分析植入小鼠肌肉的金属颗粒的大型、多治疗、时间进程研究的统计方法
Wenjun Bao、Russell D. Wolfinger 和 Tzu-Ming Chu，SAS； Edward Perkins，美国陆军工程师研发中心； Desmond I. Bannon，公共卫生研究所
在对单个植入颗粒（镍、钨/镍/钴合金、钽或对照）对小鼠的影响的时间进程研究中，生成了 400 多个 Illumina Sentrix MouseRef-8 v1.1 表达珠芯片阵列以评估随着时间的推移，治疗对基因表达谱的影响。我们为与如此大的数据集相关的几个数据分析挑战提供了解决方案。首先，转化：有大量基因具有负强度值。我们研究了移位对数和缺失值插补方法。第二，归一化：与微阵列样品制备完成日期相关的批次效应明显。我们探索了不同的归一化方法，包括分组批量配置文件 (GBP) 校正。第三，差异表达基因：我们使用混合模型方差分析方法来测试它们的差异。
