JMP Genomics - 基本 RNA 定序工作流程的 P 值標準在 JMP Genomics 中使用基本 RNA 定序工作流程時，如何定義顯著性？
儘管我已指定 FDR p 值調整，但火山圖仍將未調整的 p 值繪製在 y 軸上。說到火山圖，水平線是如何決定的？這個值似乎在實驗之間波動，但我找不到任何表明它代表什麼的跡象。
在「輸出資料」下，尚不清楚變異數分析結果是根據原始 p 值還是調整後的 p 值進行篩選。
分享和交流成果視窗回复：JMP Genomics - 基本 RNA-Seq 工作流程的 P 值標準謝謝@路易斯阿爾塔穆拉,
有更新到 10.0. 這是一個修補程序，可以將您的版本升級到 10.1。 你可以在這裡查看：
https://www.jmp.com/support/notes/67/654.html
很高興我能幫上忙，
回复：JMP Genomics - 基本 RNA-Seq 工作流程的 P 值標準謝謝克里斯！ 我仍在使用 10.0 版，幫助對話框指向較舊的資源。 這份 10.1 的新用戶指南似乎更加清晰。
回复：JMP Genomics - 基本 RNA-Seq 工作流程的 P 值標準你好@路易斯阿爾塔穆拉,
未經調整的 -log10(p 值) 繪製在火山圖的 y 軸上。 繪製的水平線是在基本 RNA-Seq 工作流程對話框中定義的調整（在本例中為 FDR 調整）p 值截止值（參見下圖中的多重測試部分）。 此截斷值用於過濾轉錄本，因此保留原始 -log10(p 值) 大於或等於此 FDR 調整截斷值的任何轉錄本，其餘的將被過濾掉。
以下是有關方差分析結果報告輸出的更多詳細信息的聯機幫助：
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG101_documentation/Content/JMPGUserGuide/OT_G_EX_0021.htm#expression2_625941553_431746
希望這可以幫助，
