[4PL拟合]使用不同浓度单位的不同拐点社区您好，
我们在非线性 4P Rodbard 拟合的拐点计算中遇到一些问题。
该模型是基本的：
X: 浓度 [nM]
Y：%特定杀戮
作者：样品
我通常在 JMP 上运行这个，但我们部门的其他团队成员正在使用 ou 生物信息学家的服务，而她使用的是 pM 中的浓度。
乍一看，没问题，只有 1000 倍的差异。 然而，我们发现对于某些拟合，她没有任何问题，但我在 JMP 上观察到不同的结果。
这是一个例子：
| 浓度 [nM] |
浓度 [pM] |
特定杀伤率[%] |
| 20 |
20000 |
103.2 |
| 2 |
2000年 |
103.5 |
| 0.2 |
200 |
102.6 |
| 0.02 |
20 |
104.9 |
| 0.002 |
2 |
99.9 |
| 0.0002 |
0.2 |
-5.0 |
| 0.00002 |
0.02 |
13.3 |
| 0.000002 |
0.002 |
9.2 |
| 2E-07 |
0.0002 |
0.3 |
| 2E-08 |
0.00002 |
6.1 |
这是我的模型结果
使用 x 作为浓度 [nM]
| 范围 |
估计 |
标准误差 |
沃尔德卡方 |
概率 > 卡方 |
低于95% |
95%以上 |
| 增长率 |
-5.39 |
282.61 |
0.00 |
0.98 |
-559.29 |
548.50 |
| 拐点 |
0.001096 |
0.03 |
0.00 |
0.97 |
-0.07 |
0.07 |
| 下渐近线 |
4.77 |
2.98 |
2.57 |
0.11 |
-1.07 |
10.61 |
| 上渐近线 |
103.55 |
2.98 |
1209.02 |
<.0001 |
97.71 |
109.39
|
使用 x 作为浓度 [pM]
| 范围 |
估计 |
标准误差 |
沃尔德卡方 |
概率 > 卡方 |
低于95% |
95%以上 |
| 增长率 |
-6.76 |
6445.81 |
0.00 |
1.00 |
-12640.32 |
12626.80 |
| 拐点 |
1.2354 |
567.78 |
0.00 |
1.00 |
-1111.60 |
1114.07 |
| 下渐近线 |
4.77 |
2.98 |
2.57 |
0.11 |
-1.06 |
10.61 |
| 上渐近线 |
103.54 |
2.98 |
1209.97 |
<.0001 |
97.71 |
109.38 |
正如您所看到的，不仅拐点存在 1000 倍的差异（还有其他差异，例如增长率）。
你知道为什么我们会有这样的差异吗？ 对于我们几乎所有的样本来说，没有差异，只有少数差异，
如果使用我们的生物信息脚本在 Prism 上使用 R 运行具有可变斜率的 4PL，我们也会看到不同的值（什么时候通常是相似的）。
你能帮助我们吗？
在此先感谢您的帮助 ：）
分享和交流结果回复：[4PL拟合]使用不同浓度单位的不同拐点不，这不是数据不精确的问题。 这一事实是通过非线性模型中隐含的称为误差的随机效应来处理的。 这是由于模型选择不当、缺乏支持所选模型的数据以及您所使用的软件和硬件实现的数值方法的精度有限。
回复：[4PL拟合]使用不同浓度单位的不同拐点感谢您的见解！
我了解到，根据这些数据，需要更改稀释度以找到曲线中间的某个值，以便更好地拟合和近似拐点。
让我感到奇怪的是，JMP 使用 2 个不同的单位以不同的方式拟合该模型，而其他软件对这两个单位给出了类似的答案（但与 JMP 不同）。 我想最主要的原因是数据不准确。
回复：[4PL拟合]使用不同浓度单位的不同拐点您的数据显示的是阶跃函数，而不是 S 形曲线。 您有下渐近线和上渐近线，但没有有关它们之间过渡的信息（数据）。 该数据可能已被选择作为调查来定位转变，但它无法对转变进行建模。 我建议进行第二项研究，放大更窄的范围，该范围仍然包括两个渐近线，但也显示了几个浓度的转变。
回复：[4PL拟合]使用不同浓度单位的不同拐点感谢您的回复 ！
据我了解，Rodbard拟合是专门为非对数转换数据拟合而设计的。 这就是我们通常选择这种模式的原因。
如果出于任何原因我们必须使用对数转换数据，我们通常会选择 4P-Hill 模型。
实际上，如果您更改比例的可视化（使用轴的对数可视化而不进行对数转换进行拟合），我们确实有一个很好的拟合，如下所示：
（但我的想法可能是错误的，我不是数学家:)。）
然而，你的第二点对我来说是有意义的，对于这个样本来说，2pM 和 0.2pM 之间确实存在很大的差距，这可能是拐点近似的问题。
这也是我们内部注意到的，这通常就是为什么我们的 pM 和 nM 近似值之间以及不同软件之间（乍一看使用相同模型）不一致的原因。
谢谢。
回复：[4PL拟合]使用不同浓度单位的不同拐点你混淆了数学和计算。 是的，单位的变化意味着浓度水平相差 1000 倍。 但参数是根据数据估计的。 您正在推动估计的数值准确性。 此外，指定的模型（1）在这种情况下是一个糟糕的选择，或者（2）没有得到数据的很好支持。
我使用 JMP：文件 > Internet 打开 > 网页根据您的示例创建 JMP 数据表。
以下是使用“分析”>“专业建模”>“拟合曲线”和浓度以 nM 为单位的 Rodbard 模型进行的拟合。
以下是相同的分析，但使用浓度作为 pM：
您可以立即看到问题所在。 使用任一单位都看不到 S 形形状。 这种情况导致估计不稳定。 我尝试了 log10 转换，但没有帮助。 响应在 2 到 0.2 nM 之间发生突然变化，因此未观察到 S 形形状。 为了使用此模型，您可能必须将浓度扩大到 2 到 0.2 nM 之间才能更好地定义转变。
