JMP Genomics - 계층적 클러스터링의 샘플 순서Basic RNA-Seq Workflow에 대한 ANOVA 출력에서 JMP Genomics는 샘플 샘플(열)과 크게 다르게 발현된 유전자(행)의 계층적 클러스터링을 생성합니다. 그러나 유전자에만 클러스터링하는 방법이 있습니까? 시계열 데이터 세트가 있고 프레젠테이션을 위해 연구 시점별로 열을 정렬하고 싶습니다. 이 작업을 수행할 방법을 찾을 수 없습니다. 미리 감사드립니다!
제도법창Re: JMP Genomics - 계층적 클러스터링의 샘플 순서안녕 @LouisAltamura ,
유전자에 대해서만 클러스터링할 수 있고 샘플에 클러스터링하지 않고 컬러 맵을 표시할 수 있지만 클러스터링 후에 열의 순서를 변경할 수는 없습니다. 계층적 클러스터링 대화 상자에 배치된 순서대로 정렬됩니다. 유전자도 해당 열을 기반으로 클러스터링되므로 열을 변경하고 다시 클러스터링을 시도하면 클러스터링이 변경됩니다.
유전자의 계층적 트리를 유지하지만 다른 열 집합을 사용하여 히트맵을 만들고 해당 열 정보(이 경우 시계열)를 기반으로 열을 정렬하려는 것처럼 들립니다. 그렇지 않은 경우 열을 클러스터링하지 않고 나타내는 시계열에 따라 히트맵의 열을 다시 정렬하도록 요청하시겠습니까(양방향 클러스터링?).
예를 들어, 아래 세 샘플(열)의 클러스터링을 제거하고 시계열(DOM, CAS, MUS 등)을 나타내도록 순서를 다시 정렬하려고 합니까?
Re: JMP Genomics - 계층적 클러스터링의 샘플 순서예, 유전자 클러스터를 유지하고 싶지만 단순히 시점별로 샘플을 주문하십시오. 샘플에 의한 클러스터링을 원하지 않습니다.
기본 계층적 클러스터링 그래프는 결국 이 프레젠테이션에 필요하지 않은 많은 열을 추가하게 됩니다. 그래서 분석을 다시 시작하고 필요한 Std LSMeans 열만 선택했습니다. 불행히도 프로세스는 기본적으로 열을 입력하는 순서대로 히트 맵을 표시하지 않습니다. 양방향 클러스터링을 수행할 때만 히트맵이 표시되도록 할 수 있습니다.
