Modellazione adatta alla crescita delle cellule batteriche con dati impilatiSono super nuovo in JMP e mi chiedevo se c'è un modo per adattare una curva di crescita batterica (sigmoidale) per estrarre il tasso di crescita. Il modo in cui di solito lo faccio è tracciare la curva in Excel, selezionare i punti che corrispondono alla crescita esponenziale (la metà della curva), tracciare quelli su un asse y di scala logaritmica e aggiungere una linea di tendenza di adattamento esponenziale. Il coefficiente esponenziale nell'equazione trendline corrisponde al tasso di crescita, che è ciò di cui ho bisogno. Quindi devo ripetere quel processo per ogni replica della curva di crescita che ho e quindi infine calcolare manualmente la deviazione standard tra le repliche.
Ho giocato con JMP e ho esaminato il modello di adattamento non lineare 4p di crescita cellulare e l'aspetto della divisione cellulare dell'equazione sembra essere più o meno correlato ai miei tassi di crescita calcolati manualmente, ma onestamente non sono sicuro che siano gli stessi cosa o no. Inoltre, non riesco a trovare un modo per adattare tre curve replicate che sono state impilate; ogni volta che li traccio e scelgo "media" come statistica riassuntiva, provo a modellare le curve medie e la nuova finestra che si apre ha tutte e tre le curve separate. Qualsiasi aiuto sarebbe apprezzato! TIA!
AnaliticaTabella datiGraficaMac OSRe: Modellazione adatta alla crescita delle cellule batteriche con dati impilatiCiao @PriorChipmunk23 ,
Ecco un modo che potrebbe aiutarti:
In Fit Curve puoi trovare il modello più vicino (come hai già fatto) e salvare la formula di previsione parametrica:
È quindi possibile passare alla piattaforma non lineare, utilizzando questa formula come predittore e la variabile di output come Y. Premi "Vai" per avviare il processo di adattamento, quindi puoi salvare la formula di previsione, l'errore standard, le formule per i limiti di confidenza o solo i valori limite:
Se vuoi farlo in batch, inserisci semplicemente la colonna con l'ID batch nella finestra "Per" nella finestra di dialogo di avvio. Quindi avvierà tanti dialoghi adatti quanti sono i livelli nella colonna Batch-ID.
Spero questo sia di aiuto!
Floriano
