JMP Genomics: orden de muestra en agrupamiento jerárquicoBajo la salida de ANOVA para el flujo de trabajo básico de RNA-Seq, JMP Genomics creará un agrupamiento jerárquico de ambas muestras, muestras (columnas) y los genes expresados significativamente diferencialmente (filas). Sin embargo, ¿hay alguna forma de agrupar solo los genes? Tengo un conjunto de datos de series de tiempo y me gustaría que las columnas estuvieran ordenadas por punto de tiempo de estudio para fines de presentación. No puedo encontrar una manera de lograr esto. ¡Gracias por adelantado!
GráficosVentanasRe: JMP Genomics - Orden de muestra en agrupamiento jerárquicoHola @LouisAltamura ,
Puede agrupar solo en Genes y mostrar el mapa de color sin agrupar en muestras, pero no se puede cambiar el orden de las columnas después de agrupar. Se ordenarían según el orden en que se colocan en el cuadro de diálogo Agrupación jerárquica. Los genes también se agrupan en función de esas columnas, por lo que cambiar las columnas e intentar agruparlos de nuevo cambiaría la agrupación.
Parece que le gustaría mantener el árbol jerárquico de los genes, pero use un conjunto diferente de columnas para crear el mapa de calor y también para ordenar las columnas según la información de esas columnas (series de tiempo en este caso). Si este no es el caso, ¿está pidiendo simplemente reorganizar las columnas en el mapa de calor de acuerdo con la serie de tiempo en el que representan sin agrupar las columnas (agrupamiento bidireccional?).
Por ejemplo, ¿está buscando eliminar la agrupación de las tres muestras (columnas) a continuación y reorganizar su orden para que representen una serie de tiempo (como DOM, luego CAS y luego MUS)?
Re: JMP Genomics - Orden de muestra en agrupamiento jerárquicoSí, me gustaría mantener el agrupamiento de genes, pero simplemente ordenar las muestras por punto de tiempo. No quiero ninguna agrupación por muestra.
El gráfico de agrupamiento jerárquico predeterminado termina agregando muchas columnas que no necesito para esta presentación. Así que he estado relanzando el análisis y seleccionando solo las columnas Std LSMeans que necesito. Desafortunadamente, el proceso no muestra el mapa de calor por defecto en el orden en que ingreso las columnas. Solo puedo hacer que aparezca el mapa de calor cuando realizo una agrupación bidireccional.
