesichts all dieser Überlegungen ist jetzt der beste Zeitpunkt, diese Entscheidung zu treffen.
Frage: Welche Vorteile bringt dieser Übergang mit sich?
Antwort: Das vorherige JMP Genomics-Produkt hatte ein JMP-Frontend und verwendete SAS als Backend und hatte daher einige Nachteile:
- Die Installation war schwierig, da ein großes Installationspaket (12 GB) erforderlich war, vor allem wegen der SAS-Komponenten. Da Genomics jetzt in JMP Pro integriert ist, ist es einfach herunterzuladen (weniger als 1 GB) und schnell zu installieren.
- Genomics-Benutzer mussten eine spezielle Version von JMP bestellen. Jetzt stehen ihnen in JMP Pro die Funktionen zur Verfügung, die sie benötigen – es ist nicht erforderlich, ein anderes Produkt oder Add-on zu erwerben.
- SAS war in früheren Versionen erforderlich, da JMP nicht über alle Funktionen verfügte, die für die Verarbeitung von Genomics-Daten erforderlich waren, einschließlich Import und einigen statistischen Methoden. Jetzt kann JMP fast alle diese Dinge tun, ohne SAS zu benötigen.
- Die Verwendung von SAS-Datensätzen auf der Festplatte litt unter langsamem Festplattenzugriff, großen unkomprimierten Dateien und einer Diskrepanz zwischen SAS- und JMP-Dateien. Unter JMP Pro werden die Dateien viel kleiner sein, in komprimierter Form vorliegen und für alle Plattformen direkt zugänglich sein, und die gesamte Analyse erfolgt im Arbeitsspeicher, viel, viel schneller.
- Bisher mussten die Dateien oft in „hoher“ Form gestapelt werden, mit wenigen Spalten und einer großen Anzahl an Zeilen. Die hohe Form war verschwenderisch, da die Subjektdaten in allen Elementen dieses Subjekts wiederholt wurden. In der „breiten“ Form ist es viel besser; Es ist nicht nur viel kompakter, sondern nutzt auch viele neue Funktionen in JMP Pro, um die Handhabung großer Datenmengen schnell und einfach zu gestalten.
- Wir haben die Engpässe in JMP Pro 17 beseitigt, die zuvor die Verarbeitung Hunderttausender Spalten verlangsamten. Die häufig verwendeten Routinen sind jetzt multithreaded und für weitreichende Probleme optimiert, manchmal hunderte Male schneller als zuvor.
Frage: Welche Fähigkeiten und Features wird es in JMP Pro 17 geben, die den Anforderungen aktueller Genomics-Benutzer gerecht werden und die Genomdatenwissenschaftler anziehen werden?
Antwort: JMP Pro 17 wird eines der wenigen Softwarepakete für erweiterte Analysen sein, das eine Kombination aus einer interaktiven und ansprechenden Benutzererfahrung bietet, die eine schnelle Point-and-Click-Erkundung von Genomdaten, fortschrittlichen multivariaten und prädiktiven Modellierungstools und einer flexiblen und flexiblen Benutzeroberfläche ermöglicht adaptive Plattform (durch JMP Scripting und Integration mit anderen Data-Science-Tools). Zu den neuen Funktionen in JMP Pro für diese Art von Arbeit gehören:
- Leistungs- und Ausgabeverbesserungen für mehrere Plattformen (einschließlich Antwort-Screening , Hauptkomponenten , Modell anpassen , Passform gemischt , Hierarchisch Clustering , K-Means-Clustering ), um große, breite Tabellen besser verarbeiten zu können
- Ein neues Genetik-Untermenü mit zwei neuen Plattformen: Marker-Statistiken Und Markierungssimulation
- Multivariate Dimensionsreduktions- und Zusammenfassungsmethoden, einschließlich t-SNE und UMAP, in einem neuen Multivariate Einbettung Plattform
- Optimierter Import von Illumina IDAT-Dateien
- Neue detaillierte Schulungsmaterialien mit zahlreichen Tipps, Strategien und gängigen Arbeitsabläufen bei der Genomanalyse
Herkömmliche Tools zur Analyse genomischer Daten basierten in der Regel auf der Programmierung und erforderten eine lange Lernkurve zum Erlernen der Programmiersprache. Mit JMP Pro ist alles interaktiv, per Mausklick und einfach zu bedienen. Alle Grafiken sind vollständig interaktiv und die Analyse wird zu einer Entdeckungsreise, bei der man Hinweisen folgt und Erkenntnisse aus den Grafiken gewinnt. Vergleichen Sie dies mit dem vorausplanenden, lernbelasteten, skriptbasierten Arbeitsprozess, der den Prozess mit Open-Source-Tools dominiert. Mit JMP können sich Forscher auf das Thema konzentrieren, anstatt ihre ganze Zeit damit zu verbringen, sich mit den Analysewerkzeugen herumzuschlagen.Für fortgeschrittene Benutzer, die bereits über diese Programmier- und skriptbasierten Fähigkeiten und Tools verfügen, ist JMP Pro ebenfalls von Vorteil, da es ihnen die Möglichkeit gibt, schnelle interaktive Analysen durchzuführen, damit sie ihre Daten schnell verstehen und ihre Erkenntnisse besser teilen können mit anderen.
Frage: Bietet die JMP Pro 17-Analyse von Genomdaten die gleiche Benutzererfahrung oder wird sie anders sein?
Antwort: Der Bedienungsstil von JMP Pro 17 für Genomics-Benutzer wird sich von dem des JMP Genomics-Produkts unterscheiden: Anstatt Ihre Daten umzuformen und zu charakterisieren, damit sie in einen vorab festgelegten Analyse-Workflow passen, können Benutzer direkt auf die benutzerfreundliche Oberfläche zugreifen. Sie können die Tools in JMP Pro nutzen und Ihre eigenen benutzerdefinierten Arbeitsabläufe erstellen.
Noch weitere Fragen?
Wenn Sie weitere Fragen haben, können Sie diese gerne unten kommentieren oder an Sam Gardner senden ( @SamGardner ) im JMP-Produktmanagement.
