JMP Genomics – Probenreihenfolge im hierarchischen ClusteringUnter der ANOVA-Ausgabe für den Basic RNA-Seq Workflow erstellt JMP Genomics eine hierarchische Clusterung beider Probenproben (Spalten) und der signifikant unterschiedlich exprimierten Gene (Zeilen). Gibt es jedoch eine Möglichkeit, nur die Gene zu gruppieren? Ich habe einen Zeitreihendatensatz und möchte, dass die Spalten zu Präsentationszwecken nach Studienzeitpunkten angeordnet werden. Ich kann keinen Weg finden, dies zu erreichen. Dank im Voraus!
Verbraucher- und MarktforschungWindowsBetreff: JMP Genomics - Beispielreihenfolge beim hierarchischen ClusteringHallo @LouisAltamura ,
Sie können nur auf Gene clustern und die Farbkarte ohne Clustering auf Samples anzeigen, aber Sie können die Reihenfolge der Spalten nach dem Clustering nicht ändern. Sie werden nach der Reihenfolge sortiert, in der sie im Dialogfeld "Hierarchisches Clustering" platziert sind. Die Gene werden auch basierend auf diesen Spalten gruppiert, so dass das Ändern der Spalten und der Versuch, erneut zu gruppieren, die Gruppierung ändern würden.
Es hört sich so an, als würden Sie den hierarchischen Baum der Gene beibehalten, aber einen anderen Satz von Spalten verwenden, um die Heatmap zu erstellen und die Spalten basierend auf diesen Spalteninformationen (in diesem Fall Zeitreihen) zu ordnen. Wenn dies nicht der Fall ist, bitten Sie darum, die Spalten in der Heatmap entsprechend der Zeitreihen, in denen sie dargestellt sind, neu anzuordnen, ohne die Spalten zu gruppieren (Zwei-Wege-Clustering?).
Möchten Sie beispielsweise die Clusterbildung der drei folgenden Stichproben (Spalten) entfernen und ihre Reihenfolge neu anordnen, sodass sie eine Zeitreihe darstellen (wie DOM, dann CAS und dann MUS)?
Betreff: JMP Genomics - Probenreihenfolge in hierarchischem ClusteringJa, ich möchte die Genclusterung beibehalten, aber die Proben einfach nach Zeitpunkt ordnen. Ich möchte kein Clustering nach Stichproben.
Das standardmäßige hierarchische Clustering-Diagramm fügt am Ende viele Spalten hinzu, die ich für diese Präsentation nicht benötige. Also habe ich die Analyse neu gestartet und nur Std LSMeans-Spalten ausgewählt, die ich benötige. Leider zeigt der Prozess die Heatmap nicht standardmäßig in der Reihenfolge an, in der ich die Spalten eingebe. Ich kann die Heatmap nur anzeigen lassen, wenn ich ein Zwei-Wege-Clustering durchführe.
