Hola,
Estoy tratando de modelar los efectos de los iones metálicos sobre diferentes metabolitos en las lombrices de tierra, es decir, es una cuestión de contaminación ambiental. Tengo ambos valores de concentración para varios iones metálicos diferentes y para varios metabolitos diferentes, ambos por gusano (individual).
El análisis se complica por el hecho de que los gusanos se recolectan de varios sitios diferentes, y hay una agrupación clara dentro de los sitios, tanto en términos de similitud de metabolitos como de concentraciones de iones metálicos (este segundo no es sorprendente, ya que algunos de los los sitios fueron muestreados específicamente porque estaban contaminados).
Estoy intentando modelar el efecto sobre los metabolitos como un modelo de efectos mixtos, utilizando el menú Ajustar modelo, con "metal" como efecto fijo y "sitio" y "sitio x metal" como efectos aleatorios ("metal" y "metabolito "son variables continuas," sitio "es categórico).
Ahora, esta es mi pregunta. Para algunos metabolitos, la salida de JMP me da lo que estoy buscando, una prueba de significación ("prueba de efectos fijos") para el efecto del ión metálico en la concentración de metabolitos, PERO para algunos otros metabolitos, no calcula un valor, y simplemente da "." ¿Alguna sugerencia sobre lo que está pasando? No hay valores perdidos, por lo que la cantidad de muestras y variables es idéntica; es solo que me da una respuesta para algunas variables dependientes y no para otras.
gracias...
¿Puede compartir la tabla de datos, ya sea como un archivo adjunto o como una captura de pantalla?
¿También puedes compartir la plataforma JMP (como imagen)? Puede ser que haya especificado el modelo de una manera que confunda algunos efectos.
¿Los sitios actúan como un factor de bloqueo, con un efecto aleatorio? ¿Es esa interpretación lo que quiere decir con "agrupación clara dentro de los sitios"?
¿Puede compartir la tabla de datos, ya sea como un archivo adjunto o como una captura de pantalla?
Subiré una versión reducida; es igual que el archivo original, pero acabo de eliminar casi todas las variables, dejando lo suficiente para representar dos comparaciones.
(Tenga en cuenta que dos de las muestras, filas 21 y 22, se excluyen del análisis).
¿También puedes compartir la plataforma JMP (como imagen)? Puede ser que haya especificado el modelo de una manera que confunda algunos efectos.
Sí, lo intentaré, gracias. Con suerte, esto es lo que quisiste decir, ¿una captura de pantalla de las opciones relevantes elegidas?
Tenga en cuenta que, para mí, las dos variables Y mostradas tienen resultados diferentes, ya que JMP calcula con éxito un valor P para una pero no para la otra.
¿Los sitios actúan como un factor de bloqueo, con un efecto aleatorio? ¿Es esa interpretación lo que quiere decir con "agrupación clara dentro de los sitios"?
Esta no es una prueba de campo diseñada, son gusanos de poblaciones indígenas, adonde hemos ido y los hemos desenterrado. (Para una referencia más completa: clasificamos los sitios como "control" y "predichos", y también me gustaría intentar modelar esta clasificación, pero para la pregunta actual, estoy tratando de modelar la relación de contaminantes potenciales (metal iones) por gusano, en lugar de por sitio). Los sitios son muy distintos entre sí, ya sea que realice la clasificación en función de los iones metálicos o de las concentraciones de metabolitos del gusano, por ejemplo, visualizados claramente mediante enfoques multivariados como PCA. Definitivamente no me considero un experto en el uso de modelos de efectos mixtos; mi enfoque aquí se basa en la discusión con colegas, y no me sorprendería descubrir que estoy tratando de hacer algo que no está justificado. NB uno de sus comentarios fue que asignar efectos aleatorios solo es realmente significativo para variables categóricas, pero JMP permite asignar efectos aleatorios a variables continuas: ¿debería simplemente asumir que esto no es una buena idea?
Resumiendo, puedo llegar a una respuesta que funciona, usando modelado PCA y PLS (con conjuntos de retención de validación cruzada basados en el sitio, usando un paquete diferente a JMP; tal vez debería estar buscando algún tipo de enfoque de remuestreo para el univariante análisis también ??), pero realmente me gustaría poder obtener la respuesta al caso univariante también.Hay tres razones:
- Me gustaría poder presentar un análisis univariado junto con el multivariado.
- Incluso si presento principalmente los análisis multivariados, es realmente útil poder extraer variables clave como posibles biomarcadores y analizarlas con más detalle.
- ¡Quiero poder entender lo que está pasando!
muchas gracias ...
