JMP Genomics - 层次聚类中的样本顺序在基本 RNA-Seq 工作流程的 ANOVA 输出下,JMP Genomics 将为两个样本(列)和显着差异表达的基因(行)创建层次聚类。然而,有没有办法只对基因进行聚类呢?我有一个时间序列数据集,为了演示目的,我希望按研究时间点排列列。我找不到办法来完成这个任务。提前致谢!
消费者和市场研究视窗回复:JMP Genomics - 层次聚类中的样本顺序你好@路易斯阿尔塔穆拉,
您可以仅在基因上聚类并显示颜色图,而无需对样本进行聚类,但聚类后无法更改列的顺序。 它们将按照它们在分层聚类对话框中的放置顺序进行排序。 基因也基于这些列进行聚类,因此更改列并再次尝试聚类会改变聚类。
听起来您想保留基因的层次树,但使用一组不同的列来创建热图,并根据这些列信息(在本例中为时间序列)对列进行排序。 如果情况并非如此,您是否只是要求根据它们表示的时间序列重新排列热图中的列,而不对列进行聚类(双向聚类?)。
例如,您是否希望删除下面三个样本(列)的聚类并重新排列它们的顺序,以便它们代表一个时间序列(如 DOM,然后是 CAS,然后是 MUS)?
