Importer un fichier .chJ'ai un client intéressé par l'analyse des données de chromatographe en phase gazeuse ; le format de données par défaut est un fichier .ch. Quelqu'un a-t-il de l'expérience avec ce format de données directement dans JMP ? Un exemple de fichier de données est ici .
Re : Importer un fichier .ch@Bill_Worley , correct. Le client analyse les fluides de fond de trou dans le but de comprendre la corrosion des composants pétroliers et gaziers. Ils tentent de comprendre la relation entre le mélange de fluides de fracturation avant l'injection, la capacité du fluide à induire la production d'hydrocarbures à partir d'un réservoir et, plus important encore, la façon dont les fluides in situ modifient la chimie du mélange telle que quantifiée. grâce à l'analyse du fluide récupéré dans le but de prédire la corrosion des composants de fond de trou avec le temps. Il s'agit d'un défi majeur dans le domaine du pétrole et du gaz, en partie parce que les fluides in situ varient d'un puits à l'autre et d'un bassin géologique à l'autre. Ce qui était vrai « ici » peut ne pas être vrai « là-bas ». Il s'agit d'un problème de plusieurs millions de dollars. Le défi pour nous (JMP) est qu'ils sont aussi discrets que possible, car il s'agit d'une propriété intellectuelle très précieuse.
Ma meilleure hypothèse, basée sur les informations limitées qu'ils me donnent, est la suivante : en pratique, ils cuisent le fluide injecté pour quantifier la présence et la concentration d'hydrocarbures qui seraient produits ou qui auraient été incorporés dans le fluide pré-injecté, en tant qu'agent producteur du fluide, en plus de quantifier la présence d’une sorte de signal de corrosion.
Re : Importer un fichier .chSalut Phil,
Au début, je jouais avec cet ensemble de données et j'avais l'impression qu'il s'agissait d'une sorte de mélange « test » d'hydrocarbures à chaîne courte et longue.Cette supposition est basée sur @Peter_Polito mentionnant que la société s'occupe du pétrole, de l'eau et des fluides de fracturation.
Facture
Re : Importer un fichier .chC'est un chromatogramme très compliqué. À peu près aussi difficile que possible. Mais cela dépend de ce que le client cherche à savoir – il serait intéressant de le savoir.
Re : Importer un fichier .chJ'ai pu télécharger et installer OpenChrom, importer le fichier .ch, l'exporter sous forme de fichier .xy, puis l'importer dans JMP.Le processus de détermination de l'installation et de l'importation avec OpenChrom n'était pas aussi simple qu'on le souhaiterait, mais une fois que vous savez comment le faire, c'est facile.
Comme son nom l'indique, OpenChrom est open source. Nous pourrions étudier le fonctionnement de l'importateur de fichiers .ch. Il y avait également des références aux fichiers Matlab .m qui existent également. Le code source de ceux-ci peut pointer vers un emplacement où la présentation du fichier est décrite et nous pourrions créer un complément d'importation si ce format est courant (comme je pense que c'est le cas). D'autres exemples avec plus d'un chromatogramme regroupé d'une manière ou d'une autre seraient utiles, car pour JMP, le -gram n'est qu'une seule observation.
J'ai effectué quelques tests de base avec les données une fois que je les ai chargées dans FDE. Les P-Splines à 200 nœuds sont assez insuffisantes, mais je n'étais pas non plus ravi du modèle Wavelet installé dans le JMP 17 EA3.
Re : Importer un fichier .chJ'aime la ligne du lien Open Babel qui @briancorcoran partagé:
" Les chimistes sont un groupe très imaginatif. Ils pensent sans cesse à de nouveaux formats de fichiers. »
Je pense que ce sont davantage les fabricants d'instruments que les chimistes qui font preuve d'imagination. En ayant leur propre format de fichier, eux aussi peuvent garder leur produit « collant » auprès de leurs clients.
Quelqu'un sait-il pourquoi il existe tant de formats de fichiers différents, alors que les fabricants d'instruments veulent éloigner les clients et les concurrents ?
Cela ne fait pas de mal de mettre cela sur la liste de souhaits, externe et interne.
Re : Importer un fichier .chJ'apprécie votre franchise @briancorcoran et je suis d'accord que nous ne pouvons pas tout faire.
Re : Importer un fichier .chSi vous regardez un outil comme Open Babel, qui prend en charge l'importation de 84 formats chimiques, vous pouvez voir qu'il devient peu pratique pour JMP de faire tout cela ( http://openbabel.org/docs/2.3.0/FileFormats/Overview.html ). Et, BTW, Open Babel ne prend même pas en charge les fichiers .ch.Il existe un outil qui le fait, https://lablicate.com/platform/openchrom, et c'est vraiment expérimental.
Même si je n'aime pas suggérer des produits et des outils alternatifs, il n'y a tout simplement aucun moyen pour nous d'aborder tous les formats d'outils scientifiques de manière significative sans embaucher beaucoup de personnes pour le faire.Pour le moment, ce n’est pas une option.Donc, vous voudrez peut-être suggérer quelque chose comme Lablicate.
Presque tous les forums finissent par conseiller aux utilisateurs de supprimer les fichiers .CSV.Je sais que votre client n'aime pas cette option, mais il est souvent nécessaire d'utiliser les données dans des outils plus courants comme JMP.
Brian Corcoran
Re : Importer un fichier .ch@JeremyAshJMP la seule information que le client proposait était qu'il préférait charger directement les fichiers .ch. Compte tenu du type de travail effectué par ces personnes (analyse de l'eau produite, du pétrole et des fluides de fracturation), il s'agit probablement d'une opération à volume élevé et ils aimeraient ne pas avoir à franchir l'étape itérative consistant à exporter chaque fichier au format .csv.@Phil_Kay et @ian_jmp Je ne sais pas explicitement pourquoi ils veulent ouvrir les fichiers .ch directement dans JMP plutôt que dans un fichier de données post-traité (est-il possible d'avoir un fichier .ch post-traité ? Je ne sais pas), mais j'ai toujours pensé que plus nous parvenons à faire travailler nos clients dans l'environnement JMP, plus JMP sera collant. Je ne serais pas surpris s'ils utilisent de toute façon une méthode propriétaire pour traiter leurs données brutes, donc les outils de post-traitement de ChemStation peuvent être sans objet. Quoi qu’il en soit, je continuerai d’essayer de leur demander des informations.
Quoi qu’il en soit, ils essaient de résoudre un problème qui afflige toutes les sociétés de production et la solution qu’ils recherchent variera selon la géographie et la géologie, de sorte que ce problème et le processus qu’ils utilisent pour le résoudre sont reproductibles dans presque toutes les entreprises du secteur.
Des scripteurs avertis souhaitent-ils collaborer sur un complément ?Je prendrai le premier verre/bouchée/café la prochaine fois que nous serons tous ensemble.
Re : Importer un fichier .chSalut Peter.N'est-il pas possible de sortir le chromatogramme au format CSV ? Cela est possible s'ils utilisent le logiciel OpenLab d'Agilent : https://community.agilent.com/technical/software/m/videos/722?CommentId=c1e4cb78-1831-43c9-8cb5-84e28934148b
Re : Importer un fichier .chConcernant " JMP ne dispose pas d'excellents outils pour le type d'analyse que vous souhaiteriez effectuer avec des chromatogrammes bruts. " alors cela vaut la peine de dire qu'il y a eu des discussions pour peut-être résoudre ce problème.C'est donc une raison de plus pour en savoir plus sur les cas d'utilisation impliqués.
Re : Importer un fichier .chIl semble que .ch soit un format de données de Chemstation - le logiciel fourni avec le matériel de chromatographie HP/Agilent. Chemstation est très connue dans le monde de la chromatographie. Je serais intéressé de savoir pourquoi ils souhaitent importer les données de chromatographie directement dans JMP. Dans l’état actuel des choses, JMP ne dispose pas d’outils performants pour le type d’analyse que vous souhaiteriez effectuer avec des chromatogrammes bruts. Les gens ont tendance à utiliser Chemstation pour effectuer le traitement des données brutes (soustraction de la ligne de base, sélection des pics, intégration des pics), ce qui serait difficile dans JMP.
Re : Importer un fichier .chCela vaut peut-être la peine d'y jeter un oeil ici . Il convient également d'attirer cela à l'attention de la gestion des produits, car cela pourrait entrer dans le cadre de nos efforts de « connecteur de données ». Je ne sais pas combien d'affaires supplémentaires nous générerions si nous pouvions réellement faire cela, mais il semble qu'un complément pourrait être possible pour quelqu'un qui a le temps et l'envie.
Re : Importer un fichier .chOn dirait que c'est binaire. Si vous disposez du dictionnaire de données, il peut être scripté. Cela dit, il ne serait pas inhabituel qu'un peu de flexibilité soit intégrée au dictionnaire de données et que l'écriture de scripts devienne une corvée. Un bon exemple est celui des fichiers LabView et STDF. Je sais qu'il a été question d'ajouter des connecteurs à JMP afin que davantage de fichiers binaires puissent être ouverts de manière native. Serait-ce un bon candidat ?
