JMP Genomics - Criteri del valore P per il flusso di lavoro di base RNA-SeqQuando si utilizza il flusso di lavoro Basic RNA-Seq in JMP Genomics, come viene definita la significatività?
Sebbene abbia specificato l'aggiustamento del valore p FDR, i diagrammi dei vulcani rappresentano comunque i valori p non aggiustati sull'asse y. A proposito di diagrammi dei vulcani, come viene determinata la linea orizzontale? Questo valore sembra fluttuare tra gli esperimenti, ma non riesco a trovare alcuna indicazione di cosa rappresenti.
In Dati di output, non è chiaro se i risultati dell'ANOVA siano filtrati in base al valore p grezzo o ai valori p aggiustati.
Condivisione e comunicazione dei risultatiFinestreRe: JMP Genomics - Criteri del valore P per il flusso di lavoro di RNA-Seq di baseCiao @Louis Altamura ,
I -log10(p-values) non aggiustati vengono tracciati sull'asse y del grafico del vulcano. La linea orizzontale tracciata è la soglia del valore p aggiustata (in questo caso aggiustata FDR) definita nella finestra di dialogo Flusso di lavoro RNA-Seq di base (vedere la sezione Test multipli nella figura seguente). Questo limite è ciò che viene utilizzato per filtrare le trascrizioni in modo che qualsiasi trascrizione che ha un valore non elaborato -log10 (valore p) maggiore o uguale a questo limite regolato FDR viene mantenuto e il resto viene filtrato.
Ecco la guida in linea relativa ad alcuni dettagli in più sull'output del report dei risultati ANOVA:
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG101_documentation/Content/JMPGUserGuide/OT_G_EX_0021.htm#expression2_625941553_431746
Spero questo sia di aiuto,
