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[Raccord 4PL] Différents points d'inflexion utilisant différentes unités de concentration

Bonjour la communauté,

 

Nous sommes confrontés à un problème dans notre calcul du point d'inflexion pour un raccord Rodbard 4P non linéaire.

 

Le modèle est basique :

X : concentration [nM]

Y : % de meurtres spécifiques

Par : échantillons

 

Je l'exécute habituellement sur JMP, mais d'autres membres de l'équipe de notre département utilisent les services de notre bio-informaticienne et elle a utilisé la concentration en pM.

À première vue, pas de problème, seul un facteur de 1000 devrait faire la différence. Cependant, nous avons constaté que pour certains essayages, elle n'avait aucun problème mais j'ai observé des résultats différents sur JMP.

 

Voici un exemple:

Concentration [nM]	Concentration [après-midi]	Mise à mort spécifique [%]
20	20000	103.2
2	2000	103,5
0,2	200	102,6
0,02	20	104,9
0,002	2	99,9
0,0002	0,2	-5,0
0,00002	0,02	13.3
0,000002	0,002	9.2
2E-07	0,0002	0,3
2E-08	0,00002	6.1

 

Et voici mes résultats de modèle

Utiliser x comme concentration [nM]

Paramètre	Estimation	Erreur standard	Wald ChiSquare	Prob > ChiSquare	95 % inférieur	95 % supérieur
Taux de croissance	-5,39	282.61	0,00	0,98	-559.29	548,50
Point d'inflexion	0,001096	0,03	0,00	0,97	-0.07	0,07
Asymptote inférieure	4.77	2,98	2,57	0,11	-1.07	10,61
Asymptote supérieure	103,55	2,98	1209.02	<.0001	97,71	109.39

 

Utiliser x comme concentration [pM]

Paramètre	Estimation	Erreur standard	Wald ChiSquare	Prob > ChiSquare	95 % inférieur	95 % supérieur
Taux de croissance	-6,76	6445.81	0,00	1,00	-12640.32	12626.80
Point d'inflexion	1.2354	567,78	0,00	1,00	-1111.60	1114.07
Asymptote inférieure	4.77	2,98	2,57	0,11	-1.06	10,61
Asymptote supérieure	103,54	2,98	1209.97	<.0001	97,71	109,38

 

Comme vous pouvez le voir, il n'y a pas seulement des différences de 1 000 fois dans le point d'inflexion (et d'autres différences, par exemple le taux de croissance).

 

Savez-vous pourquoi nous avons une telle différence ? Pour presque tous nos échantillons, il n'y a pas de différences, il n'y en a que quelques-uns,

Nous voyons également une valeur différente si vous exécutez un 4PL avec une pente variable sur Prism avec R en utilisant notre script bio-info (quand est-il généralement similaire).

 

Pouvez-vous nous aider ?

 

Merci d'avance pour votre aide

AnalytiqueRe: [raccord 4PL] Différents points d'inflexion utilisant différentes unités de concentration

Vous confondez mathématiques et informatique. Oui, le changement d'unité signifie que les niveaux de concentration sont différents d'un facteur 1000. Mais les paramètres sont estimés à partir des données. Vous poussez la précision numérique de l'estimation. De plus, le modèle désigné est (1) un mauvais choix dans ce cas ou (2) n'est pas bien supporté par les données.

 

J'ai utilisé JMP : Fichier > Ouvrir Internet > Page Web pour créer une table de données JMP à partir de votre exemple.

 

 

Voici l'ajustement en utilisant Analyse > Modélisation spécialisée > Courbe d'ajustement et le modèle de Rodbard avec concentration en nM.

 

 

Voici la même analyse mais en utilisant la concentration comme pM :

 

 

Vous pouvez voir le problème tout de suite. La forme sigmoïde n'est visible dans aucune des deux unités. Cette situation conduit à des estimations instables. J'ai essayé une transformation log10, mais cela n'aide pas. Vous avez un changement brusque de la réponse entre 2 et 0,2 nM, et donc la forme sigmoïde n'est pas observée. Il faudrait vraisemblablement augmenter la concentration entre 2 et 0,2 nM pour mieux définir la transition afin d'utiliser ce modèle.

Re: [raccord 4PL] Différents points d'inflexion utilisant différentes unités de concentration

Merci pour votre réponse !

 

D'après ce que j'ai compris, l'ajustement de Rodbard est spécialement conçu pour l'ajustement de données sans transformation logarithmique. C'est pourquoi nous choisissons généralement ce modèle.

Si, pour une raison quelconque, nous devions utiliser des données transformées en log, nous optons généralement pour le modèle 4P-Hill.

 

En fait, si vous modifiez la visualisation de l'échelle (en utilisant une visualisation logarithmique de l'axe sans transformation logarithmique pour l'ajustement), nous avons effectivement un bon ajustement, comme vous pouvez le voir ci-dessous :

(Mais ma réflexion peut être fausse, je ne suis pas mathématicien .)

 

 

Cependant, votre deuxième point a du sens pour moi, il est vrai que pour cet échantillon, il y a un grand écart entre 14h et 0,2h, ce qui pourrait être un problème pour l'approximation du point d'inflexion.

C'est aussi quelque chose que nous remarquons en interne, c'est généralement pourquoi nous pouvons avoir des incohérences entre l'approximation pM et nM mais aussi entre différents logiciels (utilisant le même modèle à première vue).

 

Merci.

 

 

 

Re: [raccord 4PL] Différents points d'inflexion utilisant différentes unités de concentration

Vos données montrent une fonction échelonnée, pas une courbe sigmoïde. Vous avez les asymptotes inférieure et supérieure, mais aucune information (données) sur la transition entre elles. Ces données peuvent avoir été sélectionnées comme enquête pour localiser la transition, mais elles sont incapables de modéliser la transition. Je suggère une deuxième étude des zooms sur une plage plus étroite qui comprend toujours les deux asymptotes mais présente également la transition pour plusieurs concentrations.