Altoparlante | Trascrizione |
| Pietro Polito | Ciao Stan, ci sei. |
| ciao Pietro. |
| Pietro Polito | Come va. |
| sto bene. |
| Meraviglioso. |
| Pietro Polito | Come ti senti a fare il tuo abstract oggi. |
| si mi sento abbastanza bene |
| Va bene, non mi va di mettere un'altra settimana per esercitarmi. |
| Pietro Polito | Adesso certo. |
| Ho sempre pensato che il perfetto sia nemico del bene. |
| sì sì hai ragione su questo sì ho cliccato sul link sbagliato. |
| Oh, mi dispiace per questo sì, va bene fare clic su andando nello spazio in cui sto registrando per questo. |
| Pietro Polito | Ah, vedo. |
| Dove sei noi siamo. |
| Pietro Polito | mi dispiace per quello. |
| Va bene, fammi alzare. |
| Il tuo ascolto per confermare alcune cose prima di iniziare, ed è molto inutile vedere il file excel e pensi che sarebbe in JMP. |
| Solo un momento come sta andando la tua giornata. |
| Fin qui tutto bene. |
| Pietro Polito | Ottimo e da dove stai chiamando. |
| Sto chiamando da Jeffersonville Indiana che è proprio dall'altra parte del fiume per Louisville Kentucky. |
| Pietro Polito | Va bene, vado a Lexington e vivibile a novembre. |
| Oh davvero per una delle conferenze. |
| Pietro Polito | conoscere un piacere che è il mio. |
| il quarantesimo compleanno del cognato e un mucchio di. |
| i ragazzi si incontreranno per una degustazione di whisky. |
| Bene bene hanno ottenuto il sentiero borbonico ora stai andando sì. |
| Pietro Polito | è esattamente quello che stiamo facendo. |
| Va bene, solo un momento qui Stan. |
| Ok, e quando hai finito, fammi sapere, lascia che ti dia il mio numero di cellulare. |
| Pietro Polito | Va bene, stiamo guardando. |
| La previsione di sopravvivenza dei pazienti con insufficienza cardiaca o altro tuo abstract. |
| No, è l'insufficienza cardiaca. |
| Pietro Polito | Ok, quindi il titolo è solo quello di confermare la previsione di sopravvivenza dei pazienti con insufficienza cardiaca da dati di laboratorio clinici limitati utilizzando JMP. |
| questo è tutto. |
| Pietro Polito | Ok, e qui devo esaminare alcune cose. |
| Non hai co presentatori corretti. |
| Corretto e quindi ho bisogno di confermarlo verbalmente, capisci che questo viene registrato per questi hanno JMPed discovery summit conference e sarà disponibile pubblicamente nella comunità degli utenti JMP se dai il permesso per questa registrazione e il suo utilizzo. |
| Sto benissimo Grazie mille, tutto bene. |
| Puoi dire solo qualche parola, voglio solo assicurarmi che l'audio arrivi chiaramente. |
| Ok, lasciami, lascia che cominci, mi chiamo Stan Saran di Itch e sono l'analista principale di Crucial Connection llc. |
| E mi trovo a Jeffersonville Indiana Indiana proprio di fronte al fiume Ohio dalla famosa Louisville Kentucky e oggi vi parlerò della previsione dell'insufficienza cardiaca. |
| Pietro Polito | Perfetto va bene che sta arrivando Bello e chiaro. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Lasciami solo quindi ci sono alcune cose che dobbiamo fare in modo che le immagini escano chiaramente, dobbiamo controllare il tuo display se sei su una macchina Windows. |
| Sono su una macchina Windows 10 e lavorerò dal mio monitor esterno. |
| Pietro Polito | Ok, quindi se potessi semplicemente andare alla barra di ricerca in basso e digitare display. |
| barra della barra di ricerca in basso oh. |
| Pietro Polito | sì, se ti dispiace condividere il tuo schermo, mentre lo fai, posso farlo. |
| controlla le cose sì. |
| sì, ho avuto qualche problema con questo, per non dire. |
| Condividiamo lo schermo ma ogni tanto perderei la condivisione dello schermo. |
| Pietro Polito | Oh, puoi verificarlo. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Quindi in fondo vedrai il pulsante Condividi schermo Oh, mi dispiace che sia su mio padre. |
| Ok sì, quindi scrivi fai clic su quella lente d'ingrandimento. |
| E digita display. |
| Va bene. |
| In cui si. |
| Pietro Polito | Puoi semplicemente iniziare a digitare se il cursore è già in posizione. |
| Oh eccolo. |
| Pietro Polito | Oh, non credo che tu voglia premere invio quando lo provi ancora una volta. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Quindi vai a cambiare la risoluzione. |
| E la gestione di Microsoft. |
| Pietro Polito | ha detto oh lo sai che ci scommetto, è sull'altro tuo monitor. |
| sì, è sull'altro mio monitor. |
| Pietro Polito | Ok, ti dispiacerebbe trascinarlo su questo. |
| Va bene. |
| Sì. |
| Pietro Polito | Non riesco ancora a vederlo, vedo solo la finestra del browser. |
| E questo è. |
| Pietro Polito | Perché stava dicendo. |
| si stesso stesso problema che abbiamo avuto. |
| Pietro Polito | Quindi hai condiviso l'intero schermo o condividi solo un. |
| finestra, ho pensato, un condiviso l'intero schermo il. |
| Nuova condivisione. |
| il problema è che molte volte coprirà il mio. |
| Barra di controllo per la riunione zoom. |
| Ah. |
| Ecco perché sto cercando di farlo in questo modo. |
| Riesci a vedere la pianificazione forse vedere come è arrivato lì. |
| Pietro Polito | questo è quello che vedo è la pianificazione resa facile. |
| sì libero di farlo. |
| E probabilmente sto guardando la mia prospettiva. |
| Sì. |
| Pietro Polito | E vorremmo comunque chiudere la prospettiva, prima di iniziare. |
| sì sì ora che siamo connessi non ho bisogno di altre finestre, fammi chiudere che vado a tutte le finestre aperte. |
| Ok, ci siamo. |
| Ed è tutto ciò di cui ho bisogno. |
| Nuova condivisione con cui condividerò lo schermo. |
| Lascia che lo trascini. |
| Qui, quando clicco su un nuovo pulsante di condivisione. |
| Vedi il mio desktop. |
| Pietro Polito | Vedo una tenda verde. |
| Con una bella. |
| tramonto nel Latteo. |
| modo sì sì lasciami. |
| Torna qui visualizza di nuovo tutte le ricerche sul display. |
| Vedi la mia barra di ricerca. |
| Sì. |
| Pietro Polito | E poi canta che vuoi fare clic su cambia la risoluzione del display, quindi grazie per l'opzione in basso. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Ci siamo, quindi eri al 1920 ma va bene, perfetto è quello che vogliamo essere. |
| Ok, e poi puoi andare a chiuderlo. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | E poi fai clic con il pulsante destro del mouse sulla barra delle applicazioni in basso. |
| e vai alle impostazioni della barra delle applicazioni. |
| cliccalo. |
| Sì. |
| Pietro Polito | Sì. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Quindi è la seconda opzione in basso. |
| prova automaticamente lì, andiamo. |
| Va bene, qualcos'altro qui. |
| ehm. |
| Pietro Polito | può andare e chiuderlo. |
| E poi l'ultima cosa che vogliamo fare è scendere a. |
| Ti piace. |
| Schede di notifica o altro per assicurarsi che tutto ciò che potrebbe dare un popup sia chiuso. |
| sì, ho chiuso tutto prima di accedere. |
| Ok, l'unico problema è che la mia barra di controllo è ancora accesa sul monitor del mio laptop e sto ancora guardando la barra di prova sul monitor della scheda di Yelp ed è quella da cui voglio presentare. |
| Pietro Polito | Ok ehm. |
| torniamo lì e vediamo se cambia automaticamente. |
| Ok, forse vado e provo a fare clic sul desktop e forse questo lo farà sparire. |
| sì, ci siamo. |
| Ci andiamo, andiamo. |
| Pietro Polito | Va bene, quindi una volta noi. |
| Stiamo registrando ora così. |
| Ora vado a stare attento su questo. |
| Pietro Polito | sì se lo è. |
| Se si apre non è la fine del mondo. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Desideri. |
| volere. |
| Una volta che inizi a presentare diventerò muto la mia videocamera si spegnerà diventerò un fantasma penserai che non stai solo parlando da solo. |
| Se tu. |
| ti sembra di aver creato un po' di aria catastrofica e di voler ricominciare tutto da capo, sfortunatamente va benissimo. |
| Il modo in cui ci stanno facendo fare questo se ci sei non saremo davvero in grado di modificare qualcosa nel mezzo, fondamentalmente dobbiamo farlo in una sola corsa se in futuro, finisci questo e poi ti rendi conto Oh , Volevo davvero dire questo, invece di quello. |
| Quando questi sono effettivamente presentati. |
| sarai, hai la possibilità di essere in diretta, quindi possiamo sempre mettere in pausa il video e puoi dire Ok, sai che ho detto male qui quello che stavo davvero cercando di trasmettere X, Y o Z e tu Avrò l'opportunità di tipo in tempo reale. |
| metti le cose in chiaro così è se, come ti rendi conto domani o il giorno dopo o qualcosa del genere, ma se in questo momento senti che volevo dirlo in modo completamente diverso, possiamo semplicemente ricominciare. |
| Ok, beh, speriamo di non doverlo fare. Stavo avendo problemi con Sharon da dichiarare e Nick si è fermato subito, e ho chiesto loro di smettere subito. |
| E questo deve essere eliminato, lo sai. |
| Pietro Polito | ehm si si. |
| Ok, allora. |
| Bene. |
| Va bene, lascerò ai miei colleghi che stanno producendo questo lavoro di andare avanti. |
| Che per te mettiamo temporaneamente in pausa la registrazione. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Va bene, spengo il mio video. |
| Per un secondo. |
| Prima di iniziare, voglio controllare la condivisione dello schermo. |
| Perfetto va bene. |
| Ora voglio dover aprire la barra delle applicazioni. |
| Pietro Polito | No, va bene, va bene. |
| Ok, il problema è che vogliamo solo il massimo. |
| si si va bene. |
| Pietro Polito | pollice quadrato durante la presentazione. |
| Ok, ed ecco l'altro affare con cui ho avuto problemi con questo, sia martedì che la scorsa settimana, quando ho fatto finta di fare ricerche sugli analisti del triangolo, è una specie di storia, ma non ho intenzione di fare la modalità di presentazione. |
| Pietro Polito | Ok va bene. |
| Ok, quindi ce l'ho e vediamo se vedi il mio PowerPoint lassù. |
| Pietro Polito | Vedo il tuo PowerPoint. |
| Ok ora che ne dici se venissi qui. |
| Pietro Polito | E vedo il mio schermo. |
| super Fammi chiudere e aprire l'altra schermata del lavoro. |
| Avanti. |
| Vedete, questa è una nuova schermata JMP con. |
| script e finestra di script. |
| Io faccio. |
| Va bene, sì, in parte durante la presentazione e ho smesso di farlo e ho dovuto interrompere la condivisione e poi ricondividerla, quindi spero che sia così. |
| Pietro Polito | Va bene. |
| va tutto bene bene sto ora per disattivare il mio microfono. |
| E tu. |
| Basta fare tutto bene, posizione di buona fortuna. |
| Okay grazie. |
| Buongiorno, buon pomeriggio o buonasera a tutti. Mi chiamo Stan Siranovich. E sono l'analista principale Crucial Connection LLC. |
| E ci troviamo a Jeffersonville, nell'Indiana. Proprio di fronte al fiume Ohio dalla storica Louisville, nel Kentucky. |
| E come puoi vedere, oggi sullo schermo ti parlerò della previsione di sopravvivenza dei pazienti con insufficienza cardiaca da dati di laboratorio clinici limitati utilizzando JMP Pro 16. |
| Ora cosa sono, |
| sono una raccolta di cartelle cliniche. 299 cartelle cliniche per l'esattezza dei pazienti con insufficienza cardiaca. E sono stati raccolti presso la struttura [incomprensibile] Istituto di Cardiologia e l'[incomprensibile] in |
| [incomprensibile] Pakistan. E sono stati raccolti tra aprile e dicembre del 2015. Ora, sono stati pubblicati, |
| originariamente, nel BMC Medical Informatics and Decision Making Journal, Volume 20 nel 2020 di due autori Chicco e Jurman. |
| E ciò che gli autori volevano fare era creare un modello per valutare la probabilità di morte per insufficienza cardiaca. |
| E il modello doveva essere un modello relativamente semplice, si spera, essere utilizzato da ospedali e professionisti per valutare la diversa gravità delle malattie cardiovascolari. |
| Ora entrano un po' nella storia e lo farò anch'io, ma spiegano molto brevemente il motivo per farlo, gli autori lo notano. |
| i dati che hanno esaminato e i modelli che sono stati derivati dai dati avevano una bassa riproducibilità numero uno e avevano anche una serie di fattori diversi tra i primi cinque o i primi sei. |
| Per predire l'insufficienza cardiaca, ma due continuavano a riapparire, ed erano il volume di eiezione e la creatinina. E vado oltre |
| quali sono in appena un minuto o due una volta avviata l'analisi. Ora ciò che gli autori hanno fatto è stato utilizzare 10 diversi metodi di apprendimento automatico avanzati secondo loro per prevedere l'insufficienza cardiaca. |
| Quindi hanno eseguito 10 script di apprendimento automatico. Hanno usato alberi decisionali casuali della foresta, aumento del gradiente, tutti i normali sospetti. Mi scusi. E quello che hanno fatto è stato valutarli su sette diversi machine learning |
| metrica. E hanno scoperto, non con loro sorpresa, che la creatinina sierica e il volume di eiezione erano variabili significative. E i gestiti escludono tutte le altre variabili. |
| E non era così quando abbiamo fatto l'analisi in JMP Pro 16. Quindi, daremo un'occhiata a questo e parlerò un po' dell'età variabile, ma, |
| prima di farlo, permettetemi di parlare di JMP. |
| Ed ecco la tabella dati JMP con cui lavoreremo. |
| Se non hai familiarità con JMP, fammi passare molto brevemente qui sopra, dove ho il cursore abbiamo la finestra dello script. Segue la finestra della colonna. Puoi vedere che abbiamo 13 colonne senza nulla selezionato ed ecco la finestra delle righe e abbiamo 299 righe. |
| Anche se ho scaricato. Il modo in cui funziona è che sono andato a Kaggle. Hanno pubblicato tutto su Kaggle, |
| per le altre persone su cui esercitarsi, per così dire. E negli anni successivi, alcuni stati l'hanno messo lì, c'erano 177 osservazioni separate. Erano tutti open source e una dozzina o giù di lì che ho guardato, erano tutti |
| come pensiamo normalmente sono le due piattaforme Open Source più popolari. Hanno anche inserito l'analisi originale, che è stata eseguita nel linguaggio di programmazione statistica R e hanno pubblicato tutto il codice su GITHUB. Quindi, vediamo cosa possiamo fare con JMP. |
| Ora, esaminiamo le variabili qui a cui alludevo prima. Prima di tutto, abbiamo la creatinina fosfochinasi. Questo è un enzima. |
| Ed è un indicatore di danno muscolare. Abbiamo anche la creatinina sierica, che è una sostanza chimica presente nel sangue. |
| Ed è un indicatore sia del danno muscolare che dell'insufficienza renale e abbiamo parlato di danno muscolare qui stiamo pensando all'insufficienza cardiaca. |
| Abbiamo anche la frazione di eiezione, che è la percentuale di sangue che lascia il cuore e dover caricare la frazione di didascalia è un indicatore del danno al muscolo cardiaco. Abbiamo anche sodio sierico, |
| che è una misurazione di routine eseguita con analisi del sangue. E qui valori molto bassi, forse un indicatore di insufficienza cardiaca. |
| Dovremmo anche notare che abbiamo quello che potremmo definire un set di dati in equilibrio. Questo è, |
| abbiamo avuto un... beh, non dovremmo chiamarlo positivo... un evento di morte nel 32% dei casi qui e la sopravvivenza nel 68%. Quindi è sì, uno a due |
| abbiamo un terzo delle persone che hanno sofferto di insufficienza cardiaca, due terzi l'ha fatto adesso. Dovremmo anche menzionare che abbiamo un set di dati relativamente piccolo qui. |
| 299 righe. Molto piccolo per i record del cuore. Quindi iniziamo con l'analisi e permettetemi di visualizzare un'altra tabella di dati JMP. |
| E questa è questa tabella di dati proprio qui, e fammi sbarazzartene. Lo trascinerò sull'altro mio schermo. |
| Ok, stiamo esaminando la tabella dei dati e ho già lavorato un po' su questo, riordino alcune cose e noterete qui sotto, |
| anemia, diabete, ipertensione, sesso e fumo. Quando l'ho importato originariamente in JMP, ha dato un continuo |
| distribuzione o continua |
| tipo di dati e quello che ho fatto è stato cambiarli. Ad esempio, se venite qui e guardate l'anemia, o meglio ancora l'ipertensione. |
| Alta pressione sanguigna - abbiamo zero e uno, e non hanno davvero detto dove fosse il limite sarebbe stato bello avere dei dati continui qui con il |
| sistolica e diastolica. Non è il caso. Quindi è quello con cui dobbiamo lavorare e li ho cambiati tutti. E vedrai anche che le piastrine |
| è nascosto. |
| E questo perché ho nascosto ed escluso, dovrei dire, e questo perché dovevo pulirli e c'è un'altra cosa che voglio fare. |
| E, mostrarti come farlo apposta non l'ho fatto, vado qui per invecchiare e lo nasconderò. |
| E lo escluderò anche dal fatto che sia nascosto dal grafico per la visualizzazione verrà escluso da qualsiasi calcolo, nel caso in cui lo trascini accidentalmente con qualcos'altro e spiegherò i motivi per farlo in un po. Così, |
| lo faremo, un po' diversamente. Inizierò, mi scusi, con l'analisi, e poi, dopo aver finito l'analisi, tornerò indietro e farò un po' di pulizia e spiegherò man mano che procedo. |
| Quindi veniamo qui per |
| Analizzare |
| e |
| per seguire qualcos'altro per un secondo. Ok, a proposito, il mazzo di PowerPoint sarà disponibile sul sito web del Discovery Summit, e ho alcune schermate e un po' di spiegazione, in modo che tu possa seguire se vuoi fare per te stesso. |
| Quindi, la prima cosa che farò è andare qui nel menu Analizza, fare clic su di esso e andrò qui in basso a Modelli predittivi. |
| E qui abbiamo un sacco di scelte tra cui il confronto dei modelli e lo screening dei modelli. Dice qui per lo screening del modello: "si adatta a molti modelli predittivi diversi in modo da poter selezionare il migliore". |
| Quindi, sembra che abbiamo voluto fare con, vorremmo fare un parallelo |
| l'analisi originale. E c'è questa finestra che otteniamo e se noti in basso a sinistra, abbiamo una scatola |
| e ha una casella di controllo che ci dice quali modelli eseguiremo, questo è tutto l'impostazione predefinita. |
| Quindi, verrà eseguito, ad esempio, Decision Tree, Bootstrap Forest, Boosted Tree, Fit Least Squares, tutto quel genere di cose. Tutti i nostri preferiti. E lì, ce ne sono 11 per noi e JMP lo farà automaticamente. Quindi, DEATH_EVENT, |
| questa sarà la mia risposta Y. E quello che farò è solo |
| fai clic su trascina seleziona tutte le variabili qui e lo inserirò come fattori X. |
| E farò clic su OK. |
| E ci sediamo e lasciamo che JMP faccia il suo dovere. |
| Ed eccolo lì. Ecco il risultato che otteniamo. |
| Quindi lavoriamo su questo. Ecco i dettagli. Possiamo vedere i vari |
| analisi che stiamo eseguendo se clicchiamo su questo triangolo grigio. |
| Possiamo vedere più dettagli e i dettagli che sono presenti nella finestra dipendono dall'analisi particolare e quindi con l'esecuzione. Se vogliamo andare oltre, ovviamente, possiamo fare clic sul punto caldo rosso e abbiamo alcune scelte aggiuntive. |
| Quindi, questo è quello che abbiamo quaggiù, e quando lo ha fatto ha anche aperto questa scatola qui ed è etichettata come addestramento. E questo è il risultato dell'esecuzione di tutti i dati come set di allenamento. In altre parole non c'è stata alcuna formazione. |
| Non c'era nessun test set. Mi scusi, c'era un set di allenamento, ma c'era un set di prova. E non c'era alcun set di convalida e questo perché non abbiamo fatto alcuna selezione. |
| Questo è solo uno screening e ci dice quale ha avuto i migliori risultati in allenamento. Ok, allora vediamo il numero di colonne qui, quindi cerchiamo |
| passare attraverso quelli brevemente. L'entropia R al quadrato è |
| semplicemente una R al quadrato ed è, |
| beh, è una misura che si confronta con le verosimiglianze log del modello adattato, quindi è il valore log. |
| E abbiamo il tasso di errore di calcolo, l'area sotto la curva qui, ovviamente alta, sarà migliore. |
| E abbiamo il RASE, che è il tasso di previsione quadratico medio della radice. Quindi, questa è la differenza tra uno e p-probabilità. |
| Questa è la probabilità adattata per il modello che hanno creato JMP. E abbiamo l'R quadrato generalizzato che è ciò a cui tutti pensano come R al quadrato. È un |
| misura... è applicato ai modelli di regressione, e se otteniamo un adattamento perfetto, abbiamo uno, e se non ci adattiamo, abbiamo zero. Sono classificati qui, quindi lei Bootstrap Forest è risultata la prima. |
| E vediamo cos'altro voglio dire controlla i miei appunti. |
| Penso che sia tutto, potremmo |
| vieni di nuovo qui |
| e apri il Bootstrap Forest e controlla i risultati, e potremmo vedere per il nostro allenamento impostato qui diamo un'occhiata alla matrice di confusione. ci dà |
| i dati di addestramento qui, gli stessi dati che abbiamo visto, ma questo è solo per la foresta bootstrap e qui abbiamo la matrice di confusione che abbiamo previsto contare. |
| E, quaggiù abbiamo il tasso previsto per la Bootstrap Forest. E se non hai familiarità con questo o la tua memoria è un po' arrugginita, ciò che fa è mostrarci il conteggio per |
| eventi di morte che erano eventi di morte reali con il valore di zero, e cioè il paziente è sopravvissuto quaggiù, l'83, |
| abbiamo avuto un evento di morte con un valore di uno, il che significa che il paziente non è sopravvissuto. E questo è il conteggio assoluto, quindi vogliamo guardare la diagonale che va dall'angolo in alto a sinistra al |
| in basso a destra e in diagonale qui da in basso a sinistra a in alto a destra quelli sono il conteggio errato. Quindi, avevamo 13 |
| tempi qui che erano previsti per la sopravvivenza, e non erano sopravvivenza. Erano morti. E poi nella seconda casella grigia qui abbiamo gli stessi dati, ma si tratta del tasso. Che, nel nostro caso è una misura leggermente migliore, perché abbiamo un set di dati sbilanciato, quindi lo chiuderò. |
| E poi, |
| quello che faremo è andare in modalità Analizza e adatta. E il motivo per cui vogliamo farlo è che gli adatteremo un modello di regressione, che è molto più facile da capire per le persone e ci darà |
| dacci la possibilità di metterci in mostra |
| la capacità di interagire in JMP. Quindi, quello che farò è chiuderlo e salirò qui per Analizzare, eccoci qui, per |
| Modello adatto. |
| E bene, |
| Sappiamo che le variabili ora, prima di tutto fammi salire qui |
| inserirà DEATH_EVENT lì dentro come ciò che vogliamo prevedere. E sappiamo e abbiamo visto che la creatinina, no, è quella sbagliata. La frazione di eiezione |
| ed eccolo qua. |
| Siero di creatinina |
| sono variabili importanti. E anche l'età è comparsa in un paio di analisi. Quindi, lascia che lo inserisca se riesco a trovarlo. |
| Aspettare. |
| Fammi ricominciare da capo qualcosa è stato tralasciato. |
| Ehi Peter, possiamo fermarci un secondo. |
| Quindi, quello che farò è venire qui ad analizzare, |
| Modello adatto. E Y sarà il DEATH_EVENT. |
| E quello che farò è, poiché il numero dei modelli ha trovato l'età come una variabile importante, aggiungerò l'età. E, ho intenzione di inserire |
| frazione di eiezione e creatinina sierica. |
| Ora gli autori non hanno trovato l'età come una variabile significativa, ma l'ho fatto, penso che potrebbe esserci un'interazione e JMP ci consente di gestirla molto facilmente. Quindi, in questo modo, clicco sull'età |
| e frazione di espulsione invece di fare clic su Aggiungi, |
| vengo quaggiù |
| fai clic su Croce e vado all'età. |
| e |
| siero di creatinina. |
| E questo è il clic di controllo. |
| E lo aggiungeremo così abbiamo. |
| Età, frazione di eiezione, aspetta un minuto. |
| Penso che solo grasso dita che uno. |
| Ci siamo. |
| Ora è lì, quindi ha le due interazioni e possiamo vedere qui che ci ha dato una scelta per la Personalità. E quello che faremo è accettare l'impostazione predefinita, che è Nominal Logistic. |
| E abbiamo alcune altre scelte qui, ma ci limiteremo a quello. |
| E farò clic su Esegui. |
| Ed ecco cosa otteniamo. |
| Ok, allora. |
| Dobbiamo registrare il valore qui, che è fondamentalmente negativo. |
| registra la base 10 di questo valore di probabilità qui. E il motivo per cui lo facciamo, cioè, rende più facile lavorarci, mi scusi, più facile da rappresentare graficamente e più facile per gli esseri umani capirlo. Quindi, vediamo quel numero uno nella lista. |
| È frazione di espulsione, mi scusi, che è ciò che hanno trovato gli autori. Il numero due è la creatinina sierica, ma l'età è ancora la numero tre ed è altamente significativa. |
| E abbiamo esaminato |
| interazioni e vediamo che non sono significative. A proposito, questa linea blu qui è il valore di due. Sono le due. |
| E lo hanno inserito o semplicemente per renderlo più facile da vedere. E il motivo per cui ne ho scelti due è perché quello è il log di .01, che è il livello di significatività scelto da JMP come predefinito. |
| Ma veniamo qui e vediamo che il valore logaritmico o il valore e l'equazione di regressione saranno relativamente bassi, ma siamo qui e .05 che potrebbe essere un limite in molti progetti sperimentali. Potrebbe essere tagliato in un sacco di. |
| l'analisi funziona, quindi ne terremo conto, anche se lo ignoreremo proprio qui, perché non supera il nostro limite di .01. |
| Potrebbe interessare i clinici. Potrebbe dare loro qualcos'altro a cui prestare attenzione e potrebbe benissimo essere significativo in un diverso set di dati. E qui abbiamo tutti i soliti dati. Vediamo cosa possiamo guardare, fammi scorrere verso il basso ok. |
| Abbiamo le probabilità del chi quadrato in cui non entrerò, e abbiamo le stime quaggiù, che sarebbe il coefficiente nella nostra equazione di regressione. |
| Quindi questo è quello che abbiamo trovato. |
| Quindi lasciatemi minimizzare questo e ora andremo alla pulizia e all'esplorazione, il motivo per cui l'ho fatto, senza prima pulire è perché negli articoli originali non c'era menzione di alcun |
| pulizia e sorta di raccolta dati di sorta. Hanno appena preso i dati e ci hanno eseguito i loro modelli. |
| E mi piace guardare prima i miei dati. Quindi, diamo un'occhiata a un paio di cose qui. Prima di tutto, se veniamo quassù, |
| e fare clic su quella piccola icona possiamo mostrare i grafici dell'intestazione. E mi piace farlo. Quindi, facciamo clic su 1 qui, che è |
| evento di morte positivo, se posso usare questi termini. |
| E ciò che fa è evidenziare tutte le righe con un evento di morte pari a 1. Se volessimo dare un'occhiata più da vicino, e possiamo vedere se c'è qualche tipo di correlazione con le altre variabili che potrebbero saltarci fuori e non c'è molto lì. |
| La mia finestra, ma abbiamo notato una cosa che abbiamo delle distribuzioni davvero, davvero distorte per il |
| creatinina fosfochinasi e per la creatinina sierica che sembra un po' strana. Nient'altro là fuori, possiamo cancellarli |
| facendo clic in qualsiasi altro punto del grafico e, a proposito, se non lo conosci, questo genere di cose è |
| trascinabile se vogliamo espandere qualcosa. |
| Ora da lì andiamo a Graph Builder. |
| Vediamo. |
| Ti dirò cosa, visto che siamo preoccupati di selezionare quella colonna, che è creatinina fosfochinasi e fare clic con il tasto MAIUSC. |
| Per la creatinina sierica e, oh, quasi dimenticavo prima di farlo |
| facciamo clic con il tasto destro |
| E da qui possiamo andare direttamente a Distribuzione, e questa è la stessa cosa che otteniamo se saliamo su Grafico e Distribuzione. Abbiamo potuto vedere che abbiamo una distribuzione molto distorta in entrambi. |
| E abbiamo un sacco di valori anomali, qui ci sono solo quantili e lo chiudo. Fammi chiudere. Non ne abbiamo davvero bisogno. |
| E diamo un'occhiata alle statistiche di riepilogo, mi permetta. |
| Ecco, se guardiamo bene la creatinina fosfochinasi, abbiamo una media di 581, una deviazione standard di 970. Quindi, è un po' strano. Questo è ovviamente molto lontano da quello che sarebbe un caso ideale e qui per la creatinina sierica voglio dire che abbiamo una media |
| di lo chiamo 1.4 e la deviazione standard di 1.0. Quindi neanche questa è una situazione ideale. E ci ha dato anche qualche altra informazione e se è un po' difficile da vedere in questo grafico, ma se non lo sei |
| abituati a guardare i box plot molto velocemente, i baffi sono 1,5 volte l'intervallo interquartile, che è la differenza tra il 25° percentile, che è il fondo del riquadro qui, il 75° percentile, che è il massimo. |
| Il diamante ci dà la media e la linea ci dà la mediana. E, per renderlo un po' più chiaro, posso espanderlo, e puoi vederlo un po' meglio e ci sono un sacco di valori anomali lì. |
| Così, |
| tieni presente che la creatinina sierica era una delle nostre variabili fortemente predittive. Potremmo anche esaminarlo un po' più in dettaglio |
| andando su Graph Builder. |
| Quindi passiamo a Graph, Graph Builder. |
| E questa è la finestra che otteniamo. |
| Bene, sappiamo dalle nostre ricerche e |
| alcuni argomenti, la conoscenza se non l'esperienza in materia che la creatinina fosfochinasi è continuamente prodotta dall'organismo. E reagisce |
| un precursore di quella che diventerà la creatinina sierica quindi forse c'è qualche relazione tra loro due e vorremmo anche esaminare quelle, beh, distribuzioni insoddisfacenti, diciamo. Quindi qui la creatinina fosfochinasi. |
| E lo inseriremo nell'asse X semplicemente facendo clic qui. |
| E faremo lo stesso con la creatinina sierica che nell'asse Y ed ecco cosa otteniamo. Quindi, abbiamo notato che la creatinina sierica Y va da zero a 10 e mentre |
| creatina fosfochinasi, amico, che va molto lontano qui |
| a quasi 8000. Ora una cosa possiamo fare. |
| È fare clic e trascinare e possiamo diffonderlo un po' di più. Ma, l'altra cosa che possiamo fare |
| è fare doppio clic sul nostro asse e otteniamo questa finestra Non entrerò nei dettagli su questo, ma veniamo qui e guardiamo la scala e vediamo il massimo una volta passati 8000. E, guardando il grafico qui sotto, lascia che lo trascini fuori strada. |
| Certamente, la maggior parte dei nostri valori per la creatina fosfochinasi sono inferiori a 1000. In effetti sembra che una buona parte di loro siano meno di forse cinque o seicento. |
| Così, |
| Non devo. |
| cambialo in |
| scegliamo 800. |
| Va bene. |
| E questo ci dà un grafico di quei punti dati. Tagliamo via tutti gli altri e vediamo che è praticamente una linea retta. Non c'è una vera relazione tra loro e abbiamo anche dei valori anomali qui sul |
| creatinina sierica, quassù a 10. E questo sembra un negare il lato del valore qui, quindi potrebbe convenirci tornare indietro e dare un'altra occhiata a quelli forse sbarazzarsi di alcuni degli outlier vedere se entriamo e otteniamo risultati diversi. |
| E questo è più o meno tutto, lascia che lo riduca al minimo. |
| Dai un'ultima occhiata al set di dati. |
| Oh sì, creatinina sierica. |
| Lo inseriamo come un continuo, ma se lo guardi qui nella colonna il nostro conteggio minimo è qui, nella prima cifra decimale, quindi abbiamo la possibilità di 10 valori lì più altri 10 valori la maggior parte di loro |
| sembra che abbiano meno di 2 o 3 anni. Quindi, lì, potrebbe esserci qualche domanda su come vogliamo trattarlo a seconda dell'analisi. |
| E certamente vogliamo dalla nostra analisi. Lo useremo. Vogliamo davvero considerarlo come una variabile continua o dovremmo considerarlo come una variabile ordinale con forse, |
| Non lo so, |
| 20 valori diversi per quella variabile ordinale. 20 o 25 o qualunque cosa venga fatta frequentemente nelle analisi di marketing, ma di solito non viene fatta qui, ma è qualcosa da considerare. Quindi, lasciami |
| torna qui per un riassunto. Torna al PowerPoint. |
| E lascia che lo espanda e spero che tutti possano vederlo, quindi ecco cosa avevamo. |
| Abbiamo 11 modelli diversi che JMP ha scelto per impostazione predefinita e abbiamo ottenuto quegli 11 modelli diversi e li abbiamo portati tutti semplicemente andando su Analizza, Modellazione predittiva, Screening modello. Abbiamo trovato che la creatinina sierica, l'età e la frazione di eiezione sono tutte significative. |
| E abbiamo scoperto che l'interazione della frazione di eiezione incrociata per età può giustificare ulteriori studi clinici, anche se non era davvero significativo per il nostro studio, non lo era |
| deciso sul valore. E abbiamo visto alcuni valori altamente distorti, specialmente nella distribuzione della creatinina, che è stata utilizzata nel nostro modello e con un set di dati piuttosto piccolo e sbilanciato. E ora ho menzionato l'età prima. Torno all'originale. |
| Trascinalo via. Ecco l'età. |
| E vediamo, abbiamo una distribuzione un po' distorta e non l'ho inserita nel modello e la ragione per cui non l'ho inserita nel modello è il modo in cui sono stati raccolti i dati. |
| Sappiamo dalla lettura degli articoli che il modo in cui era l'età era che mandavano una sorta di operatori sanitari a controllare le persone dopo |
| i dati originali sono stati sviluppati per lo studio. Quindi, quando vedi un anno di 65 anni, sono tornati indietro di 65 mesi dopo. |
| Oh, scusami, non era l'età di cui parlo, fammi tornare qui. Vai al momento in cui lo svelo. |
| E c'è tempo. Un po' strano, fammi tirare fuori un po'. |
| Cosa hanno fatto |
| erano tornati dopo lo studio originale. Quindi, quando vedi 16 anni, sono tornati indietro di 16 mesi dopo lo studio originale e controllano che ci fosse un evento di morte o nessun evento di morte. Cioè, il paziente era ancora vivo o non è ancora vivo o lei. |
| Quindi dopo 16 mesi questo paziente qui, numero 21, |
| era ancora vivo. Ora, se andiamo qui all'evento della morte, e lasciatemi evidenziare quello. |
| E vieni qui. |
| Vediamo che abbiamo tempo di 20. |
| Beh, non sappiamo se l'evento di morte sia avvenuto il giorno prima che abbiano controllato la settimana prima o un mese prima o due mesi prima. Gli autori originali che hanno pubblicato un articolo e l'hanno pubblicato su Kaggle hanno esaminato quei dati. |
| E non sono riusciti a trovare alcuna conclusione positiva da esso. Quella persona sarebbe potuta morire nel primo mese, ma nessuno ha controllato al primo mese. |
| E non conosciamo la frequenza dei controlli successivi. Ecco perché l'ho aggiunto e incluso, e se avessimo avuto dati migliori lì, potremmo venire qui per analizzare, |
| Affidabilità e sopravvivenza e avremmo potuto fare una distribuzione della vita o una vita in forma di X, che è il modo in cui vengono fatte molte di queste cose, ma non potevamo farlo in questo caso particolare. |
| Quindi più o meno |
| termina la presentazione Vorrei solo tornare al mazzo PowerPoint che ancora una volta sarà pubblicato sul sito ed ecco i link all'articolo originale della rivista. |
| Il Kaggle. |
| pagine. Il set di dati Kaggle che è un CSV e, |
| il repository Github degli autori con il codice R. E, spero che vi sia piaciuto tutto. |
| E con quello |
| concluderemo questa presentazione. |
| Pietro Polito | buoni lavori ora è molto interessante. |
| Grazie. |
| Pietro Polito | Bene, fammi controllare la mia lista di controllo. |
| sicuro. |
| Pietro Polito | non sono. |
| Non credo che con il tempo dell'agente. |
| Per favore, per favore che l'abbia preso. |
| Pietro Polito | sì e se tornano e dicono oh, non ci piace la pausa quello che faremo è quando sarai vivo, puoi solo noi puoi parlare con chiunque lo presenti, e puoi saltare su quella parte e dì solo che questo è quello che è successo ed è. |
| Va bene. |
| Non credo che ci chiederanno di registrarlo nuovamente, ma. |
| bene. |
| Ok sì, se lo fanno non è un grosso problema. |
| Pietro Polito | Va bene, sono tutto il resto che farò, lo farò. |
| Una volta che avremo smesso di registrare, siamo a posto. |
| e bene. |
| Pietro Polito | è fantastico, grazie per avermi permesso di guardare. |
| sì, beh, la cosa buona è che, anche se ho avuto un paio di problemi, non ha avuto problemi e software. |
| Ora tutto sembrava fantastico, sì sì, ho trascinato tutto e sono rimasto lì, quindi va bene. |
| Pietro Polito | D'accordo, bene. |
| Probabilmente ti incrocerò al vertice della scoperta e ti auguro una buona giornata. |
| Ok, anche tu teatro. |
| Pietro Polito | Va bene, ciao ciao in piedi. |
| Di. |
