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[Raccordo 4PL] Diversi punti di flesso utilizzando diverse unità di concentrazione

Ciao comunità,

 

Stiamo affrontando alcuni problemi nel calcolo del punto di flesso per un raccordo Rodbard 4P non lineare.

 

Il modello è di base:

X: concentrazione [nM]

Y: %Uccisioni specifiche

Da: campioni

 

Di solito lo eseguo su JMP, ma altri membri del team nel nostro dipartimento stanno usando il servizio della tua bioinformatrice e lei ha usato la concentrazione in pM.

A prima vista, nessun problema, solo un fattore 1000 dovrebbe fare la differenza. Tuttavia, abbiamo scoperto che per qualche adattamento, non ha alcun problema, ma ho osservato risultati diversi su JMP.

 

Ecco un esempio:

Concentrazione [nM]	Concentrazione [pM]	Uccisioni specifiche [%]
20	20000	103.2
2	2000	103.5
0.2	200	102.6
0.02	20	104.9
0.002	2	99,9
0,0002	0.2	-5.0
0,00002	0.02	13.3
0.000002	0.002	9.2
2E-07	0,0002	0,3
2E-08	0,00002	6.1

 

Ed ecco i risultati del mio modello

Usando x come concentrazione [nM]

Parametro	Stima	Errore standard	Wald ChiSquare	Prob > ChiSquare	Inferiore 95%	Superiore 95%
Tasso di crescita	-5,39	282.61	0.00	0,98	-559.29	548.50
Punto di flesso	0.001096	0.03	0.00	0,97	-0.07	0.07
Asintoto inferiore	4.77	2.98	2.57	0.11	-1,07	10.61
Asintoto superiore	103,55	2.98	1209.02	<.0001	97.71	109.39

 

Usando x come concentrazione [pM]

Parametro	Stima	Errore standard	Wald ChiSquare	Prob > ChiSquare	Inferiore 95%	Superiore 95%
Tasso di crescita	-6,76	6445.81	0.00	1.00	-12640.32	12626.80
Punto di flesso	1.2354	567,78	0.00	1.00	-1111.60	1114.07
Asintoto inferiore	4.77	2.98	2.57	0.11	-1,06	10.61
Asintoto superiore	103,54	2.98	1209,97	<.0001	97.71	109.38

 

Come puoi vedere, non ci sono solo 1000 volte le differenze nel punto di flesso (e altre differenze, ad esempio il tasso di crescita).

 

Sapete perché abbiamo una tale differenza? Per quasi tutti i nostri campioni non ci sono differenze sono solo alcuni di essi,

Vediamo anche un valore diverso se stiamo eseguendo un 4PL con pendenza variabile su Prism acceso con R usando il nostro bio-info sript (quando di solito è simile).

 

Puoi aiutarci ?

 

Grazie in anticipo per il vostro aiuto

AnalisiRe: [Raccordo 4PL] Diversi punti di flesso utilizzando diverse unità di concentrazione

Stai confondendo matematica e informatica. Sì, il cambiamento nelle unità significa che i livelli di Concentrazione sono diversi di un fattore 1000. Ma i parametri sono stimati dai dati. Stai spingendo l'accuratezza numerica della stima. Inoltre, il modello designato è (1) una scelta sbagliata in questo caso o (2) non è supportato bene dai dati.

 

Ho usato JMP: File > Internet Open > Web Page per creare una tabella dati JMP dal tuo esempio.

 

 

Ecco l'adattamento utilizzando Analizza > Modellazione specializzata > Adatta curva e il modello Rodbard con concentrazione in nM.

 

 

Ecco la stessa analisi ma usando la concentrazione come pM:

 

 

Puoi vedere subito il problema. La forma sigmoidale non è visibile utilizzando nessuna delle due unità. Questa situazione porta a stime instabili. Ho provato una trasformazione log10, ma non aiuta. Hai un brusco cambiamento nella risposta tra 2 e 0,2 nM, e quindi la forma sigmoidale non viene osservata. Dovresti presumibilmente espandere la concentrazione tra 2 e 0,2 nM per definire meglio la transizione al fine di utilizzare questo modello.

Re: [Raccordo 4PL] Diversi punti di flesso utilizzando diverse unità di concentrazione

Grazie per la tua risposta !

 

Da quanto ho capito, l'adattamento Rodbard è progettato appositamente per l'adattamento dei dati non trasformati in log. Questo è il motivo per cui di solito scegliamo questo modello.

Se per qualsiasi motivo dovessimo utilizzare dati trasformati in log, di solito scegliamo il modello 4P-Hill.

 

In realtà, se si cambia la visualizzazione della scala, (usando una visualizzazione log dell'asse senza trasformazione log per il raccordo), abbiamo davvero una buona misura, come puoi vedere di seguito:

(Ma il mio pensiero può essere sbagliato, non sono un matematico .)

 

 

Tuttavia, il tuo secondo punto ha senso per me, è vero che per questo campione c'è un grande divario tra 2 e 0,2 pM, che potrebbe essere un problema per l'approssimazione del punto di flesso.

Questo è anche qualcosa che notiamo internamente, questo è solitamente il motivo per cui possiamo avere incongruenze tra l'approssimazione pM e nM ma anche tra software diversi (utilizzando lo stesso modello a prima vista).

 

Grazie.

 

 

 

Re: [Raccordo 4PL] Diversi punti di flesso utilizzando diverse unità di concentrazione

I tuoi dati mostrano una funzione a gradino, non una curva sigmoidale. Hai gli asintoti inferiore e superiore, ma nessuna informazione (dati) sulla transizione tra di loro. Questi dati potrebbero essere stati selezionati come sondaggio per individuare la transizione, ma non sono in grado di modellare la transizione. Suggerisco un secondo studio in cui ingrandisce un intervallo più ristretto che includa ancora entrambi gli asintoti ma mostri anche la transizione per diverse concentrazioni.