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JMP Genomics - 基本 RNA-Seq 工作流程的 P 值标准

在 JMP Genomics 中使用基本 RNA-Seq 工作流程时，如何定义显着性？

 

虽然我已经指定了 FDR p 值调整，但火山图仍然在 y 轴上绘制未调整的 p 值。 说到火山图，水平线是如何确定的？ 这个值似乎在实验之间波动，但我找不到它代表什么的任何迹象。

 

在输出数据下，不清楚是根据原始 p 值还是调整后的 p 值过滤方差分析结果。

数据表图形视窗回复：JMP 基因组学 - 基本 RNA-Seq 工作流程的 P 值标准

你好@路易斯阿尔塔穆拉,

 

未调整的 -log10(p 值) 绘制在火山图的 y 轴上。 绘制的水平线是在“基本 RNA-Seq 工作流程”对话框中定义的调整后（在本例中为 FDR 调整）p 值截止值（参见下图中的多重测试部分）。 此截止值用于过滤转录本，因此保留原始 -log10(p 值) 大于或等于此 FDR 调整截止值的任何转录本，其余部分将被过滤掉。

 

以下是有关 ANOVA 结果报告输出的更多详细信息的在线帮助：

https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG101_documentation/Content/JMPGUserGuide/OT_G_EX_0021.htm#expression2_625941553_431746

 

希望这可以帮助，

 

回复：JMP 基因组学 - 基本 RNA-Seq 工作流程的 P 值标准

谢谢克里斯！ 我仍在使用 10.0 版，帮助对话框指向较旧的资源。 这个新的 10.1 用户指南似乎更加清晰。