Hallo,
Ich versuche, die Auswirkungen von Metallionen auf verschiedene Metaboliten in Regenwürmern zu modellieren - dh es handelt sich um eine Frage der Umweltverschmutzung. Ich habe sowohl Konzentrationswerte für eine Reihe verschiedener Metallionen als auch für eine Reihe verschiedener Metaboliten, beide pro Wurm (individuell).
Die Analyse wird durch die Tatsache erschwert, dass die Würmer an verschiedenen Standorten gesammelt werden und es eine klare Clusterbildung innerhalb der Standorte gibt - sowohl in Bezug auf die Ähnlichkeit der Metaboliten als auch auf die Metallionenkonzentrationen (diese Sekunde überrascht nicht, da einige der die Standorte wurden speziell beprobt, weil sie verschmutzt waren).
Ich versuche, den Effekt auf Metaboliten als Modell mit gemischten Effekten zu modellieren, indem ich das Menü "Modell anpassen" verwende, mit "Metall" als festem Effekt und "Ort" und "Ort x Metall" als zufällige Effekte ("Metall" und "Metabolit". " sind kontinuierliche Variablen, "site" ist kategorial).
Nun, hier ist meine Frage. Für einige Metaboliten gibt mir die JMP-Ausgabe, was ich suche, einen Signifikanztest ("Fixed-Effect-Test") für die Wirkung von Metallionen auf die Metabolitenkonzentration, ABER für einige andere Metaboliten berechnet er keinen Wert, und nur gibt "." Irgendwelche Vorschläge, was los ist? Es gibt keine fehlenden Werte, daher ist die Anzahl der Stichproben und Variablen identisch - es gibt mir nur eine Antwort für einige abhängige Variablen und für andere nicht.
Danke schön...
Können Sie die Datentabelle entweder als angehängte Datei oder als Screenshot freigeben?
Können Sie die JMP-Plattform (als Bild) auch teilen? Es kann sein, dass Sie das Modell so spezifiziert haben, dass einige Effekte verwechselt werden.
Wirken die Seiten als Blockierungsfaktor mit einem zufälligen Effekt? Ist diese Interpretation das, was Sie mit "eindeutige Clusterbildung innerhalb von Sites" meinen?
Können Sie die Datentabelle entweder als angehängte Datei oder als Screenshot freigeben?
Ich lade eine abgespeckte Version hoch – sie ist dieselbe wie die Originaldatei, aber ich habe gerade fast alle Variablen gelöscht, sodass gerade genug übrig ist, um zwei Vergleiche darzustellen.
(Bitte beachten Sie, dass zwei der Proben, Zeilen 21 und 22, von der Analyse ausgeschlossen sind.)
Können Sie die JMP-Plattform (als Bild) auch teilen? Es kann sein, dass Sie das Modell so spezifiziert haben, dass einige Effekte verwechselt werden.
Ja, das probiere ich mal aus, danke - hoffentlich meintest du das, ein Screenshot der relevanten Optionen?
Beachten Sie, dass die beiden gezeigten Y-Variablen für mich unterschiedliche Ergebnisse haben, da JMP erfolgreich einen P-Wert für die eine berechnet, aber nicht für die andere.
Wirken die Seiten als Blockierungsfaktor mit einem zufälligen Effekt? Ist diese Interpretation das, was Sie mit "eindeutige Clusterbildung innerhalb von Sites" meinen?
Dies ist kein geplanter Feldversuch - das sind Würmer von indigenen Bevölkerungen, wo wir sie ausgegraben haben. (Zur vollständigen Referenz: Wir klassifizieren die Standorte als "Kontrolle" und "vorhergesagt", und ich würde auch gerne versuchen, diese Klassifizierung zu modellieren, aber für die aktuelle Frage versuche ich, die Beziehung für potenzielle Schadstoffe (Metall Ionen) pro Wurm statt pro Standort.) Die Fundorte unterscheiden sich stark voneinander, egal ob Sie die Klassifizierung anhand von Metallionen vornehmen oder anhand der Wurmmetabolitenkonzentrationen - zB durch multivariate Ansätze wie PCA übersichtlich visualisiert. Ich halte mich definitiv nicht für Experten in der Verwendung von Mixed-Effects-Modellen - mein Ansatz hier basiert auf Diskussionen mit Kollegen, und ich wäre nicht schockiert, wenn ich versuche, etwas zu tun, das nicht gerechtfertigt ist. Hinweis: Einer ihrer Kommentare war, dass die Zuweisung von Zufallseffekten nur für kategoriale Variablen wirklich sinnvoll ist, aber JMP erlaubt es, kontinuierlichen Variablen Zufallseffekte zuzuweisen: Soll ich einfach davon ausgehen, dass dies keine gute Idee ist?
Zusammenfassend kann ich mit PCA- und PLS-Modellierung (mit Cross-Validation-Holdout-Sets basierend auf der Site, mit einem anderen Paket als JMP) zu einer funktionierenden Antwort gelangen - vielleicht sollte ich mir einen Resampling-Ansatz für die Univariate ansehen Analysen auch??), aber ich würde wirklich gerne die Antwort auch auf den univariaten Fall bekommen.Es gibt drei Gründe:
- Ich möchte neben der multivariaten auch eine univariate Analyse präsentieren können.
- Auch wenn ich in erster Linie die multivariaten Analysen präsentiere, ist es wirklich sinnvoll, Schlüsselvariablen als potenzielle Biomarker herausgreifen und genauer analysieren zu können.
- Ich möchte verstehen können, was los ist!
Danke vielmals ...
