JMP Genomics - Exemple d'ordre dans le clustering hiérarchiqueSous le résultat de l'ANOVA pour le workflow Basic RNA-Seq, JMP Genomics créera un regroupement hiérarchique des échantillons d'échantillons (colonnes) et des gènes exprimés de manière significativement différentielle (lignes). Cependant, existe-t-il un moyen de regrouper uniquement les gènes ? J'ai un ensemble de données de séries chronologiques et j'aimerais que les colonnes soient organisées par moment d'étude à des fins de présentation. Je ne trouve pas de moyen d'y parvenir. Merci d'avance!
Études de consommation et de marchéles fenêtresRe: JMP Genomics - Ordre des échantillons dans le clustering hiérarchiquesalut @LouisAltamura ,
Vous pouvez regrouper sur les gènes uniquement et afficher la carte des couleurs sans regrouper sur les échantillons, mais il n'est pas possible de modifier l'ordre des colonnes après le regroupement. Ils seraient classés selon l'ordre dans lequel ils sont placés dans la boîte de dialogue Regroupement hiérarchique. Les gènes sont également regroupés en fonction de ces colonnes, donc changer les colonnes et essayer à nouveau de se regrouper modifierait le regroupement.
Il semble que vous souhaitiez conserver l'arbre hiérarchique des gènes, mais utiliser un ensemble de colonnes différent pour créer la carte thermique et également pour ordonner les colonnes en fonction de ces informations de colonnes (séries temporelles dans ce cas). Si ce n'est pas le cas, demandez-vous simplement de réorganiser les colonnes de la carte thermique en fonction de la série temporelle dans laquelle elles représentent sans regrouper les colonnes (regroupement bidirectionnel ?).
Par exemple, cherchez-vous à supprimer le regroupement des trois échantillons (colonnes) ci-dessous et à réorganiser leur ordre afin qu'ils représentent une série chronologique (comme DOM, puis CAS puis MUS) ?
Re : JMP Genomics - Ordre des échantillons dans le clustering hiérarchiqueOui, j'aimerais conserver le regroupement des gènes, mais il suffit de commander les échantillons par point temporel. Je ne veux pas de regroupement par échantillon.
Le graphique de regroupement hiérarchique par défaut finit par ajouter de nombreuses colonnes dont je n'ai pas besoin pour cette présentation. J'ai donc relancé l'analyse et sélectionné uniquement les colonnes Std LSMeans dont j'ai besoin. Malheureusement, le processus n'affiche pas la carte thermique par défaut dans l'ordre dans lequel j'entre les colonnes. Je ne peux faire apparaître la carte thermique que lorsque j'effectue un clustering bidirectionnel.
