Está bien. Entonces, tengo un experimento con 5 (cinco) factores de 2 niveles, F1, F2 ... F5. Una variable adicional, que no era de interés directo, era un factor difícil de cambiar que requería una variable (de bloqueo) F6 que esencialmente dividía el experimento en 2 bloques separados de 1 semana. Eso es porque uno de nuestros grupos de participantes tuvo que dividir su participación en una semana u otra, y queríamos bloquear para ese efecto. Llamemos a los niveles de la variable de bloqueo como grupo de participantes A y grupo de participantes B.
Tenía un presupuesto de ejecución de 32 carreras. Entonces tenía dos bloques de 16. Estaba interesado en los efectos principales y las interacciones bidireccionales para los cinco factores principales de interés F1-F5.
En algún momento, alguien introdujo otra complicación: además del factor de bloqueo (grupo de participantes), supe que había 2 individuos dentro de cada uno de esos grupos de participantes A y B; En lugar de que cada carrera se asocie con un grupo participante A o B específico, como se pretendía, cada carrera se asoció con un individuo específico dentro de su grupo respectivo, es decir, a uno de esos dos individuos se le asignaron corridas específicas dentro de sus respectivos bloques de 16 corridas. Es decir, los individuos 1 y 2 ejecutados (alternativamente) se ejecutan dentro del bloque 1, y los individuos 3 o 4 ejecutados (alternativamente) se ejecutan dentro del bloque 2.
Si ignoro a esos individuos y simplemente trato el diseño como si fuera un diseño aleatorio con dos bloques, donde los bloques son definidos por su grupo de participantes, ¿qué estoy haciendo con mi análisis? Supongo que habrá una variación "invisible" derivada del hecho de que hay dos individuos dentro de esos grupos de participantes, lo que afecta a cada carrera de manera diferente. ¿Hay alguna forma en la que deba realizar o hacer una advertencia sobre el análisis (ANOVA), sabiendo cómo se llevó a cabo realmente el experimento?