JMP Genomics에서 기본 RNA-Seq 워크플로를 사용할 때, 중요성은 어떻게 정의됩니까?
FDR p-값 조정을 지정했지만, 화산 플롯은 여전히 y축에 조정되지 않은 p 값을 그래프로 표시합니다. 화산 플롯에 대해 말하자면, 수평선은 어떻게 결정됩니까? 이 값은 실험마다 변동하는 듯하지만, 무엇을 나타내는지 알 수 없습니다.
출력 데이터에서 ANOVA 결과가 원시 p 값이나 조정된 p 값으로 필터링되었는지 명확하지 않습니다.
안녕 @LouisAltamura ,
조정되지 않은 -log10(p-값)은 화산 플롯의 y축에 표시됩니다. 그려진 수평선은 Basic RNA-Seq Workflow 대화 상자에서 정의된 조정된(이 경우 FDR 조정된) p-값 컷오프입니다(아래 그림의 다중 테스트 섹션 참조). 이 컷오프는 이 FDR 조정 컷오프보다 크거나 같은 원시 -log10(p-값)이 있는 모든 기록이 유지되고 나머지는 필터링되도록 기록을 필터링하는 데 사용됩니다.
다음은 ANOVA 결과의 보고서 출력에 대한 자세한 내용에 대한 온라인 도움말입니다.
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG101_documentation/Content/JMPGUserGuide/OT_G_EX_0021.htm#expression2_625941553_431746
도움이 되었기를 바랍니다,
