JMP Genomics - 層次聚類中的樣本順序在基本 RNA-Seq 工作流程的 ANOVA 輸出下，JMP Genomics 將創建樣本樣本（列）和顯著差異表達的基因（行）的層次聚類。 但是，有沒有辦法只對基因進行聚類？ 我有一個時間序列數據集，為了演示目的，我希望按研究時間點排列列。 我找不到方法來實現這一點。 提前致謝！
圖形視窗回复：JMP Genomics - 層次聚類中的樣本順序你好@路易斯阿爾塔穆拉,
您可以僅在基因上聚類並顯示顏色圖，而無需對樣本進行聚類，但聚類後無法更改列的順序。 它們將按照它們在分層聚類對話框中的放置順序進行排序。 基因也基於這些列進行聚類，因此更改列並再次嘗試聚類會改變聚類。
聽起來您想保留基因的分層樹，但使用一組不同的列來創建熱圖，並根據這些列信息（在本例中為時間序列）對列進行排序。 如果情況並非如此，您是否只是要求根據它們表示的時間序列重新排列熱圖中的列，而不對列進行聚類（雙向聚類？）。
例如，您是否希望刪除下面三個樣本（列）的聚類並重新排列它們的順序，以便它們代表一個時間序列（如 DOM，然後是 CAS，然後是 MUS）？
回复：JMP Genomics - 層次聚類中的樣本順序是的，我想保留基因的聚類，但只需按時間點對樣本進行排序。 我不希望按樣本進行任何聚類。
默認的層次聚類圖最終添加了很多我在此演示文稿中不需要的列。 因此，我一直在重新啟動分析並僅選擇我需要的 Std LSMeans 列。 不幸的是，默認情況下，該過程不會按照我輸入列的順序顯示熱圖。 我只能在執行雙向聚類時顯示熱圖。
