你好,Chris,我想知道是否有研究管理 API 可以将一项研究作为 JMP 临床中的当前研究。 在您博客的表格中找不到它。非常感谢。 李宝月
JMP Clinical于 11 年前发布,专门用于分析和审查以标准化和结构化数据为中心的正在进行的临床试验。目的是审查人员将定期(每周或每月)接收数据进行审查,以使用预先编程的报告寻找安全性和/或有效性信号,使审查人员能够自助服务并深入挖掘相关数据。 -要求。我们希望加快审查过程,并发现在查看静态表格、列表和数据时可能会错过的异常情况。
此外,该软件的目标是减轻为审阅者生成所需数据和标准化报告的编程团队的负担。这需要大量时间来运行程序或编辑程序/脚本/宏,以满足审阅者的需求并频繁进行。编程和生物统计学小组通常希望关注研究特有的数据和报告,而不是研究与研究之间非常一致的通常表格或图表,从而使他们能够对研究特定的异常现象给予更强有力和更专心的关注,需要更多的统计或算法知识。
在很大程度上,JMP Clinical 实现了这些目标,除非我们谈论的是拥有许多需要监控和/或需要频繁更新数据的研究的组织。这给数据管理和生物统计团队带来了新的负担,需要更新 JMP Clinical 中的研究,或者给不熟悉流程或没有时间的审阅者带来负担。同样令人感兴趣的是能够修改 JMP Clinical 中的一些报告和/或按计划运行相同的审核模板。对自动化和扩展 JMP Clinical 功能的需求已成为频繁的请求。
输入 JMP Clinical 的 API。围绕 JMP Clinical 6,我们引入了框架和基础设施,使得以编程方式基于 API 访问常见功能/流程成为可能。在 JMP Clinical 7 中,API 已通过 JMP 脚本语言 (JSL) 发布并可用。在版本 8(最新版本)中,发布了更多功能。这篇文章不会详细讨论 API 的开发细节。相反,它侧重于它们的实际使用,以便您可以利用它们。
我将分享一系列有关如何调用和使用 API 的文章。我们从简单的开始介绍基本语法及其用法。然后我们在使用 JSL 时进一步进行更复杂的用途。最后,我们将在某些 JSL 中调用的两类 API 结合起来。
对于那些不熟悉 JMP Clinical 背景下的术语“研究”、“回顾”、“报告”和“回顾模板”的人,请参阅此链接以熟悉这些术语。另外,那些不熟悉 JSL 的人应该阅读此链接并了解更多信息。要了解 API 的使用,需要了解两者。
对于这篇文章,让我们从两个主要类别和可能的内容开始。两个主要类别是:研究管理相关功能 (JMPClinicalStudyManagerAPI) 和评审相关功能 (JMPClinicalReviewAPI)。这个想法是复制用户界面(主要是单击按钮)中可以完成的操作,其中不需要用户做出决定(例如使用新数据刷新研究的元数据或打开审核模板并为特定研究运行它)。下面是一些突出显示与“研究管理”部分和“审查”部分相关的按钮的图像。
Study Management Functions that Relate to JMPClinicalStudyMangerAPIStudy Management Functions that Relate to JMPClinicalStudyMangerAPIStudy Management Functions that Relate to JMPClinicalStudyMangerAPIStudy Management Functions that Relate to JMPClinicalStudyMangerAPI与 JMPClinicalStudyMangerAPI 相关的研究管理功能
Review/Review Builder Functions that Related to JMPClinicalReviewAPIReview/Review Builder Functions that Related to JMPClinicalReviewAPIReview/Review Builder Functions that Related to JMPClinicalReviewAPIReview/Review Builder Functions that Related to JMPClinicalReviewAPI与 JMPClinicalReviewAPI 相关的审阅/审阅构建器函数
该 API 旨在执行例行任务并使其自动化,例如使用新元数据刷新研究或在审核模板内的报告中添加/删除内容。以下是JMPClinicalStudyManagerAPI函数的链接和JMPClinicalReviewAPI函数的另一个链接以供参考。
那么,这个 JMPClinicalStudyMangerAPI API 能为我们做什么呢?它为我们提供了两组函数:获取函数(获取有关研究的信息的函数)和操作函数(添加、删除或更新研究的函数)。下表列出了调用该函数的基本语法的可能性。冒号 (:) 分隔 API 调用和函数调用。一些函数具有输入和/或返回。有关预期输入和返回内容的详细信息,请参阅上面的链接。
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研究管理API
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获取信息功能
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操纵研究功能
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获取研究名称列表:
JMPClinicalStudyManagerAPI:getStudyList
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添加研究:
JMPClinicalStudyManagerAPI:addStudy
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获取SDTM文件夹路径:
JMPClinicalStudyManagerAPI:getSDTMFolder
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刷新研究元数据:
JMPClinicalStudyManagerAPI:refreshStudies
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获取 ADaM 文件夹路径:
JMPClinicalStudyManagerAPI:getADaMFolder
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删除研究:
JMPClinicalStudyManagerAPI:删除研究
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添加获取日期研究:
JMPClinicalStudyManagerAPI:getInitialDate
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使用新快照更新研究:
JMPClinicalStudyManagerAPI:更新快照
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获取日期 研究最新更新时间:
JMPClinicalStudyManagerAPI:getLastUpdatedDate
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更改研究数据文件夹:
JMPClinicalStudyManagerAPI:changeFolders
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获取快照启用状态:
JMPClinicalStudyManagerAPI:getEnableSnapshot
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预先计算患者档案数据:
JMPClinicalStudyManagerAPI:预计算ProfileData
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获取快照编号:
JMPClinicalStudyManagerAPI:getSnapshotNumber
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获取已识别的域列表:
JMPClinicalStudyManagerAPI:getDomainList
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获取磁盘上的文件大小:
JMPClinicalStudyManagerAPI:getSizeOnDisk
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获取创建/添加研究的 Windows 操作系统用户 ID:
JMPClinicalStudyManagerAPI:getCreatedBy
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获取上次更新 Study 的 Windows 操作系统用户 ID:
JMPClinicalStudyManagerAPI:getLastUpdatedBy
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现在让我们看看第二类,审阅功能。该函数还具有一组获取和操作函数,但用于评论和报告。
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审核API
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获取信息功能
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操纵报告/审查功能
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获取评论生成器的参考:
JMPClinicalReviewAPI:getReviewBuilder
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关闭评论生成器:
JMPClinicalReviewAPI:closeReviewBuilder
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获取评论查看者/构建者 ID 和标题:
JMPClinicalReviewAPI:getReviewViewerIDsAndTitles
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打开评论模板:
JMPClinicalReviewAPI:openReviewTemplate
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获取评论查看器的参考:
JMPClinicalReviewAPI:getReviewViewer
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将报告添加到审阅生成器:
JMPClinicalReviewAPI:addReport
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获取审阅查看器/生成器的目录:
JMPClinicalReviewAPI:getReviewTableOfContents
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按标题删除报表审阅生成器:
JMPClinicalReviewAPI:removeReportByReportTitle
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获取报告 ID 列表:
JMPClinicalReviewAPI:getReportIDList
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在审阅生成器中按标题运行报告:
JMPClinicalReviewAPI:runReportByReportTitle
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获取报告标题列表:
JMPClinicalReviewAPI:getReportTitleList
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在审阅生成器中运行所有报告:
JMPClinicalReviewAPI:manAllReports
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按 ID 获取对报告的引用:
JMPClinicalReviewAPI:getReportByID
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将审阅生成器内容保存为审阅:
JMPClinicalReviewAPI:保存评论
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按标题获取报告参考:
JMPClinicalReviewAPI:getReportByTitle
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在审阅查看器中打开审阅:
JMPClinicalReviewAPI:openReview
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按标题获取报告详细信息:
JMPClinicalReviewAPI:getReportDetailsByTitle
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将部分插入报告:
JMPClinicalReviewAPI:insertSectionIntoReportByTitleAndSectionName
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获取报告结果的参考:
JMPClinicalReviewAPI:getReportResultsByTitle
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从报告中删除部分:
JMPClinicalReviewAPI:removeSectionFromReportByTitleAndSectionName
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获取报告部分的参考:
JMPClinicalReviewAPI:getReportSectionByTitleAndSectionName
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添加到报告部分的末尾:
JMPClinicalReviewAPI:appendDisplayObjectToReportSectionByTitleAndSectionName
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获取报表中使用的数据表列表:
JMPClinicalReviewAPI:getDataTablesForSectionByTitleAndSectionName
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添加到报告部分的开头:
JMPClinicalReviewAPI:prependDisplayObjectToReportSectionByTitleAndSectionName
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现在我们列出了不同的功能及其功能。现在是时候展示它们使用的基本语法了。基本形式是这样的:
JMPClinical<CATEGORY>应用程序编程接口:<FUNCTION> ({参数}, {命名空间},completeListenerFunction());</FUNCTION></CATEGORY>
我在上面提到JMPClinicalStudyManagerAPI时已经介绍了Study Management相关API函数的基本调用。因此,如果我想刷新已注册研究的元数据,它将如下所示:
JMPClinicalStudyManager:refreshStudies ({studyList},{},{});
我们将在下一组帖子中对此进行更多剖析并讨论常见用途。现在,我想介绍可用的内容以及如何在 JSL 脚本中调用它。下一篇文章将介绍研究管理 API 的示例,详细讨论 API 调用的命名空间和completeListener 部分,并开始将其包装在 JSL 中以及在其中使用 JSL。
直到下一篇文章,小心!
@BaoyueLi,
抱歉回复迟了。我没有看到这篇文章的评论。在 JMP Clinical 18(和 17)中,您可以设置当前研究。以下是用户指南中 API 页面的链接:
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPC180_documentation/Content/JMPCUserGuide/AP_C_0013.htm
以下是它的一般用法:
JMPClinicalStudyManagerAPI:setCurrentStudy("研究名称")
将当前研究设置为指定的研究。
参数:
study - 包含要设置为当前研究的研究名称的字符串,或 Empty() 将当前研究设置为
返回:
如果当前研究设置成功,则为 1;否则为 0。
谢谢 Chris。似乎 JMP 临床版本 15 中没有“setCurrentStudy”命令?