[4PL擬合]使用不同濃度單位的不同拐點社區您好，
我們在非線性 4P Rodbard 擬合的拐點計算中遇到一些問題。
該模型是基本的：
X: 濃度 [nM]
Y：%特定殺戮
作者：樣品
我通常在 JMP 上運行這個，但我們部門的其他團隊成員正在使用 ou 生物資訊學家的服務，而她使用的是 pM 中的濃度。
乍一看，沒問題，只有 1000 倍的差異。 然而，我們發現對於某些擬合，她沒有任何問題，但我在 JMP 上觀察到不同的結果。
這是一個例子：
| 濃度 [nM] |
濃度 [pM] |
特定殺傷率[%] |
| 20 |
20000 |
103.2 |
| 2 |
2000年 |
103.5 |
| 0.2 |
200 |
102.6 |
| 0.02 |
20 |
104.9 |
| 0.002 |
2 |
99.9 |
| 0.0002 |
0.2 |
-5.0 |
| 0.00002 |
0.02 |
13.3 |
| 0.000002 |
0.002 |
9.2 |
| 2E-07 |
0.0002 |
0.3 |
| 2E-08 |
0.00002 |
6.1 |
這是我的模型結果
使用 x 作為濃度 [nM]
| 範圍 |
估計 |
標準誤差 |
沃德卡方 |
機率 > 卡方 |
低於95% |
95%以上 |
| 成長率 |
-5.39 |
282.61 |
0.00 |
0.98 |
-559.29 |
548.50 |
| 轉折點 |
0.001096 |
0.03 |
0.00 |
0.97 |
-0.07 |
0.07 |
| 下漸近線 |
4.77 |
2.98 |
2.57 |
0.11 |
-1.07 |
10.61 |
| 上漸近線 |
103.55 |
2.98 |
1209.02 |
<.0001 |
97.71 |
109.39
|
使用 x 作為濃度 [pM]
| 範圍 |
估計 |
標準誤差 |
沃德卡方 |
機率 > 卡方 |
低於95% |
95%以上 |
| 成長率 |
-6.76 |
6445.81 |
0.00 |
1.00 |
-12640.32 |
12626.80 |
| 轉折點 |
1.2354 |
567.78 |
0.00 |
1.00 |
-1111.60 |
1114.07 |
| 下漸近線 |
4.77 |
2.98 |
2.57 |
0.11 |
-1.06 |
10.61 |
| 上漸近線 |
103.54 |
2.98 |
1209.97 |
<.0001 |
97.71 |
109.38 |
正如您所看到的，不僅拐點存在 1000 倍的差異（還有其他差異，例如成長率）。
你知道為什麼我們會有這樣的差異嗎？ 對於我們幾乎所有的樣本來說，沒有差異，只有少數差異，
如果使用我們的生物資訊腳本在 Prism 上使用 R 運行具有可變斜率的 4PL，我們也會看到不同的值（何時通常是相似的）。
你能幫助我們嗎？
在此先感謝您的幫助 ：）
分享和交流成果回覆：[4PL擬合]使用不同濃度單位的不同拐點不，這不是數據不精確的問題。 這一事實是透過非線性模型中隱含的稱為誤差的隨機效應來處理的。 這是由於模型選擇不當、缺乏支援所選模型的數據以及您所使用的軟體和硬體實現的數值方法的精度有限。
回覆：[4PL擬合]使用不同濃度單位的不同拐點感謝您的見解！
我了解到，根據這些數據，需要更改稀釋度以找到曲線中間的某個值，以便更好地擬合和近似拐點。
讓我感到奇怪的是，JMP 使用 2 個不同的單位以不同的方式擬合該模型，而其他軟體對這兩個單位給出了類似的答案（但與 JMP 不同）。 我想最主要的原因是數據不準確。
回覆：[4PL擬合]使用不同濃度單位的不同拐點您的數據顯示的是階躍函數，而不是 S 形曲線。 您有下漸近線和上漸近線，但沒有有關它們之間過渡的資訊（數據）。 該數據可能已被選擇作為調查來定位轉變，但它無法對轉變進行建模。 我建議進行第二項研究，放大更窄的範圍，該範圍仍然包括兩個漸近線，但也顯示了幾個濃度的轉變。
回覆：[4PL擬合]使用不同濃度單位的不同拐點感謝您的回覆 ！
據我了解，Rodbard擬合是專門為非對數轉換資料擬合而設計的。 這就是我們通常選擇這種模式的原因。
如果出於任何原因我們必須使用對數轉換數據，我們通常會選擇 4P-Hill 模型。
實際上，如果您更改比例的可視化（使用軸的對數可視化而不進行對數轉換進行擬合），我們確實有一個很好的擬合，如下所示：
（但我的想法可能是錯的，我不是數學家:)。）
然而，你的第二點對我來說是有意義的，對於這個樣本來說，2pM 和 0.2pM 之間確實存在很大的差距，這可能是拐點近似的問題。
這也是我們內部注意到的，這通常是為什麼我們的 pM 和 nM 近似值之間以及不同軟體之間（乍看之下使用相同模型）不一致的原因。
謝謝。
回覆：[4PL擬合]使用不同濃度單位的不同拐點你混淆了數學和計算。 是的，單位的變化意味著濃度水平相差 1000 倍。 但參數是根據數據估計的。 您正在推動估計的數值準確性。 此外，指定的模型（1）在這種情況下是一個糟糕的選擇，或者（2）沒有得到數據的良好支持。
我使用 JMP：文件 > Internet 開啟 > 網頁根據您的範例建立 JMP 資料表。
以下是使用「分析」>「專業建模」>「擬合曲線」和濃度以 nM 為單位的 Rodbard 模型進行的擬合。
以下是相同的分析，但使用濃度作為 pM：
您可以立即看到問題所在。 使用任一單位都看不到 S 形形狀。 這種情況導致估計不穩定。 我嘗試了 log10 轉換，但沒有幫助。 反應在 2 到 0.2 nM 之間發生突然變化，因此未觀察到 S 形形狀。 為了使用此模型，您可能必須將濃度擴大到 2 到 0.2 nM 之間才能更好地定義轉變。
