JMPゲノミクス-基本的なRNA-SeqワークフローのP値基準JMPゲノミクスで基本的なRNA-Seqワークフローを使用する場合、重要性はどのように定義されますか？
FDR p値調整を指定しましたが、火山プロットは未調整のp値をy軸にグラフ化したままです。 火山プロットと言えば、水平線はどのように決定されますか？ この値は実験間で変動しているように見えますが、それが何を表しているのかはわかりません。
[出力データ]では、ANOVAの結果が生のp値でフィルタリングされているのか調整されたp値でフィルタリングされているのかが明確ではありません。
データ表グラフィックスウィンドウズRe：JMPゲノミクス-基本的なRNA-SeqワークフローのP値基準こんにちは@LouisAltamura 、
未調整の-log10（p値）は、火山プロットのy軸にプロットされます。 描かれた水平線は、Basic RNA-Seq Workflowダイアログで定義された調整済み（この場合はFDR調整済み）のp値カットオフです（下図の「多重検定」セクションを参照）。 このカットオフは、トランスクリプトをフィルタリングするために使用されるものであるため、このFDR調整済みカットオフ以上のraw -log10（p-value）を持つトランスクリプトは保持され、残りはフィルターで除外されます。
ANOVA結果のレポート出力の詳細に関するオンラインヘルプは次のとおりです。
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG101_documentation/Content/JMPGUserGuide/OT_G_EX_0021.htm#expression2_625941553_431746
お役に立てれば、
Re：JMPゲノミクス-基本的なRNA-SeqワークフローのP値基準クリスありがとう！ 私はまだバージョン10.0を使用しており、ヘルプダイアログは古いリソースを指しています。 10.1のこの新しいユーザーガイドは、はるかに明確なようです。
