JMP Genomics - 層次聚類中的樣本順序在基本 RNA-Seq 工作流程的變異數分析輸出下,JMP Genomics 將為兩個樣本(列)和顯著差異表達的基因(行)建立層次聚類。然而,有沒有辦法只對基因進行聚類呢?我有一個時間序列資料集,為了演示目的,我希望按研究時間點排列列。我找不到辦法來完成這個任務。先致謝!
消費者與市場研究視窗回复:JMP Genomics - 層次聚類中的樣本順序你好@路易斯阿爾塔穆拉,
您可以僅在基因上聚類並顯示顏色圖,而無需對樣本進行聚類,但聚類後無法更改列的順序。 它們將按照它們在分層聚類對話框中的放置順序進行排序。 基因也基於這些列進行聚類,因此更改列並再次嘗試聚類會改變聚類。
聽起來您想保留基因的分層樹,但使用一組不同的列來創建熱圖,並根據這些列信息(在本例中為時間序列)對列進行排序。 如果情況並非如此,您是否只是要求根據它們表示的時間序列重新排列熱圖中的列,而不對列進行聚類(雙向聚類?)。
例如,您是否希望刪除下面三個樣本(列)的聚類並重新排列它們的順序,以便它們代表一個時間序列(如 DOM,然後是 CAS,然後是 MUS)?
