成績單
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| 大家好，我叫安德森·梅菲爾德，是邁阿密大學海洋與大氣研究合作研究所的助理科學家。 |
| 我實際上在邁阿密大學海洋實驗室 NOAA 的大西洋海洋和氣象實驗室對面工作，作為他們珊瑚計劃的一部分。 |
| 今天我要和你們談談我在我整個職業生涯中一直在進行的一些研究，這些研究一直在努力開發預測珊瑚礁命運的工具。 |
| 所以這實際上是我去年討論的內容的更新或延續，我的探索峰會演講，但我知道你們中的很多人可能沒有聽說過，或者即使你聽說過 |
| 你可能不記得所有的事情，這完全沒問題，我要給你我要為我正在做的研究奠定基礎。 |
| 談到珊瑚礁面臨的一些問題，請簡要回顧一下我去年的情況。 |
| 真的很令人興奮，大概在去年的探索峰會演講兩個月後，我在我的珊瑚預測模型方面取得了重大突破 |
| 取得進展，這在很大程度上要歸功於一些新功能和 JMP Pro，所以我今天將分享這些熱門新聞數據。 |
| 這就是我們可以預測單個珊瑚群落命運的想法嗎？ |
| 所以預測珊瑚礁的命運， 整個珊瑚組合， 這實際上更容易 因為全球的珊瑚礁基本上都處於不良狀態 |
| 由於海水溫度升高。 所以珊瑚的細胞內有甲藻，它們像植物一樣進行光合作用 |
| 它們為珊瑚宿主產生的能量。 問題是當水變得太熱時，這會影響它們正確進行光合作用的能力。 |
| 珊瑚要么消化它們，要么把它們踢出去，最終的結果是同樣的珊瑚實際上餓死了。 |
| 這是一個遍布全球的問題，因此預測珊瑚礁的命運，我們幾乎已經知道這些生態系統正在衰退。 |
| 但在個體層面上，你確實看到了異質性，有些珊瑚物種比其他物種表現得更好，物種內的基因型比其他物種表現得更好——當其他物種容易漂白時，它們具有漂白彈性。 |
| 所以我在我的整個職業生涯中一直感興趣的是推動這種彈性的東西，它是我們實際上可以預測的東西嗎？ |
| 所以我把這比作珊瑚精算師。 你能不能把你最喜歡的珊瑚的活檢寄給我，我可以做一些分析，然後說，嘿， |
| 你知道這個珊瑚還有六個月的壽命，這個珊瑚可以活幾十年，這就是我一直在努力做的事情。 |
| 因為我們目前評估珊瑚健康的方式是追溯性的。 我們去那裡進行調查，我們基本上量化了死珊瑚的數量。 |
| 所以這些是需要收集的重要數據，但你並沒有真正通過這種方法對這些珊瑚有任何幫助。 這將是類似的 |
| 一位醫生告訴他剛剛心髒病發作的病人，嘿，你的血壓真的很高，你知道那個病人會很想知道的 |
| 數週、數月之前，他們本可以採取一些積極的措施——藥物、生活方式的改變，你知道更好的飲食和鍛煉。 所以 |
| 你知道我認為以這種追溯方式評估人類的健康是不可接受的，那麼為什麼我們不能對珊瑚採取這種更積極的方法呢？ |
| 所以有一些預測工具，其中一些實際上是由 NOAA 開發的，實際上大多數是由我的雇主 NOAA 開發的，它們正試圖使 |
| 關於珊瑚健康的預測或預測。 |
| 他們專門使用溫度，因為在高溫和珊瑚白化之間存在著眾所周知的經過充分研究的聯繫，因此將溫度作為預測指標進行磨練是有意義的。 |
| 所以這是在看，實際上是聯合國今年發布的一份報告，但很多作者都在 NOAA 工作。 這是在看 |
| 他們所謂的年度嚴重白化的開始年份。 所以今年是每個夏天都會開始發生白化的一年。 所以 |
| 珊瑚可以從白化中恢復，它們可以獲得新的共生體，它們可以進食， |
| 他們可以在一定程度上抵御風暴，但是當白化每年都開始發生時，他們就失去了能力 |
| 恢復，所以這就是為什麼一年一度的嚴重白化年是我在不歸路的時候所呼籲的。 所以這很嚴峻，因為你可以看到 |
| 其中一些年份是紅色的，2015 年、2020 年，顯然已經過去了，這是在查看南佛羅里達州的地圖，所以這就是我們的野外站點所在的位置。 |
| 但我們知道這實際上並非 100% 正確。 是的，這些像素中的珊瑚礁每年都在白化，但還有很多其他的沒有。 |
| 所以我的目標之一是提高這些以溫度為中心的模型的空間和時間分辨率，因為這些以溫度為中心的模型 |
| 不要考慮那裡有什麼，他們甚至根本不考慮那裡是否有珊瑚。 它只是在看溫度模式。 |
| 所以他們不考慮那裡是否有彈性物種，是否有彈性基因型，但我們需要出去，坦率地說，他們根本沒有根據事實。 |
| 我們需要去那裡進行生態調查，我們正在研究珊瑚的豐度， |
| 生物量，生物多樣性，那裡有什麼樣的珊瑚敵人，某些類型的大型藻類和珊瑚蟲，但即使這樣我覺得還不夠，因為你可以擁有一個珊瑚礁 |
| 像這樣的珊瑚絕對鋪滿了地毯，你在這張圖片中看到了。 |
| 生態學家甚至可能會說，嘿，這看起來真的很健康，珊瑚豐富，水看起來很清澈，沒有很多藻類，即使是訓練有素的眼睛，你也可能知道 |
| 猜測這是一個健康的珊瑚礁，但如果我個人作為珊瑚生理學家知道這是一個低彈性的珊瑚礁，因為這些物種雜草叢生，它們不會保持很多能量 |
| 在海水上升時的水箱中，因此這與豐富的珊瑚和健康之間存在內在的脫節。 |
| 但仔細想想，這並不奇怪。 我們不會以這種方式管理人類健康。 我不會在我住的邁阿密市中心走來走去，說嘿，這個街區有一百萬人， |
| 它比這裡有 50 萬人口的社區健康兩倍，我的意思是對經濟學家來說可能更健康。 |
| 但如果你真的看看居民的健康狀況，可能沒有相關性。 你可能會說，嘿，這個更大的城市有 |
| 你知道比小鎮更好的醫療保健。 所以在某些情況下，人口密度之間可能存在某種聯繫 |
| 和人類健康，但你可以找到同樣多的地方，但事實並非如此，你知道。 |
| 例如，人口密度較高的地區往往有更多的犯罪，所以這仍然是我們管理的方式讓我感到震驚 |
| 或者試圖通過簡單地數一下那裡的東西來推測海洋生物的健康狀況。 我認為 |
| 你知道你不會對人這樣做，我認為我們可以做得更好。 |
| 所以我真正想做的不僅僅是看溫度。 溫度對於理解幫助至關重要，但不是孤立的。 |
| 同樣，生態因素、生物豐度、生物多樣性也將成為關鍵評估。 它不會告訴你關於持久性和長壽本身。 |
| 我想做的是，我想將這些因素考慮在內，但也要考慮這些生態系統中生物的生理和實際健康狀況，因此 |
| 這是一個非常複雜、令人費解的模型，我實際上還沒有弄清楚它是如何呈現的，或者它是如何工作的 |
| 此刻，但我有一些想法。 今天我真正想關注的是我在這里圈出的東西，所以我只是嘗試使用生理數據來製作一個預測模型，該模型具有預測珊瑚是否會抵抗漂白或易受感染的能力。 |
| 對於這些類型的預測分析，我傾向於分子生物學，因為你應該看到亞細胞行為的變化 |
| 在你注意到肉眼有問題之前，它們反映了某種異常的生理機能。 所以回到那次心髒病發作 |
| 打個比方，你要在幾週、幾個月甚至幾年內記錄高膽固醇水平或高血壓 |
| 心臟驟停，這就是為什麼當你去看醫生時，他們會抽血。 我們有這些完善的生物標誌物，如血糖和膽固醇 |
| 推測您未來的健康狀況。 他們不會告訴你，你知道你會踢桶的那一天，但這些是 |
| 生物標誌物和分析物對您未來的健康說明書具有很高的預測能力。 所以 |
| 膽固醇不是珊瑚的特別好的生物標誌物，但其他東西可能是，所以在 NOAA，我們採用這種多 |
| 我們稱之為多組學方法，我們觀察我們感興趣的生物體合成的所有不同分子，在我的例子中是珊瑚，看看我們是否能找出哪些可能 |
| 反映壓力狀態或彈性狀態。 我實際上是從基因表達領域開始的，所以是信使 RNA。 |
| 但最近我有點轉向蛋白質組學研究，因為蛋白質實際上在細胞中進行工作。 所以 |
| 很多時候你看不到 mRNA 表達和蛋白質水平之間的強相關性。 |
| mRNA 仍然可能是非常好的健康診斷生物標誌物，但它們對於機制來說不會太有用。 作為一名生理學家，我想擁有 |
| 我的蛋糕也吃掉了，所以我想知道我的珊瑚細胞中發生了什麼，珊瑚細胞如何對高溫做出反應，哪些蛋白質參與了熱適應。 |
| 這些問題可以通過我們所說的蛋白質組學來解決，蛋白質組學是樣本中所有蛋白質的組合。 |
| 所以你得到了機械數據，但你也可以讓這些蛋白質作為健康信息的生物標誌物，所以這是我的幻燈片，我試圖將 20 年的研究濃縮成一張幻燈片，只是為了讓每個人都跟上進度。 |
| 確定最佳分析物套件。 所以我只談了蛋白質。 我是否認為蛋白質是萬能的，它們永遠不會成為在珊瑚中測量的更好的東西？ |
| 這就是為什麼我把支票放在這裡 - 絕對不是。 你會在後面的演講中看到，他們實際上在使用蛋白質進行健康推斷方面存在問題。 那裡可能有更好的東西，所以這仍在進行中。 |
| 不幸的是，珊瑚是非模式生物，因此對於所有這些事情，我想衡量一下我必須花費數年時間自己開發該方法。 特別是分子工作台。 |
| 您想使用任何類型的分析物，無論是基因、蛋白質還是脂質，作為生物標誌物，您都需要適應自然變異來源。 |
| 這些就是光循環之類的東西。 所以因為珊瑚在它們的細胞內有光合作用的鞭毛藻 |
| 它們在明暗週期、潮汐週期、四季中表現出生理學的巨大波動，這些是非性感但必要的邪惡 |
| 您需要做的項目才能最終實現對珊瑚健康的建模。 一旦你掌握了珊瑚的日常生活，你就會知道 |
| 這些環境挑戰研究，您將珊瑚暴露於壓力源 |
| 或者在實驗室中，或者您正在現場查看跨環境梯度的壓力源機制。 |
| 這實際上是整個珊瑚領域做得最好的，有成千上萬篇關於珊瑚環境生理學的論文，我將在後面的演講中討論一個這樣的例子。 |
| 但是我們卡住了，你現在看不到任何工作是我一直在使用珊瑚健康數據來實際生成珊瑚壓力敏感性預測模型的這個想法，這就是我試圖取得的進展在。 |
| 我認為這是因為大多數生理學家和分子生物學家更熟悉事物的描述性方面，即生物體在死亡時會發生什麼。 |
| 這並不是要貶低這種研究，這幾乎是我迄今為止職業生涯的原因。 |
| 發表這類論文更容易。 堅持珊瑚礁坦克坦克溫度上升看蛋白質水平。 我已經發表了 10 篇關於這個的論文，你確實需要做這種類型的工作才能獲得 |
| 這種預測方法。 所以，但我確實，話雖如此，我確實想為我個人做出這種轉變，而不是這種 |
| 有效地撰寫珊瑚訃告的承辦人，本質上這些論文是什麼，他們正在生成有用的數據，但他們對珊瑚沒有任何好處。 |
| 我們從那些固有的描述性項目中獲取數據，並以預測能力使用它們，試圖找出 |
| 哪些珊瑚將成為氣候變化的贏家，哪些將成為輸家。 所以從承辦人到這個，你知道我之前提到的獸醫或精算師。 |
| 我不想給你們這種印象，我是你們知道這太棒了 |
| 建模師。這是我一直在自學並在飛行中學到的東西，但我認為這方面的很多成功以及使這種從描述性內容到預測性內容的無縫過渡 |
| 這是由 JMP 推動的，因為例如我對 Fit Model 平台的熟悉確實讓我更容易 |
| 將這種描述描述為預測轉換，例如，直到大約一兩年前，我在整個職業生涯中都會做的事情就是左邊的例子。 |
| 你看，y 框中的這些珊瑚蛋白。 這些是深奧的登錄號，您無需注意它們的含義，它們只是知道它們是蛋白質。 |
| 構建模型效果，顯示我會感興趣的溫度、珊瑚基因型、採樣時間、這種性質的事物，你可以發表一篇不錯的論文 |
| 查看這些類型的數據集。 現在我正在做的是我基本上把它顛倒過來 我把所有這些蛋白質都移到構建模型中 |
| 框，旁邊是實驗和/或環境數據，但是y中會發生什麼 |
| 將是我在這裡所說的珊瑚白化敏感性。 我稍後給它另一個名字，但想法是一樣的。 這是珊瑚會漂白的可能性。 |
| 所以我認為 JMP 在幫助我完成從純粹描述性的東西到讓我的腳濕和預測生物學的轉變方面真的很有幫助。 |
| 所以我想回顧一些描述性的東西，並在 JMP Pro 中展示我的一些工具 |
| 特別是我非常喜歡的包。 所以我將使用我們從這裡的珊瑚中獲得的一些數據集 - orbicella faveolata - 它是其中之一 |
| 佛羅里達群島最具彈性的珊瑚之一，所以氣候變化的影響非常糟糕，你知道我們沒有必要與所有珊瑚一起工作，所以你基本上必須與那些本來就已經有點關係的珊瑚一起工作強一點。 |
| 所以我們從不同的珊瑚礁中取出珊瑚，將它們暴露在不同的溫度、不同的時間，並觀察它們的蛋白質濃度，因為我們需要對生物標誌物可能是什麼有所了解，我們可能對模型構建有用。 |
| 溫度如何影響這種珊瑚的蛋白質組？ |
| 想要解決，所以這與我之前展示的非常相似。 這是我的模型盒，我做了很多單變量的東西，我試圖找到你知道哪些蛋白質是 |
| 受溫度影響最大，受珊瑚礁地點，那種性質的東西。 我做了很多多元工作 - 主成分分析，多維縮放。 |
| 尋找樣本之間的關係，查看多變量處理效果，我們稍後將在這裡查看其中的一些內容。 所以去年，我展示的，然後我發表了這篇論文，嗯，這是一個多維縮放圖 |
| 在 JMP Pro 16 多變量平台中 - 實際上這將是 15，但我想在這裡向您展示的所有內容不要太拘泥於細節。 如果您是色盲，我深表歉意。 |
| 但是綠色，即右側底部的三個樣本，它們是控制珊瑚，因此它們處於控制溫度。 上面三個是 |
| 32 度，這對大多數珊瑚來說幾乎是死刑。 你可以看到在暴露幾週後，他們的蛋白質組，所以他們的蛋白質譜，開始變得更加穩定，這很重要。 |
| 在進行任何類型的預測模型之前，您需要知道溫度對蛋白質組有影響。 |
| 這些數據正在查看缺席數據。 因此，無論是否存在蛋白質，大約有 7 或 800 種蛋白質。 |
| 從那時起，方法學有所改進，所以這是在分子生物學中工作的一件好事，方法總是在變得更好。 |
| 所以我所做的我取了相同的樣本，但我沒有測量 7 或 800 個蛋白質作為存在缺失，而是取了 86 個的子集。 |
| 但現在數據是完全定量的。 所以我讓你知道幾乎十倍 |
| 更少的蛋白質，但在濃度方面有更高的分辨率，所以我現在要處理的數據集只有 86 種蛋白質。 所以 |
| 這是這些蛋白質的典型分佈 他們從來沒有正態分佈 他們總是偏斜 所以這限制了我在使用完全參數化方法方面，但這不是問題 |
| 與 JMP。 |
| 那麼讓我們來看看 JMP 表。 |
| 所以這是第一個，我想給你看。 您基本上已經掌握了這張表的兩個功能，我真正希望您關注的是 |
| 其廣泛的性質。 所以蛋白質組學是昂貴的。 一個樣品 200 美元，我的預算有限，在這個特定的實驗中，我只有 20 個樣品。 |
| 但我有 86 種蛋白質。 這意味著不能做典型的多元方差分析來尋找治療效果，但這並不意味著 |
| 我不能做任何有用的多變量分析。 我從 JMP 開發人員那裡得到的一個建議是採用傳統的多維縮放方法。 所以這是我的 86 種蛋白質，然後記錄到轉化我會把它們放在這裡。 |
| 我之前做過這件事，我知道四個維度會給我一個很好的解決方案。 |
| 所以這是多維比例圖，這些是我的樣本的各種命運，所以健康對照，積極漂白，我們稍後會詳細介紹。 |
| 但我想在這裡做的是低頭看壓力，我認為沒關係它變得有點高，通常喜歡低於第一點。 |
| 我可以通過增加維數來降低壓力，但我認為四個維就可以了，所以我要做什麼 |
| 我真的要保存這些坐標嗎？ 我也可以保存相似性矩陣，因為我對這些樣本之間的相似性更感興趣，所以我將採用這些 |
| 他們現在將成為我的 (???)，所以現在，我遇到的情況是 y 比樣本少，所以我可以做一個傳統的多元方差分析。 |
| 和我的模型效果，我想完成這個。 CHD實驗室，這是什麼意思？ 那是珊瑚健康標誌，因此珊瑚是否具有彈性或壓力。 |
| 哎呀。 |
| 所以這些是 BLR，這意味著抗漂白，我將在整個演講中使用這個術語。 BLS，漂白易感，這是查看這兩組樣本的這四個維度的圖，因此我將運行多變量方差分析。 |
| 我看到了健康狀態的邊際效應，這也是您想知道的。 |
| 如果這些白化彈性珊瑚與白化敏感珊瑚具有顯著不同的蛋白質組。 所以它在邊界上不是很重要，但是 |
| 有了這樣的環境數據集，我很樂意在出版物中報告這一點。 您可以做的另一件事可能是更好的方法是採用相同的四個坐標 |
| 對於小數據集，MANOVA 會變得棘手，像這樣的小寬數據集，你有一堆不同的環境參數，所以我實際上將使用偏最小二乘平台，我是的忠實粉絲。 |
| 我將使用我的實驗數據，這些數據包括珊瑚的來源、暴露的溫度、基因型，我將做一個響應面。 |
| 然後是什麼正在運行。 |
| 我實際上只是因為數據集太小而將 KFold 降低到 4。 |
| 這不完全是我想要的輸出，我想我一定包含了一些不同的東西，但沒關係，所以我保存了實際想要向您展示的腳本。 |
| 在這裡，我真的不太關心因素的數量。 |
| 你可以在這裡看到，我選擇了三個。 |
| 真的，我想向你展示的就是這個，它看起來非常混亂和凌亂，但這被稱為相關加載圖，我認為這在整個 JMP Pro 包中確實是一個未被提及的未充分利用的工具。 |
| 僅僅因為你可以從這個數字中獲得多少，所以這顯示了我的樣本相對於另一個的位置，然後我可以對我的環境因素、基因型、現場溫度時間進行分層。 |
| 在這種情況下，我使用坐標，因此 y 將更難以解釋，但我也可以使用原始數據完成此操作，然後您就可以真正開始研究如何 |
| 你的分析物、你的環境變量和你的樣品都是一種網格，我認為這是一個非常強大的探索工具，你們中的一些人可能不太熟悉。 |
| 所以這是我最喜歡的多元描述工具之一，我喜歡在 JMP Pro 包中使用。 所以雖然，那是所有的實驗數據，所以當我們進行這些實驗時 |
| 這些珊瑚是我的病人。 他們固執。 我確切地知道在哪裡可以找到它們去珊瑚礁那裡。 |
| 我可以在不同的季節對它們進行採樣。 我正在進行微小的活組織檢查，因此不會在很大程度上影響他們的健康。 |
| 所以我有這些穿越時空的珊瑚樣本，我知道它們什麼時候會變白， |
| 他們漂白的地方，哪些漂白了，哪些沒有。 所以現在，我可以通過檔案和後報回顧過去，看看珊瑚 |
| 還沒有漂白，我想看看我是否可以預測哪些會，哪些不會。 |
| 所以只是為了給你更多關於他們在佛羅里達群島上部的站點的信息，我們有兩個近海站點，岩石和 Cheeca Rocks，兩個離岸站點小海螺和克羅克礁。 |
| 重要的是要知道近海珊瑚礁往往更加健壯，您仍然可以在某些地方看到健康的大珊瑚。 |
| 離岸你正在處理這些小壓力，所以我們有一個很好的原位彈性梯度。 |
| 這對於模型構建很重要，您不想僅使用強珊瑚或僅使用弱珊瑚來構建或測試模型，您將希望將兩者混合使用。 |
| 這只是我放在一起的一個快速圖形生成器圖，這是查看顏色分數，所以你想成為一個 5。 五基本上意味著你完全健康。 |
| 零意味著你是白人，你快要死了。 實際上，三到四人的壓力越來越大。 所以你可以在八月看到這裡 |
| 這是在白化事件的中間，我們在這四個站點有一些相當不錯的市場白化，即使是更具彈性的近海站點也在一定程度上白化。 |
| 但是，到 10 月他們已經康復，然後在 12 月他們已經康復，但是你看到這種異常行為，我認為這是由疾病驅動的。 |
| 所以這又回到了我之前提到的我的術語珊瑚健康名稱，所以。 |
| 這基本上是，你知道我希望最終或最終可能是一個連續變量，可能是 1 到 10。 |
| 但現在我們正試圖預測三個基本類別中的一個。 你要么漂白有彈性，要么抗性，要么漂白易感，要么中間。 所以抗漂白性將是頂部的這條綠線，你的顏色分數並沒有真正改變 |
| 在漂白事件的過程中。 這是另一個 Graph Builder 圖，所以這是查看下半部分的溫度。 |
| 所以中間珊瑚會漂白，你知道一點，但它會恢復。 |
| 易漂白的人要么會明顯漂白並恢復，要么在某些情況下可能無法完全恢復。 所以這三個本質上是 y 和我的模型的表型。 |
| 這是複雜的設計別擔心，這基本上是展示不同的方式，你最終可以完成模型構建過程。 所以在左邊 |
| 您將看到將使用哪些數據來訓練和驗證模型。 |
| 模型本身，你將使用什麼來測試模型，然後你最終試圖預測什麼。 所以如果你只是使用實驗室珊瑚數據 |
| 製作一個預測模型，在其中使用更多實驗室世界數據對其進行測試， |
| 這將使您有能力在實驗室中預測珊瑚的健康狀況，但這並不是我們真正想要的。 我的意思是這可以發表，但我們想知道，我們希望能夠預測該領域正在發生的事情。 |
| 但是後來你遇到了這個問題，我如何看待使用實驗室數據來製作預測模型 |
| 試圖預測現場正在發生的事情，你知道使用這個實驗室數據來預測這個問題總是一個不穩定的問題 |
| 涉及的受限領域。 但無論如何我們都會嘗試一下。 再次，這是使用此菌落健康名稱作為 y。 |
| 正如我之前提到的，預測因子最終將不僅僅包括蛋白質，但為了簡單起見，我們今天將使用蛋白質。 這是 |
| 使用 JMP Pro 16.1 我有我非常喜歡並且非常推薦的 XG boost 插件。 這更像是給我自己的筆記，但我確實想提一件重要的事情，它可以 |
| 蛋白質組學的一大缺點是它的性質是隨機的。 所以請記住，我對實驗室樣本中的 86 種蛋白質進行了測序 所以這些是我想要使用的和我的預測模型。 |
| 當我去那裡測量蛋白質組和我的野外樣本時，我沒有得到那 86 種蛋白質，我得到了一組完全不同的蛋白質。 |
| 所以，然後，我不得不去嘗試弄清楚實際上基本上發現了哪些蛋白質以及我的所有樣本，所以這大大減少了。 |
| 我可以使用的蛋白質數量，實際上從 86 到 31 一直下降到五種蛋白質，這讓我很擔心，因為我真的不確定五種蛋白質是否足以給我任何預測能力，但讓我們看。 |
| 所以數據集就在這裡 |
| 基本上我選取了在我所有野外樣本中發現的 31 種蛋白質的子集，但我今天想做的是，我真的只想專注於我在 7 月份採樣的珊瑚中的那些蛋白質 |
| 2019. 我只想知道這些珊瑚樣本，因為這是在白化事件之前。 我想知道在這些珊瑚漂白之前我能檢測到什麼嗎 |
| 那麼，這將我的 31 降到了 5，所以我將嘗試用這五種蛋白質製作一個預測模型。 我將使用我最喜歡的 JMP Pro 新功能，即模型篩選，因為這將允許我進行測試 |
| 多個不同的模型並行。 所以我要把我對實驗室的珊瑚健康指定放在這裡。 我要把我的五種蛋白質放在這裡。 |
| 我將給所有這些不同的選項一個機會，你知道我實際上沒有在這台計算機上安裝 XG boost 但沒關係，我想我們可以， |
| 仍然可以找到一個像樣的模型。 我將使用五的 Kfold 交叉驗證。 我確實想要這裡的一些選項。 |
| 讓我們看看我們得到了什麼。 |
| 這將需要一些時間來運行，因為它將並行檢查 20 個不同的模型，使用所有這些不同的因子組合，我們在這裡有一些診斷數據，但我想直接進入驗證集。 |
| 所以他們基本上排在這裡，所以我們有一個似乎表現良好的神經增強模型。 因為我關心準確性，所以我傾向於傾向於錯誤分類率。 |
| 我們有一個廣義回歸模型，讓我們檢查一下，以便我選擇它。 它看起來很不錯。 |
| 我會運行它。 |
| 你在這裡看到所有的診斷，我想花一點時間 |
| 查看 Profiler |
| 因為這會告訴我 |
| 哪些蛋白質貢獻最大。 |
| 所以我之前說過的話，我很抱歉，我現在需要重新設置。 |
| 我通常希望我的一種治療方法最大化，無論是漂白易感性還是漂白彈性。 然後我能做的是，我可以說嘿，讓我看看成為具有漂白彈性的珊瑚需要什麼，所以我實際上要盡量減少漂白敏感性 |
| 和 |
| 好吧，它只顯示給我一個選項。 我想，你知道嗎，它已經被設置成那樣了，所以沒關係 |
| 所以 |
| 在這種情況下它向我展示了 |
| 當我改變這些蛋白質的水平時，樣本的比例如何與漂白敏感性有關，這可能對某些事情有用 |
| 就像基因工程，如果你想嘗試找到將要成為的蛋白質 |
| 大多數參與珊瑚的恢復能力。 你會想要玩弄 Profiler，但我今天更感興趣的是預測本身，所以我要做的是在這裡發布預測公式。 |
| 你會注意到 |
| 其中一種蛋白質脫落，因此其中一種被認為在實際模型構建中沒有用。 |
| 這是我最近兩三天才做過的事情，信不信由你。 所以我在這個數據表中有我的七月珊瑚，我想比較一下。 |
| 我想看看它從那個數據表中做出的預測，所以讓我們回顧一下，看看它根據那個廣義回歸模型猜測了什麼。 我只是要快速瀏覽這裡並告訴你，因為它只有 12 個樣本，無論猜測對還是錯，所以這是 |
| 對。對不起，r 在這台電腦上不起作用，不管你信不信，這是對的。 |
| 對。 |
| 對。 |
| 是的，肯定有一種更簡單的方法可以做到這一點，但因為這是錯誤的。 |
| 是的，所以現在它又可以正常工作了。 |
| 對。 |
| 對對對。 |
| 因此，在這 12 個樣本的子集中，將其用於蛋白質廣義回歸模型。 |
| 它在 12 個樣本中的 11 個中獲得了正確的漂白可能性，這實際上非常酷，我的意思是我已經以各種方式一遍又一遍地運行模擬，實際上 |
| 比我通常打的更好，所以那是 92 93%，所以這真的很令人興奮，特別是因為這僅適用於蛋白質。 所以 |
| 讓我們，已經討論過了，所以是的，所以我進行這種模擬的平均準確率約為 80% 到 90%。 |
| 這對我來說是非常令人興奮的。 對於一個醫生來說，這實際上是可怕的。 如果你是對的 |
| 你知道，就心臟驟停事件和 80% 的患者而言，這將是一個巨大的失敗，但我認為 |
| 鑑於這對珊瑚來說有點新，我很好，準確率為 80% 到 90%。 這是我沒有提到的 |
| 五個蛋白質的子集，然後減少到四個，只關注宿主珊瑚。 我已經去除了共生蛋白，因為幾週前 II 剛剛獲得了這些數據。 |
| 當我加入那些共生蛋白時，我認為準確度只會上升，並且記住這一點。 |
| 我正在使用實驗室數據來預測野外珊瑚行為。 所以你不會期望它是 100% 準確的。 我應該做的和我將要做的，可能在演講結束後的幾個小時內， |
| 我有所有的現場數據。 我有所有的實驗室數據。 我可以繼續在訓練和驗證中使用這兩個數據集。 |
| 製作一個模型，我可以在其中預測野外珊瑚行為。 我相信這種方法的準確性只會提高。 你可以爭論， |
| 當你有了這個現場數據集時，你為什麼還要使用實驗室珊瑚數據呢？ 你知道，我認為這可能是一個非常有效的觀點。 |
| 從生物學的角度來看，你知道這些蛋白質的實際性質對我來說非常有趣，我昨晚才發現它們是什麼。 |
| 時間不多了，所以我不打算深入研究它們，但可以說這也將非常有趣，我們能夠挖掘出來。 其中之一是進化和獵物捕獲，我認為這對於 |
| 試圖建立一個機制。 |
| 也就是說，這些是非常小的數據集，有幾十個樣本。 所以我認為我做了世界上最好的珊瑚壓力測試嗎？ |
| 不，這是，這是一項正在進行的工作，還有其他方法論問題需要解決，但實際上我最終想要做的是發展這種壓力 |
| 測試，這樣我們就可以出去做我所說的珊瑚礁分類。 我可以拿我的小樣品 |
| 進行蛋白質組學或其他分子分析，將數據輸入 JMP， |
| 吐出這些彈性猜測，我告訴經理，嘿，這裡的珊瑚礁看起來狀況非常好，現在就讓它保持狀態，你知道的，密切關注它。 |
| 我的模型認為這裡的所有珊瑚都容易漂白。 如果你能做些什麼來減輕或給那些珊瑚一個機會——清理水質，遏制 |
| 過度捕撈 - 我認為您應該對這些進行分類。 所以這就是我想要能夠用這些類型的數據集做的事情。 所以當然數據集需要增長。 |
| 我確實想將它們與現有的基於溫度的模型進行比較，儘管規模本質上是不同的。 |
| 我真的只是希望能夠擁有這種視覺效果或只是一張地圖，我只是說你知道這裡是壞點這裡是好點。 |
| 我將做所有骯髒的工作，我希望能夠將其提煉成經理或外行人可以輕鬆消化的東西，我認為一旦解決了問題，一旦我們有了一點點，你就會知道更大數據集， |
| 加入更多的珊瑚物種，擴大地理範圍，我們真的可以開始使用這種珊瑚健康預測建模方法 |
| 你知道，作為一種決策工具。 因此，不僅用於監測，而且用於尋找可能對珊瑚養殖恢復有用的彈性基因型。 |
| 您也可以使用這種方法來跟踪緩解項目的成功和類似性質的事情，所以我認為這種方法有很大的潛力 |
| 珊瑚健康預測建模方法，用於這種更積極主動的海洋管理，我希望 |
| 這是我們可以在未來幾年在邁阿密大學 NOAA 繼續發展的東西，特別是隨著這些生態系統變得越來越危險。 |
| 因此，我很樂意回答任何問題。 我再次想提一下我不是受過訓練的建模師，所以我絕對歡迎 |
| 有什麼建議。 不要把這些當成教條，你知道如果有對數據的嚴重誤解或類似的東西，你不會傷害我的感情，我肯定會感謝任何問題或反饋。 |
| 因此，我將結束我的談話，很高興收到你的來信。 謝謝。 |
