JMP Genomics - Ordine di esempio nel clustering gerarchicoSotto l'output ANOVA per Basic RNA-Seq Workflow, JMP Genomics creerà un raggruppamento gerarchico di entrambi i campioni (colonne) e dei geni espressi in modo significativamente differenziale (righe). Tuttavia, c'è un modo per raggruppare solo sui geni? Ho un set di dati di serie temporali e vorrei che le colonne fossero disposte per punto temporale dello studio a scopo di presentazione. Non riesco a trovare un modo per farlo. Grazie in anticipo!
GraficafinestreRe: JMP Genomics - Ordine di esempio nel clustering gerarchicoCiao @Louis Altamura ,
È possibile raggruppare solo i geni e mostrare la mappa dei colori senza raggruppare i campioni, ma non è possibile modificare l'ordine delle colonne dopo il raggruppamento. Verrebbero ordinati in base all'ordine in cui sono inseriti nella finestra di dialogo Raggruppamento gerarchico. I geni sono anche raggruppati in base a quelle colonne, quindi cambiare le colonne e provare a raggruppare di nuovo cambierebbe il raggruppamento.
Sembra che tu voglia mantenere l'albero gerarchico dei geni, ma utilizzare un diverso set di colonne per creare la mappa di calore e anche per ordinare le colonne in base alle informazioni di quelle colonne (serie temporali in questo caso). Se questo non è il caso, stai chiedendo solo di riorganizzare le colonne nella mappa di calore in base alle serie temporali in cui rappresentano senza raggruppare le colonne (raggruppamento a due vie?).
Ad esempio, stai cercando di rimuovere il raggruppamento dei tre campioni (colonne) di seguito e riorganizzare il loro ordine in modo che rappresentino una serie temporale (come DOM, quindi CAS e quindi MUS)?
Re: JMP Genomics - Ordine dei campioni nel clustering gerarchicoSì, vorrei mantenere il raggruppamento dei geni, ma semplicemente ordinare i campioni per punto temporale. Non voglio alcun raggruppamento per campione.
Il grafico di clustering gerarchico predefinito finisce per aggiungere molte colonne che non mi servono per questa presentazione. Quindi ho rilanciato l'analisi e selezionato solo le colonne Std LSMeans di cui ho bisogno. Sfortunatamente, il processo non mostra la mappa termica per impostazione predefinita nell'ordine in cui inserisco le colonne. Posso far apparire la mappa di calore solo quando eseguo un raggruppamento a due vie.
