JMP Genomics - 階層的クラスタリングにおけるサンプルの順序Basic RNA-Seq ワークフローの ANOVA 出力の下で、JMP Genomics はサンプルサンプル (列) と有意に差次的に発現した遺伝子 (行) の両方の階層的クラスタリングを作成します。しかし、遺伝子のみをクラスター化する方法はあるのでしょうか?時系列データ セットがあり、プレゼンテーションの目的で列を調査時点ごとに並べたいと考えています。これを達成する方法が見つかりません。前もって感謝します!
消費者および市場調査ウィンドウズRe:JMPGenomics-階層的クラスタリングのサンプル順序こんにちは@LouisAltamura 、
Genesでのみクラスター化し、サンプルでクラスター化せずにカラーマップを表示できますが、クラスター化後に列の順序を変更することはできません。 それらは、階層的クラスタリングダイアログに配置された順序で並べ替えられます。 遺伝子もこれらの列に基づいてクラスター化されるため、列を変更して再度クラスター化を試みると、クラスター化が変更されます。
遺伝子の階層ツリーを維持したいようですが、別の列のセットを使用してヒートマップを作成し、それらの列情報(この場合は時系列)に基づいて列を並べ替えます。 そうでない場合は、列をクラスタリングせずに、ヒートマップ内の列を表す時系列に従って列を再配置するように求めていますか(双方向クラスタリング?)。
たとえば、以下の3つのサンプル(列)のクラスタリングを削除し、時系列(DOM、CAS、MUSなど)を表すように順序を再配置することを検討していますか?
