Mittlerweile haben viele von euch das gesehen jüngste Ankündigung dass unser aktuelles Produkt JMP Genomics nach dem 31. März nicht mehr an Neukunden verkauft wird st .Diese Entscheidung hat intern zu mehreren Fragen geführt, und wenn Kunden diese Neuigkeiten hören, erwarten wir, dass sie ähnliche Fragen haben werden. Hier sind einige dieser Fragen zusammen mit Antworten aus der Entwicklung und dem Produktmanagement.
Frage: Verlassen wir unsere Kunden von JMP Genomics?Sind „-omic“-Datenanalysemethoden und -tools immer noch ein wichtiger Bestandteil unserer Produktvision und Roadmap?
Antwort: Nein, wir lassen unsere Kunden nicht im Stich, und ja, wir beabsichtigen, unsere Genomik- und verwandten Biowissenschaftskunden besser als je zuvor zu unterstützen – aber jetzt mit JMP Pro und nicht mit einem separaten Produkt für Genomik. Das Gebiet der Genomik gewinnt über die akademische oder Grundlagenforschung hinaus zunehmend an Einsatz und Bedeutung, und wir gehen davon aus, dass unsere derzeitigen und zukünftigen Kunden unsere Produkte zur Lösung wichtiger Probleme in diesem Bereich einsetzen möchten.
Frage: Warum machen wir diesen Schritt gerade jetzt und so schnell?
Antwort: Die für JMP Pro 17 geplanten Verbesserungen werden ein erweitertes Leistungs- und Leistungsniveau bieten, das es ermöglicht, eigenständig zu arbeiten, ohne dass SAS zusätzliche Analysefunktionen bereitstellen muss.Darüber hinaus müssen wir jetzt unseren eigenen Weg gehen und werden nach diesem Jahr keine SAS-Produkte mehr als Teil unserer JMP-Produktangebote anbieten.Gleichzeitig gab es bereits Pläne, einen Übergang zu implementieren, bei dem unsere Life-Sciences-Produkte ausschließlich JMP verwenden.Mit all diesen Überlegungen ist dies der beste Zeitpunkt, um diese Entscheidung zu treffen.
Frage: Was werden einige der Vorteile dieses Übergangs sein?
Antwort: Das vorherige Produkt von JMP Genomics hatte ein JMP-Frontend und verwendete SAS als Backend und hatte daher einige Nachteile:
- Es war schwer zu installieren, da es ein großes Installationspaket (12 GB) erforderte, hauptsächlich wegen der SAS-Komponenten. Mit Genomics in JMP Pro ist es jetzt einfach herunterzuladen (weniger als 1 GB) und schnell zu installieren.
- Genomics-Anwender mussten eine spezielle Version von JMP bestellen. Jetzt verfügen sie über die Funktionen, die sie in JMP Pro benötigen – es ist nicht erforderlich, ein anderes Produkt oder Add-on zu erwerben.
- SAS war in früheren Versionen erforderlich, da JMP nicht über alle Funktionen verfügte, die für die Verarbeitung von Genomics-Daten erforderlich waren, einschließlich Import und einiger statistischer Methoden. Jetzt kann JMP fast all diese Dinge tun, ohne SAS zu benötigen.
- Die Verwendung von SAS-Datensätzen auf der Festplatte litt unter langsamem Festplattenzugriff, großen unkomprimierten Dateien und einer Diskrepanz zwischen SAS- und JMP-Dateien. Unter JMP Pro sind die Dateien viel kleiner, in komprimierter Form, direkt für alle Plattformen zugänglich, und die gesamte Analyse wird viel, viel schneller im Arbeitsspeicher erfolgen.
- Früher mussten die Dateien oft in „großer“ Form gestapelt werden, mit wenigen Spalten und einer großen Anzahl von Zeilen. Die hohe Form war verschwenderisch, da sich die Subjektdaten über alle Elemente dieses Subjekts hinweg wiederholten. Es ist viel besser in "breiter" Form; Es ist nicht nur viel kompakter, sondern nutzt auch viele neue Funktionen in JMP Pro, um die Handhabung großer Datenmengen schnell und einfach zu machen.
- Wir haben die Engpässe in JMP Pro 17 beseitigt, die zuvor die Verarbeitung von Hunderttausenden von Spalten verlangsamt hatten. Die häufig verwendeten Routinen sind jetzt multithreaded und für breite Probleme optimiert, manchmal hundertmal schneller als zuvor.
Frage: Welche Fähigkeiten und Funktionen wird es in JMP Pro 17 geben, die die Anforderungen aktueller Genomics-Anwender erfüllen und Genomdatenwissenschaftler anziehen werden?
Antwort: JMP Pro 17 wird eines der wenigen Advanced-Analytics-Softwarepakete sein, das eine Kombination aus einer interaktiven und ansprechenden Benutzererfahrung bietet, die eine schnelle Point-and-Click-Exploration von Genomdaten ermöglicht, fortschrittlichen multivariaten und prädiktiven Modellierungstools und einem flexiblen und adaptive Plattform (durch JMP Scripting und Integration mit anderen Data-Science-Tools). Zu den neuen Funktionen in JMP Pro für diese Art von Arbeit gehören:
- Leistungs- und Ausgabeverbesserungen für mehrere Plattformen (einschließlich Antwort-Screening , Hauptkomponenten , Modell anpassen , Passform Gemischt , Hierarchisch Clustering , K-Means-Clustering ), um große, breite Tabellen besser handhaben zu können
- Ein neues Genetik-Untermenü mit zwei neuen Plattformen: Marker-Statistiken und Markierungssimulation
- Multivariate Dimensionsreduktions- und Zusammenfassungsmethoden, einschließlich t-SNE und UMAP, in einem neuen Multivariate Einbettung Plattform
- Optimierter Import von Illumina IDAT-Dateien
- Neue detaillierte Schulungsmaterialien mit zahlreichen Tipps, Strategien und gängigen Genomanalyse-Workflows
Herkömmliche Tools zur Analyse von Genomdaten waren in der Regel programmbasiert und erforderten eine lange Lernkurve, um die Programmiersprache zu lernen. Mit JMP Pro ist alles interaktiv, Point-and-Click, Walk-up-and-Use-easy. Alle Diagramme sind vollständig interaktiv, und die Analyse wird zu einer Entdeckungsreise, bei der man Hinweisen folgt und Erkenntnisse aus den Diagrammen verfolgt. Vergleichen Sie dies mit dem vorausplanenden, lernbelasteten skriptbasierten Arbeitsprozess, der den Prozess mit Open-Source-Tools dominiert. Mit JMP können sich Forscher auf das Thema konzentrieren, anstatt ihre ganze Zeit damit zu verbringen, sich mit den Analysewerkzeugen herumzuschlagen.Für fortgeschrittene Benutzer, die bereits über diese Programmier- und skriptbasierten Fähigkeiten und Tools verfügen, ist JMP Pro ebenfalls von Vorteil, da es ihnen die Möglichkeit gibt, schnelle interaktive Analysen durchzuführen, damit sie ihre Daten schnell verstehen und ihre Erkenntnisse besser teilen können mit anderen.
Frage: Wird die JMP Pro 17-Analyse von Genomdaten die gleiche Benutzererfahrung haben oder wird sie anders sein?
Antwort: Die Bedienung von JMP Pro 17 für Genomics-Benutzer unterscheidet sich von der des JMP Genomics-Produkts: Anstatt Ihre Daten so umzugestalten und zu charakterisieren, dass sie in einen vordefinierten Analyse-Workflow passen, können Benutzer direkt auf das einfache Tools in JMP Pro zu verwenden und ihre eigenen benutzerdefinierten Workflows zu erstellen.
Haben Sie weitere Fragen?
Wenn Sie weitere Fragen haben, können Sie diese gerne unten kommentieren oder an Sam Gardner ( @SamGardner ) im JMP-Produktmanagement.
