JMP Genomics - Critères de valeur P pour le flux de travail Basic RNA-SeqLors de l'utilisation du flux de travail Basic RNA-Seq dans JMP Genomics, comment la signification est-elle définie ?
Bien que j'aie spécifié l'ajustement de la valeur p du FDR, les tracés du volcan représentent toujours les valeurs p non ajustées sur l'axe des y. En parlant de tracés volcaniques, comment la ligne horizontale est-elle déterminée ? Cette valeur semble fluctuer entre les expériences, mais je ne trouve aucune indication de ce qu'elle représente.
Sous Données de sortie, il n'est pas clair si les résultats de l'ANOVA sont filtrés sur la valeur p brute ou les valeurs p ajustées.
Tableau de donnéesGraphiqueles fenêtresRe: JMP Genomics - Critères de valeur P pour le flux de travail Basic RNA-Seqsalut @LouisAltamura ,
Les -log10 (valeurs p) non ajustés sont tracés sur l'axe des y du graphique du volcan. La ligne horizontale tracée est le seuil de valeur p ajusté (dans ce cas ajusté FDR) défini dans la boîte de dialogue Flux de travail RNA-Seq de base (voir la section Tests multiples dans la figure ci-dessous). Ce seuil est ce qui est utilisé pour filtrer les transcrits afin que tout transcrit ayant un -log10 brut (valeur p) supérieur ou égal à ce seuil ajusté FDR soit conservé et le reste soit filtré.
Voici l'aide en ligne concernant quelques détails supplémentaires sur la sortie du rapport des résultats de l'ANOVA :
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG101_documentation/Content/JMPGUserGuide/OT_G_EX_0021.htm#expression2_625941553_431746
J'espère que cela t'aides,
Re : JMP Genomics - Critères de valeur P pour le flux de travail de base RNA-SeqMerci Chris! J'utilise toujours la version 10.0 et la boîte de dialogue d'aide pointe vers une ressource plus ancienne. Ce nouveau guide de l'utilisateur pour 10.1 semble être beaucoup plus clair.
