JMP Genomics – P-Wert-Kriterien für den grundlegenden RNA-Seq-WorkflowWie wird Signifikanz definiert, wenn der grundlegende RNA-Seq-Workflow in JMP Genomics verwendet wird?
Obwohl ich die FDR-p-Wert-Anpassung angegeben habe, stellen die Vulkandiagramme immer noch die nicht angepassten p-Werte auf der Y-Achse dar. Apropos Vulkandiagramme: Wie wird die horizontale Linie bestimmt? Dieser Wert scheint zwischen den Experimenten zu schwanken, aber ich kann keinen Hinweis darauf finden, was er darstellt.
Unter „Ausgabedaten“ ist nicht klar, ob die ANOVA-Ergebnisse nach dem Roh-p-Wert oder den angepassten p-Werten gefiltert werden.
Ergebnisse teilen und kommunizierenWindowsBetreff: JMP Genomics – P-Wert-Kriterien für den grundlegenden RNA-Seq-WorkflowDanke @LouisAltamura ,
Es gibt ein Update auf 10.0. Es ist ein Hotfix, der Ihre Version auf 10.1 bringt. Sie können es hier überprüfen:
https://www.jmp.com/support/notes/67/654.html
Froh, dass ich helfen konnte,
Betreff: JMP Genomics – P-Wert-Kriterien für den grundlegenden RNA-Seq-WorkflowDanke Chris! Ich verwende immer noch Version 10.0 und der Hilfedialog verweist auf eine ältere Ressource. Dieses neue Benutzerhandbuch für 10.1 scheint viel klarer zu sein.
Betreff: JMP Genomics – P-Wert-Kriterien für den grundlegenden RNA-Seq-WorkflowHallo @LouisAltamura ,
Die nicht angepassten -log10(p-Werte) werden auf der y-Achse des Vulkandiagramms aufgetragen. Die gezeichnete horizontale Linie ist der angepasste (in diesem Fall FDR-angepasste) p-Wert-Grenzwert, der im Dialogfeld „Grundlegender RNA-Seq-Arbeitsablauf“ definiert wurde (siehe Abschnitt „Mehrfachtests“ in der Abbildung unten). Dieser Grenzwert wird verwendet, um die Transkripte zu filtern, sodass alle Transkripte mit einem rohen -log10(p-Wert) größer oder gleich diesem FDR-angepassten Grenzwert beibehalten werden und der Rest herausgefiltert wird.
Hier ist die Online-Hilfe mit weiteren Details zur Berichtsausgabe der ANOVA-Ergebnisse:
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG101_documentation/Content/JMPGUserGuide/OT_G_EX_0021.htm#expression2_625941553_431746
Hoffe das hilft,
