[Ajuste 4PL] Diferentes puntos de inflexión usando diferentes unidades de concentraciónHola la comunidad
Estamos enfrentando algún problema en nuestro cálculo del punto de inflexión para un ajuste Rodbard 4P no lineal.
El modelo es básico:
X: concentración [nM]
Y:% de muertes específicas
Por: samples
Normalmente ejecuto esto en JMP, pero otros miembros del equipo en nuestro departamento están usando el servicio de nuestra bioinformática y ella usó la concentración en pM.
A primera vista, no hay problema, solo un factor de 1000 debería ser la diferencia. Sin embargo, descubrimos que para algunos ajustes, ella no tiene ningún problema, pero observé resultados diferentes en JMP.
Aquí hay un ejemplo:
| Concentración [nM] |
Concentración [pM] |
Asesinato específico [%] |
| 20 |
20000 |
103,2 |
| 2 |
2000 |
103,5 |
| 0,2 |
200 |
102,6 |
| 0,02 |
20 |
104,9 |
| 0,002 |
2 |
99,9 |
| 0,0002 |
0,2 |
-5,0 |
| 0,00002 |
0,02 |
13,3 |
| 0,000002 |
0,002 |
9.2 |
| 2E-07 |
0,0002 |
0,3 |
| 2E-08 |
0,00002 |
6.1 |
Y aqui mi modelo resulta
Usando x como concentración [nM]
| Parámetro |
Estimar |
Error estándar |
Wald ChiSquare |
Problema> ChiSquare |
95% más bajo |
Superior 95% |
| Tasa de crecimiento |
-5,39 |
282,61 |
0,00 |
0,98 |
-559,29 |
548,50 |
| Punto de inflexión |
0,001096 |
0,03 |
0,00 |
0,97 |
-0,07 |
0,07 |
| Asíntota inferior |
4,77 |
2,98 |
2,57 |
0,11 |
-1,07 |
10,61 |
| Asíntota superior |
103,55 |
2,98 |
1209.02 |
<.0001 |
97,71 |
109,39
|
Usando x como concentración [pM]
| Parámetro |
Estimar |
Error estándar |
Wald ChiSquare |
Problema> ChiSquare |
95% más bajo |
Superior 95% |
| Tasa de crecimiento |
-6,76 |
6445.81 |
0,00 |
1,00 |
-12640,32 |
12626.80 |
| Punto de inflexión |
1.2354 |
567,78 |
0,00 |
1,00 |
-1111.60 |
1114.07 |
| Asíntota inferior |
4,77 |
2,98 |
2,57 |
0,11 |
-1,06 |
10,61 |
| Asíntota superior |
103,54 |
2,98 |
1209,97 |
<.0001 |
97,71 |
109,38 |
Como puede ver, no solo hay diferencias de 1000 veces en el punto de inflexión (y otras diferencias, por ejemplo, la tasa de crecimiento).
¿Sabes por qué tenemos tanta diferencia? Para casi todas nuestras muestras no hay diferencias, son solo algunas de ellas,
También vemos un valor diferente si estamos ejecutando un 4PL con pendiente variable en Prisma con R usando nuestro sript de bio-info (cuando suele ser similar).
Puedes ayudarnos ?
Gracias de antemano por tu ayuda 
AnalíticaRe: [ajuste 4PL] Diferentes puntos de inflexión usando diferentes unidades de concentraciónEstás confundiendo matemáticas y computación. Sí, el cambio de unidades significa que los niveles de concentración son diferentes en un factor de 1000. Pero los parámetros se estiman a partir de los datos. Estás impulsando la precisión numérica de la estimación. Además, el modelo designado es (1) una mala elección en este caso o (2) no está bien respaldado por los datos.
Usé JMP: Archivo> Internet Open> Página web para crear una tabla de datos JMP a partir de su ejemplo.
Aquí está el ajuste usando Analizar> Modelado especializado> Ajustar curva y el modelo de Rodbard con Concentración en nM.
Aquí está el mismo análisis pero usando Concentración como pM:
Puede ver el problema de inmediato. La forma sigmoidea no es visible usando ninguna de las unidades. Esta situación conduce a estimaciones inestables. Probé una transformación log10, pero no ayuda. Tiene un cambio brusco en la respuesta entre 2 y 0,2 nM, por lo que no se observa la forma sigmoidea. Es de suponer que tendría que expandir la concentración entre 2 y 0,2 nM para definir mejor la transición para poder utilizar este modelo.
Re: [ajuste 4PL] Diferentes puntos de inflexión usando diferentes unidades de concentraciónGracias por su respuesta !
Según tengo entendido, el ajuste de Rodbard está especialmente diseñado para el ajuste de datos sin transformación logarítmica. Por eso solemos elegir este modelo.
Si por alguna razón tuviéramos que usar datos transformados logarítmicamente, usualmente optamos por el modelo 4P-Hill.
En realidad, si cambia la visualización de la escala (utilizando una visualización de registro del eje sin transformación de registro para el ajuste), tenemos un buen ajuste, como puede ver a continuación:
(Pero mi forma de pensar puede estar equivocada, no soy un matemático .)
Sin embargo, su segundo punto tiene sentido para mí, es cierto que para esta muestra, hay una gran brecha entre 2 y 0.2pM, lo que podría ser un problema para la aproximación del punto de inflexión.
Esto también es algo que notamos internamente, por eso generalmente podemos tener inconsistencias entre la aproximación pM y nM, pero también entre diferentes software (usando el mismo modelo a primera vista).
Gracias.
Re: [ajuste 4PL] Diferentes puntos de inflexión usando diferentes unidades de concentraciónSus datos muestran una función escalonada, no una curva sigmoidea. Tiene las asíntotas inferior y superior, pero no hay información (datos) sobre la transición entre ellas. Es posible que estos datos se hayan seleccionado como una encuesta para ubicar la transición, pero es incapaz de modelar la transición. Sugiero un segundo estudio en el que se amplía un rango más estrecho que aún incluye ambas asíntotas pero que también muestra la transición para varias concentraciones.
