JMP Genomics の基本的な RNA-Seq ワークフローを使用する場合、重要性はどのように定義されますか?
FDR p 値調整を指定しましたが、ボルケーノ プロットでは、調整されていない p 値が y 軸にグラフ化されます。ボルケーノ プロットといえば、水平線はどのように決定されるのでしょうか。この値は実験ごとに変動しているようですが、何を表しているかを示すものを見つけることができません。
「出力データ」では、ANOVA 結果が生の p 値でフィルタリングされているのか、調整された p 値でフィルタリングされているのかが明確ではありません。
こんにちは@LouisAltamura 、
未調整の-log10（p値）は、火山プロットのy軸にプロットされます。 描かれた水平線は、Basic RNA-Seq Workflowダイアログで定義された調整済み（この場合はFDR調整済み）のp値カットオフです（下図の「多重検定」セクションを参照）。 このカットオフは、トランスクリプトをフィルタリングするために使用されるものであるため、このFDR調整済みカットオフ以上のraw -log10（p-value）を持つトランスクリプトは保持され、残りはフィルターで除外されます。
ANOVA結果のレポート出力の詳細に関するオンラインヘルプは次のとおりです。
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG101_documentation/Content/JMPGUserGuide/OT_G_EX_0021.htm#expression2_625941553_431746
お役に立てれば、
