444189_zh-TW

liliconcom

JMP Genomics - 基本 RNA-Seq 工作流程的 P 值標準

在 JMP Genomics 中使用基本 RNA-Seq 工作流程時，如何定義顯著性？

 

雖然我已經指定了 FDR p 值調整，但火山圖仍然在 y 軸上繪製未調整的 p 值。 說到火山圖，水平線是如何確定的？ 這個值似乎在實驗之間波動，但我找不到它代表什麼的任何跡象。

 

在輸出數據下，不清楚是根據原始 p 值還是調整後的 p 值過濾方差分析結果。

數據表圖形視窗回复：JMP 基因組學 - 基本 RNA-Seq 工作流程的 P 值標準

你好@路易斯阿爾塔穆拉,

 

未調整的 -log10(p 值) 繪製在火山圖的 y 軸上。 繪製的水平線是在“基本 RNA-Seq 工作流程”對話框中定義的調整後（在本例中為 FDR 調整）p 值截止值（參見下圖中的多重測試部分）。 此截止值用於過濾轉錄本，因此保留原始 -log10(p 值) 大於或等於此 FDR 調整截止值的任何轉錄本，其餘部分將被過濾掉。

 

以下是有關 ANOVA 結果報告輸出的更多詳細信息的在線幫助：

https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG101_documentation/Content/JMPGUserGuide/OT_G_EX_0021.htm#expression2_625941553_431746

 

希望這可以幫助，

 

回复：JMP 基因組學 - 基本 RNA-Seq 工作流程的 P 值標準

謝謝克里斯！ 我仍在使用 10.0 版，幫助對話框指向較舊的資源。 這個新的 10.1 用戶指南似乎更加清晰。