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Terminología de modelo mixto

Hola a todos,

Estoy trabajando en un artículo en el que analizo el rendimiento de natación de los peces y controlo los individuos anidados dentro de las especies. Tengo dos tipos diferentes de pruebas que estoy realizando utilizando el modelo mixto de personalidad y necesito ayuda para describir (nombrar, caracterizar) esos modelos cuando escribo mi artículo. En las revistas a las que he enviado recibo muchas reseñas quejándose de que no entienden lo que estoy haciendo con mis datos porque no están familiarizados con JMP y la plataforma de modelo mixto.

En la primera prueba busco diferencias entre especies en varias variables de entrada/métricas corporales (curvatura de flexión máxima, duración del giro, etc.).

En el modelo mi efecto fijo es Especie y mi efecto aleatorio es Individuo anidado dentro de especie. Si no tuviera el efecto individual como aleatorio, esta sería una prueba T simple, pero no estoy seguro de cómo llamarla cuando controlo la variación individual.

La segunda prueba es un modelo lineal, en este caso mis efectos fijos son especie, curvatura de flexión y duración del giro (y el factorial completo de interacciones), nuevamente con el efecto aleatorio de individuos anidados en especies. Supongo que puedo llamar a esto un modelo lineal mixto.

Gracias,

esteban

Ingeniería de Calidad y ProcesosRe: Terminología de modelos mixtos

También necesito crear gráficos con diagramas de interacción del LMM. Creé una nueva discusión para eso.Exportar/Extraer ecuaciones de línea para hacer gráficos fuera de JMP - Comunidad de usuarios de JMP

Re: Terminología de modelos mixtos

Sí, incluir individuos como un efecto aleatorio (anidado bajo especie) es apropiado para sus datos. Como dije, si no incluye Individual, eso implicaría que cada fila de datos es una medida completamente independiente, y ese no es el caso.

 

SLS + REML funcionará bien para su ejemplo.

 

Fit Mixed brinda la oportunidad de usar estructuras de covarianza más complejas, pero no creo que quieras entrar en esa complejidad. (Si lo hace, entonces @jiancao ha hecho algunas presentaciones geniales en Discovery sobre esto)

Re: Terminología de modelos mixtos

Entonces necesito hacer dos modelos diferentes. Uno es el modelo mixto lineal donde tengo efectos fijos continuos y categóricos además del efecto anidado aleatorio.

 

El otro modelo incluye solo el efecto fijo categórico (especie) y la respuesta continua (las variables de forma del cuerpo), supongo que necesito incluir nuevamente al individuo como un efecto anidado aleatorio. En este caso, ¿importa si uso mínimos cuadrados estándar con REML o personalidades de modelos mixtos? Me inclino por SLS+REML

Re: Terminología de modelos mixtos

Bueno. Ahora tiene mucho más sentido por qué necesita agregar un efecto para el individuo.

 

La regresión estándar asume que todas las observaciones son independientes. Ese sería el caso si cada fila en su tabla fuera un individuo único.

 

Debido a que tiene múltiples observaciones para cada individuo, las observaciones no son independientes. Se podría esperar que las observaciones dentro de cada individuo fueran más similares.

 

Una forma de asegurarse de que el modelo sea apropiado es agregar un efecto aleatorio para Individuo. Esto debe anidarse dentro de las especies porque los individuos son únicos para cada especie (por supuesto). Un efecto fijo para Individuo no tendría sentido porque los individuos son representantes elegidos al azar de una distribución de una población más grande en lugar de niveles controlables de una variable.

 

Parece que entiendes todo esto porque eso es lo que has hecho con tus modelos.

 

Así que ahora la pregunta es: ¿qué es lo que no entienden sus revisores? ¿Cómo le harían modelar los datos?

 

Como dije antes, estoy bastante seguro de que la terminología utilizada por JMP para modelos mixtos es la misma que se usa en otro software. (Hice un módulo sobre modelos mixtos como parte de mi maestría donde usamos R. Repetí todos los ejemplos en JMP y no recuerdo ninguna diferencia en los resultados informados)

Re: Terminología de modelos mixtos

Grabé 15 turnos independientes para cada individuo.

Re: Terminología de modelos mixtos

Eso ayuda, gracias.

¿Por qué tiene múltiples observaciones (filas) para cada individuo?  

Re: Terminología de modelos mixtos

El modelo principal que estoy haciendo es un modelo lineal que analiza la relación entre las variables de forma del cuerpo (cuánta curvatura tiene el pez cuando se dobla y qué tan rápido se dobla) y las variables de rendimiento de natación (cuánto gira el pez y qué tan rápido ) y comparar los resultados entre especies con diferentes formas corporales. Las críticas que he recibido en el pasado se relacionan con no controlar la variación entre los individuos dentro de las especies. A los revisores les preocupa que mis datos se basen en el comportamiento de uno o unos pocos individuos y no de la especie en su conjunto.

 

Tiene sentido incluir al individuo como un efecto aleatorio en el modelo mixto lineal. Pensé que aún debería incluir al individuo como un efecto aleatorio cuando comparo las medias de las diferentes especies en las variables dependientes del modelo mixto lineal.

 

Adjunté mis datos con un archivo de secuencia de comandos con los modelos que estoy tratando de ejecutar.

Re: Terminología de modelos mixtos

Hola,

 

Los modelos mixtos pueden ser confusos. Y la terminología también es bastante confusa. Sin embargo, no estoy seguro de que la terminología en JMP sea muy diferente de la terminología en SAS o R, por ejemplo.

 

En cualquier caso, me pregunto si realmente necesita usar modelos mixtos para su análisis. ¿Por qué necesita agregar un efecto para las personas? Un ejemplo en el que podría hacer esto es si está midiendo la respuesta en varios puntos de tiempo para el mismo conjunto de personas ( "medidas repetidas" ). Pero la mayoría de las veces no tiene sentido agregar un efecto para los individuos.

 

Podría ayudar si puede adjuntar conjuntos de datos de ejemplo para ilustrar el tipo de análisis que necesita hacer.

 

Espero que eso ayude,

phil

Re: Terminología de modelos mixtos

Tuve este problema hace algún tiempo al intentar estimar un modelo lineal jerárquico (HLM) para su publicación. Tengo la impresión de que diferentes programas usan diferentes terminologías, así como diferentes métodos y algoritmos de estimación (no estoy seguro de si hay derechos de autor o patentes).

Mi solución en ese momento fue revisar el libro destacado en el campo (educación) y estimar los modelos de ejemplo con sus datos de muestra. Una vez que obtuve los resultados exactos, estaba seguro de que estaba usando los modelos aceptables en el campo y podía usar con confianza su terminología convencional.

La falta de comunicación entre disciplinas hace que cada una tenga su propia terminología. Para cuestiones comerciales, supongo que sería muy difícil encontrar una traducción explícita de la terminología de un software a otro. estas razones juntas también hacen que sea casi imposible encontrar un profesional que sea capaz de sacar este tipo de respuesta de la manga.

Re: Terminología de modelos mixtos

La terminología puede ser confusa y, lamentablemente, no es universal. No sé exactamente a qué te refieres con " estoy controlando por individuo anidado dentro de la especie". ¿Controlar por un efecto aleatorio?Quizás esto ayude:

 

https://www.jmp.com/support/help/en/16.1/?os=mac&source=application&utm_source=helpmenu&utm_medium=application#page/jmp/mixed-models-and-random-effect-models.shtml