JMP Genomics - 层次聚类中的样本顺序在基本 RNA-Seq 工作流程的 ANOVA 输出下，JMP Genomics 将创建样本样本（列）和显着差异表达的基因（行）的层次聚类。 但是，有没有办法只对基因进行聚类？ 我有一个时间序列数据集，为了演示目的，我希望按研究时间点排列列。 我找不到方法来实现这一点。 提前致谢！
图形视窗回复：JMP Genomics - 层次聚类中的样本顺序你好@路易斯阿尔塔穆拉,
您可以仅在基因上聚类并显示颜色图，而无需对样本进行聚类，但聚类后无法更改列的顺序。 它们将按照它们在分层聚类对话框中的放置顺序进行排序。 基因也基于这些列进行聚类，因此更改列并再次尝试聚类会改变聚类。
听起来您想保留基因的层次树，但使用一组不同的列来创建热图，并根据这些列信息（在本例中为时间序列）对列进行排序。 如果情况并非如此，您是否只是要求根据它们表示的时间序列重新排列热图中的列，而不对列进行聚类（双向聚类？）。
例如，您是否希望删除下面三个样本（列）的聚类并重新排列它们的顺序，以便它们代表一个时间序列（如 DOM，然后是 CAS，然后是 MUS）？
回复：JMP Genomics - 层次聚类中的样本顺序是的，我想保留基因的聚类，但只需按时间点对样本进行排序。 我不希望按样本进行任何聚类。
默认的层次聚类图最终添加了很多我在此演示文稿中不需要的列。 因此，我一直在重新启动分析并仅选择我需要的 Std LSMeans 列。 不幸的是，默认情况下，该过程不会按照我输入列的顺序显示热图。 我只能在执行双向聚类时显示热图。
