Modellazione di adattamento della crescita delle cellule batteriche con dati impilatiSono nuovissimo in JMP e mi chiedevo se esiste un modo per adattare una curva di crescita batterica (sigmoidale) per estrarre il tasso di crescita. Il modo in cui di solito lo faccio è tracciando la curva in Excel, selezionando i punti che corrispondono alla crescita esponenziale (il centro della curva), tracciandoli su un asse y in scala logaritmica e aggiungendo una linea di tendenza di adattamento esponenziale. Il coefficiente esponenziale nell'equazione della linea di tendenza corrisponde al tasso di crescita, che è ciò di cui ho bisogno. Devo quindi ripetere il processo per ogni replica della curva di crescita che ho e infine calcolare manualmente la deviazione standard tra le repliche.
Ho giocato con JMP e ho esaminato il modello di adattamento non lineare 4p della crescita cellulare e l'aspetto della divisione cellulare dell'equazione sembra essere più o meno correlato ai miei tassi di crescita calcolati manualmente, ma onestamente non sono sicuro che siano gli stessi cosa oppure no. Inoltre, non riesco a trovare un modo per adattare tre curve replicate che sono state impilate; ogni volta che le traccio e scelgo "media" come statistica riassuntiva, provo a modellare le curve medie e la nuova finestra che si apre ha tutte e tre le curve separate. Qualsiasi aiuto sarebbe apprezzato! TIA!
Combinazione e pulizia dei datiMac OSRi: Modellazione di adattamento della crescita delle cellule batteriche con dati impilatiCIAO @PriorChipmunk23 ,
Ecco un modo che potrebbe aiutarti:
In Adatta curva puoi trovare il modello più vicino (come hai già fatto) e salvare la formula di previsione parametrica:
Puoi quindi andare alla piattaforma non lineare, utilizzando questa formula come predittore e la variabile di output come Y. Premi "Vai" per avviare il processo di adattamento, quindi puoi salvare la formula di previsione, l'errore standard, le formule per i limiti di confidenza o solo i valori limite:
Se vuoi farlo per batch, inserisci semplicemente la colonna con l'ID batch nella finestra "Per" nella finestra di dialogo di avvio. Verranno quindi avviati tanti dialoghi di adattamento quanti sono i livelli nella colonna ID batch.
Spero che questo ti aiuti!
Floriano
