JMP Genomics - P-Wert-Kriterien für den grundlegenden RNA-Seq-WorkflowWie wird Signifikanz definiert, wenn der Basic RNA-Seq Workflow in JMP Genomics verwendet wird?
Obwohl ich die FDR-p-Wert-Anpassung angegeben habe, zeichnen die Vulkan-Plots immer noch die unbereinigten p-Werte auf der y-Achse. Apropos Vulkanplots, wie wird die horizontale Linie bestimmt? Dieser Wert scheint zwischen den Experimenten zu schwanken, aber ich kann keinen Hinweis darauf finden, was er darstellt.
Unter Ausgabedaten ist nicht klar, ob die ANOVA-Ergebnisse nach dem rohen p-Wert oder den angepassten p-Werten gefiltert werden.
DatentabelleGrafikFensterBetreff: JMP Genomics - P-Wert-Kriterien für den grundlegenden RNA-Seq-WorkflowHallo @LouisAltamura ,
Die unbereinigten -log10(p-Werte) sind auf der y-Achse des Vulkanplots aufgetragen. Die gezeichnete horizontale Linie ist der angepasste (in diesem Fall FDR angepasste) p-Wert-Cutoff, der im Dialog Basic RNA-Seq Workflow definiert wurde (siehe Abschnitt Mehrfachtests in der Abbildung unten). Dieser Cutoff wird verwendet, um die Transkripte zu filtern, sodass alle Transkripte, die einen rohen -log10(p-Wert) größer oder gleich diesem FDR-bereinigten Cutoff aufweisen, beibehalten und der Rest herausgefiltert wird.
Hier ist die Online-Hilfe mit einigen weiteren Details zur Berichtsausgabe der ANOVA-Ergebnisse:
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG101_documentation/Content/JMPGUserGuide/OT_G_EX_0021.htm#expression2_625941553_431746
Hoffe das hilft,
Betreff: JMP Genomics – P-Wert-Kriterien für den grundlegenden RNA-Seq-WorkflowDanke Chris! Ich verwende immer noch Version 10.0 und der Hilfedialog verweist auf eine ältere Ressource. Dieses neue Benutzerhandbuch für 10.1 scheint viel klarer zu sein.
