Modélisation de la croissance des cellules bactériennes avec des données empiléesJe suis très nouveau sur JMP et je me demandais s'il existe un moyen d'ajuster une courbe de croissance bactérienne (sigmoïde) afin d'extraire le taux de croissance. La façon dont je le fais habituellement est de tracer la courbe dans Excel, de choisir les points qui correspondent à la croissance exponentielle (le milieu de la courbe), de les tracer sur un axe y à l'échelle logarithmique et d'ajouter une ligne de tendance d'ajustement exponentiel. Le coefficient exponentiel dans l’équation de la ligne de tendance correspond au taux de croissance, ce dont j’ai besoin. Je dois ensuite répéter ce processus pour chaque répétition de courbe de croissance que j'ai, puis je calcule enfin manuellement l'écart type entre les répétitions.
J'ai joué avec JMP et examiné le modèle d'ajustement non linéaire 4p de croissance cellulaire et l'aspect division cellulaire de l'équation semble être à peu près en corrélation avec mes taux de croissance calculés manuellement, mais honnêtement, je ne suis pas sûr qu'ils soient les mêmes. chose ou pas. De plus, je ne trouve pas de moyen d'ajuster trois courbes répliquées qui ont été empilées ; chaque fois que je les trace et que je choisis « moyenne » comme statistique récapitulative, j'essaie ensuite de modéliser les courbes moyennées et la nouvelle fenêtre qui apparaît présente les trois courbes séparément. Toute aide serait appréciée! TIA !
Mélange et nettoyage des donnéesmacOSRe : Modélisation d'ajustement de la croissance des cellules bactériennes avec des données empiléesSalut @PriorChipmunk23 ,
Voici une façon qui pourrait vous aider :
Dans Fit Curve, vous pouvez trouver le modèle le plus proche (comme vous l'avez déjà fait) et enregistrer la formule de prédiction paramétrique :
Vous pouvez ensuite accéder à la plateforme non linéaire, en utilisant cette formule comme prédicteur et votre variable de sortie comme Y. Appuyez sur « Go » pour démarrer le processus d'ajustement, puis vous pourrez enregistrer la formule de prédiction, l'erreur standard, les formules pour les limites de confiance ou simplement les valeurs limites :
Si vous souhaitez le faire par lot, placez simplement la colonne avec l'ID du lot dans la fenêtre « Par » dans la boîte de dialogue de lancement. Il lancera ensuite autant de dialogues d'ajustement que vous avez de niveaux dans votre colonne Batch-ID.
J'espère que cela t'aides!
Florian
