JMP Genomics - Critères de valeur P pour le flux de travail de base de séquençage de l'ARNLors de l'utilisation du flux de travail Basic RNA-Seq dans JMP Genomics, comment la signification est-elle définie ?
Bien que j'aie précisé l'ajustement de la valeur p du FDR, les graphiques du volcan représentent toujours les valeurs p non ajustées sur l'axe des Y. En parlant de graphiques du volcan, comment la ligne horizontale est-elle déterminée ? Cette valeur semble fluctuer entre les expériences, mais je ne trouve aucune indication de ce qu'elle représente.
Sous Données de sortie, il n’est pas clair si les résultats de l’ANOVA sont filtrés sur la valeur p brute ou sur les valeurs p ajustées.
Partage et communication des résultatsFenêtresRe : JMP Genomics - Critères de valeur P pour le flux de travail de base RNA-SeqMerci @LouisAltamura ,
Il y a une mise à jour vers 10.0. Il s'agit d'un correctif qui apportera votre version à 10.1. Vous pouvez le voir ici:
https://www.jmp.com/support/notes/67/654.html
Heureux d'avoir pu aider,
Re : JMP Genomics - Critères de valeur P pour le flux de travail de base RNA-SeqMerci Chris! J'utilise toujours la version 10.0 et la boîte de dialogue d'aide pointe vers une ressource plus ancienne. Ce nouveau guide de l'utilisateur pour 10.1 semble être beaucoup plus clair.
Re : JMP Genomics - Critères de valeur P pour le flux de travail de base RNA-SeqSalut @LouisAltamura ,
Les -log10(valeurs-p) non ajustées sont tracées sur l'axe y du tracé du volcan. La ligne horizontale tracée est le seuil de valeur p ajusté (dans ce cas ajusté par FDR) défini dans la boîte de dialogue de flux de travail RNA-Seq de base (voir la section Tests multiples dans la figure ci-dessous). Ce seuil est ce qui est utilisé pour filtrer les transcrits de sorte que tout transcrit qui a une -log10(valeur-p) brute supérieure ou égale à ce seuil ajusté FDR est conservé et le reste est filtré.
Voici l'aide en ligne concernant plus de détails sur la sortie du rapport des résultats de l'ANOVA :
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG101_documentation/Content/JMPGUserGuide/OT_G_EX_0021.htm#expression2_625941553_431746
J'espère que cela t'aides,
