JMP Genomics: criterios de valor P para el flujo de trabajo básico de RNA-SeqCuando se utiliza el flujo de trabajo básico de RNA-Seq en JMP Genomics, ¿cómo se define la importancia?
Aunque he especificado el ajuste del valor p del FDR, los gráficos del volcán aún representan los valores p no ajustados en el eje y. Hablando de parcelas de volcanes, ¿cómo se determina la línea horizontal? Este valor parece fluctuar entre experimentos, pero no puedo encontrar ninguna indicación de lo que representa.
En Datos de salida, no está claro si los resultados de ANOVA se filtran en el valor p sin procesar o en los valores p ajustados.
Tabla de datosGráficosVentanasRe: JMP Genomics - Criterios de valor P para el flujo de trabajo básico de RNA-SeqHola @LouisAltamura ,
Los -log10 (valores p) no ajustados se trazan en el eje y del gráfico del volcán. La línea horizontal dibujada es el valor p de corte ajustado (en este caso ajustado por FDR) definido en el cuadro de diálogo Flujo de trabajo básico de RNA-Seq (consulte la sección Pruebas múltiples en la figura siguiente). Este límite es lo que se usa para filtrar las transcripciones de modo que cualquier transcripción que tenga un -log10 (valor p) bruto mayor o igual a este límite ajustado de FDR se mantiene y el resto se filtra.
Aquí está la ayuda en línea con respecto a algunos detalles más de la salida del informe de los resultados de ANOVA:
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG101_documentation/Content/JMPGUserGuide/OT_G_EX_0021.htm#expression2_625941553_431746
Espero que esto ayude,
Re: JMP Genomics - Criterios de valor P para el flujo de trabajo básico de RNA-Seq¡Gracias Chris! Todavía estoy usando la versión 10.0 y el cuadro de diálogo de ayuda apunta a un recurso más antiguo. Esta nueva guía de usuario para 10.1 parece ser mucho más clara.
