Bonjour,
J'essaie de modéliser les effets des ions métalliques sur différents métabolites chez les vers de terre - c'est-à-dire que c'est une question de pollution environnementale. J'ai les deux valeurs de concentration pour un certain nombre d'ions métalliques différents et pour un certain nombre de métabolites différents, tous deux par ver (individuel).
L'analyse est compliquée par le fait que les vers sont collectés à partir d'un certain nombre de sites différents, et qu'il existe un regroupement clair au sein des sites - à la fois en termes de similarité des métabolites et également de concentrations d'ions métalliques (ceci n'est pas surprenant, car certains des les sites ont été échantillonnés spécifiquement parce qu'ils étaient pollués).
J'essaie de modéliser l'effet sur les métabolites en tant que modèle à effets mixtes, en utilisant le menu Ajuster le modèle, avec "métal" comme effet fixe et "site" et "site x métal" comme effets aléatoires ("métal" et "métabolite " sont des variables continues, "site" est catégorique).
Maintenant, voici ma question. Pour certains métabolites, la sortie JMP me donne ce que je recherche, un test de signification ("test à effet fixe") pour l'effet de l'ion métallique sur la concentration en métabolites, MAIS pour certains autres métabolites, il ne calcule pas de valeur, et juste donne "." Des suggestions sur ce qui se passe? Il n'y a pas de valeurs manquantes, donc le nombre d'échantillons et de variables est identique - c'est juste que cela me donne une réponse pour certaines variables dépendantes et pas pour d'autres.
Merci...
Pouvez-vous partager le tableau de données, soit sous forme de fichier joint, soit sous forme de capture d'écran ?
Pouvez-vous également partager la plateforme JMP (sous forme d'image) ? Il se peut que vous ayez spécifié le modèle d'une manière qui confond certains effets.
Les sites agissent-ils comme un facteur de blocage, avec un effet aléatoire ? Cette interprétation est-elle ce que vous entendez par « regroupement clair au sein des sites ? »
Pouvez-vous partager le tableau de données, soit sous forme de fichier joint, soit sous forme de capture d'écran ?
Je vais télécharger une version réduite - c'est le même que le fichier d'origine, mais je viens de supprimer presque toutes les variables, en laissant juste assez pour représenter deux comparaisons.
(NB que deux des échantillons, rangées 21 et 22, sont exclus de l'analyse.)
Pouvez-vous également partager la plateforme JMP (sous forme d'image) ? Il se peut que vous ayez spécifié le modèle d'une manière qui confond certains effets.
Oui, je vais essayer, merci - j'espère que c'est ce que vous vouliez dire, une capture d'écran des options pertinentes choisies ?
NB que pour moi, les deux variables Y présentées ont des résultats différents, dans la mesure où JMP calcule avec succès une valeur P pour l'une mais pas pour l'autre.
Les sites agissent-ils comme un facteur de blocage, avec un effet aléatoire ? Cette interprétation est-elle ce que vous entendez par « regroupement clair au sein des sites ? »
Ce n'est pas un essai sur le terrain conçu - ce sont des vers de populations indigènes, où nous sommes allés et les avons déterrés. (Pour une référence plus complète : nous classons les sites en tant que « contrôle » et « prédit », et j'aimerais également essayer de modéliser cette classification, mais pour la question actuelle, j'essaie de modéliser la relation pour les polluants potentiels (métal ions) par ver, plutôt que par site.) Les sites sont très distincts les uns des autres, que vous fassiez la classification sur la base des ions métalliques ou des concentrations de métabolites des vers - par exemple clairement visualisés par des approches multivariées telles que l'ACP. Je ne me considère certainement pas du tout comme un expert dans l'utilisation de modèles à effets mixtes - mon approche ici est basée sur des discussions avec des collègues, et je ne serais pas choqué de constater que j'essaie de faire quelque chose qui n'est pas justifié. NB l'un de leurs commentaires était que l'attribution d'effets aléatoires n'a vraiment de sens que pour les variables catégorielles, mais JMP permet d'attribuer des effets aléatoires aux variables continues : dois-je simplement supposer que ce n'est pas une bonne idée ?
En résumé, je peux obtenir une réponse qui fonctionne, en utilisant la modélisation PCA et PLS (avec des ensembles de validation croisée basés sur le site, en utilisant un package différent de JMP - je devrais peut-être envisager une sorte d'approche de rééchantillonnage pour l'univarié analyses aussi ??), mais j'aimerais vraiment pouvoir obtenir la réponse au cas univarié aussi.Il y a trois raisons :
- J'aimerais pouvoir présenter une analyse univariée à côté de l'analyse multivariée.
- Même si je présente principalement les analyses multivariées, il est vraiment utile de pouvoir extraire des variables clés comme biomarqueurs potentiels, et de les analyser plus en détail.
- Je veux pouvoir comprendre ce qui se passe !
Merci beaucoup ...
