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Re: JMP Clinical の自動化と拡張: 序文

こんにちは、クリス。JMP 臨床で現在の研究として研究を作成するための研究管理 API があるかどうか疑問に思っています。ブログ内の表には見つかりませんでした。どうもありがとう。バオユエ・リー

JMP Clinical の自動化と拡張: 序文

JMP Clinical は、標準化され構造化されたデータを中心とした進行中の臨床試験の分析とレビューを目的として 11 年前にリリースされました。その目的は、レビュー担当者が一定の間隔 (毎週または毎月) でレビュー用のデータを受け取り、事前にプログラムされたレポートを使用して安全性および/または有効性のシグナルを探し、レビュー担当者がセルフサービスでデータをより深く調査できるようにすることでした。 -要求。期待は、レビュープロセスを迅速化するとともに、静的な表、リスト、図を見ているときに見逃してしまう可能性のある異常を発見することでした。

さらに、このソフトウェアの目標は、要求されたデータとレビュー担当者向けの標準化されたレポートを作成するプログラミングチームにかかる負担を軽減することでした。そのため、プログラムを実行したり、レビュー担当者のニーズに合わせてプログラム/スクリプト/マクロを編集したりするのに、頻繁に時間がかかりました。プログラミングおよび生物統計のグループは、通常、研究ごとにかなり一貫した通常の表やグラフではなく、研究に固有のデータやレポートに焦点を当てたいと考えています。これにより、研究固有の異常に対して、よりしっかりと気を散らすことなく注意を払うことができます。より統計的またはアルゴリズムの知識が必要です。

監視が必要な研究が多数ある、またはデータを頻繁に更新する必要がある組織を除いて、JMP Clinical はほとんどの場合、これらの目標を達成しました。これにより、JMP Clinical 内の研究を更新するというデータ管理チームと生物統計チームに新たな負担が生じたり、プロセスに熟練していない、または時間がないレビュー担当者に負担がかかったりすることになります。また、JMP Clinical 内の一部のレポートを変更したり、スケジュールに基づいて同じレビューテンプレートを実行したりできる機能も興味深いものでした。 JMP Clinical の機能の自動化と拡張に対する要望が頻繁に寄せられるようになりました。

JMP Clinical の API を入力します。 JMP Clinical 6 では、共通の機能/プロセスへの API ベースのアクセスをプログラムで可能にするフレームワークとインフラストラクチャを導入しました。 JMP Clinical 7 では、API がリリースされ、JMP Scripting Language (JSL) を使用して利用できるようになりました。バージョン 8 (最新バージョン) では、さらに多くの機能がリリースされました。この投稿では、API の開発の詳細については触れません。代わりに、それらを活用できるように、実際の使用法に焦点を当てています。

API を呼び出して使用する方法に関する一連の投稿を共有します。基本的な構文とその使用法を紹介することから始めます。次に、JSL を使用しながら、より高度な使用方法に進みます。最後に、JSL 内で呼び出される 2 つのカテゴリの API を結合します。

JMP Clinical の文脈における研究、レビュー、レポート、およびレビューテンプレートという用語に慣れていない方は、このリンクを参照して理解してください。また、JSL に詳しくない人は、このリンクを読んで詳細を学ぶ必要があります。 API の使用法を理解するには、両方の知識が必要です。

この投稿では、2 つの主要なカテゴリと何が可能であるかについて説明します。 2 つの主なカテゴリは、スタディ管理関連関数 (JMPClinicalStudyManagerAPI) とレビュー関連関数 (JMPClinicalReviewAPI) です。このアイデアは、ユーザーの決定が必要ないユーザーインターフェイス (主にボタンのクリック) 内で実行できることを再現することです (研究のメタデータを新しいデータで更新したり、レビューテンプレートを開いて特定の研究に対して実行したりするなど)。以下は、[学習管理] セクションと [レビュー] セクションに関連するボタンを強調表示したいくつかの画像です。

Study Management Functions that Relate to JMPClinicalStudyMangerAPIStudy Management Functions that Relate to JMPClinicalStudyMangerAPIStudy Management Functions that Relate to JMPClinicalStudyMangerAPIStudy Management Functions that Relate to JMPClinicalStudyMangerAPIJMPClinicalStudyMangerAPI に関連する試験管理機能

Review/Review Builder Functions that Related to JMPClinicalReviewAPIReview/Review Builder Functions that Related to JMPClinicalReviewAPIReview/Review Builder Functions that Related to JMPClinicalReviewAPIReview/Review Builder Functions that Related to JMPClinicalReviewAPIJMPClinicalReviewAPI に関連するレビュー/レビュービルダー関数

API は、新しいメタデータで研究を更新したり、レビューテンプレート内のレポートからコンテンツを追加/削除したりするなど、日常的なタスクを取得して自動化することを目的としています。ここに、 JMPClinicalStudyManagerAPI関数へのリンクと、参照用のJMPClinicalReviewAPI関数への別のリンクがあります。

では、この JMPClinicalStudyMangerAPI API では何ができるのでしょうか?これは、get 関数 (研究に関する情報を取得する関数) と操作関数 (研究を追加、削除、更新する関数) の 2 つの関数セットを提供します。以下は、その関数を呼び出すための基本的な構文で何ができるかを示した表です。コロン (:) は API 呼び出しと関数呼び出しを区切ります。一部の関数には入力や戻り値があります。入力および戻りとして期待される内容の詳細については、上記のリンクを参照してください。

学習管理API

情報取得機能

研究機能の操作

スタディ名のリストを取得します。

JMPClinicalStudyManagerAPI:getStudyList

研究を追加:

JMPClinicalStudyManagerAPI:addStudy

SDTM フォルダーのパスを取得します。

JMPClinicalStudyManagerAPI:getSDTMFolder

調査メタデータを更新します:

JMPClinicalStudyManagerAPI:refreshStudies

ADaM フォルダーのパスを取得します。

JMPClinicalStudyManagerAPI:getADaMFolder

研究を削除:

JMPClinicalStudyManagerAPI:deleteStudies

日付の取得研究が追加されました:

JMPClinicalStudyManagerAPI:getInitialDate

新しいスナップショットでスタディを更新します。

JMPClinicalStudyManagerAPI:updateSnapshot

研究の最終更新日を取得:

JMPClinicalStudyManagerAPI:getLastUpdatedDate

スタディデータフォルダーを変更します。

JMPClinicalStudyManagerAPI:changeFolders

スナップショット有効ステータスの取得:

JMPClinicalStudyManagerAPI:getEnableSnapshot

患者プロファイルデータを事前計算します。

JMPClinicalStudyManagerAPI:precomputeProfileData

スナップショット番号の取得:

JMPClinicalStudyManagerAPI:getSnapshotNumber

認識されるドメインのリストを取得します。

JMPClinicalStudyManagerAPI:getDomainList

ディスク上のファイルサイズを取得します。

JMPClinicalStudyManagerAPI:getSizeOnDisk

スタディを作成/追加した Windows OS ユーザー ID を取得します。

JMPClinicalStudyManagerAPI:getCreatedBy

最後に調査を更新した Windows OS ユーザー ID を取得します:

JMPClinicalStudyManagerAPI:getLastUpdatedBy

次に、2 番目のカテゴリであるレビュー機能を見てみましょう。これには、レビューとレポートを除く一連の取得関数と操作関数もあります。

APIのレビュー

情報取得機能

レポート/レビュー機能の操作

レビュービルダーへの参照を取得します。

JMPClinicalReviewAPI:getReviewBuilder

レビュービルダーを閉じる:

JMPClinicalReviewAPI:closeReviewBuilder

レビュー閲覧者/ビルダーの ID とタイトルを取得します。

JMPClinicalReviewAPI:getReviewViewerIDsAndTitles

レビューテンプレートを開く:

JMPClinicalReviewAPI:openReviewTemplate

レビュービューアーへの参照を取得します。

JMPClinicalReviewAPI:getReviewViewer

レビュービルダーにレポートを追加します。

JMPClinicalReviewAPI:addReport

レビュービューア/ビルダーの目次を取得します。

JMPClinicalReviewAPI:getReviewTableOfContents

タイトルごとにレビュービルダーからレポートを削除します。

JMPClinicalReviewAPI:RemoveReportByReportTitle

レポート ID のリストを取得します。

JMPClinicalReviewAPI:getReportIDList

タイトルごとにレビュービルダーでレポートを実行します。

JMPClinicalReviewAPI:runReportByReportTitle

レポートタイトルのリストを取得します。

JMPClinicalReviewAPI:getReportTitleList

Review Builder ですべてのレポートを実行します。

JMPClinicalReviewAPI:manAllReports

ID によってレポートへの参照を取得します。

JMPClinicalReviewAPI:getReportByID

レビュービルダーのコンテンツをレビューとして保存します。

JMPClinicalReviewAPI:saveReview

タイトルごとにレポートへの参照を取得します。

JMPClinicalReviewAPI:getReportByTitle

レビュービューアーでレビューを開きます。

JMPClinicalReviewAPI:openReview

タイトルごとにレポートの詳細を取得します。

JMPClinicalReviewAPI:getReportDetailsByTitle

セクションをレポートに挿入します。

JMPClinicalReviewAPI:タイトルとセクション名でレポートにセクションを挿入

レポート結果への参照を取得します。

JMPClinicalReviewAPI:getReportResultsByTitle

レポートからセクションを削除します。

JMPClinicalReviewAPI:RemoveSectionFromReportByTitleAndSectionName

レポートセクションへの参照を取得します。

JMPClinicalReviewAPI:getReportSectionByTitleAndSectionName

レポートセクションの最後に追加:

JMPClinicalReviewAPI:appendDisplayObjectToReportSectionByTitleAndSectionName

レポートで使用されるデータテーブルのリストを取得します。

JMPClinicalReviewAPI:getDataTablesForSectionByTitleAndSectionName

レポートセクションの先頭に追加:

JMPClinicalReviewAPI:prependDisplayObjectToReportSectionByTitleAndSectionName

これで、さまざまな機能とその機能がリスト化されました。ここで、それらの使用法の基本的な構文を示します。基本的な形式は次のとおりです。

JMPClinical<CATEGORY>API:<FUNCTION> ({引数}、{名前空間}、completeListenerFunction());</FUNCTION></CATEGORY>

JMPClinicalStudyManagerAPI を参照したときに、上記で Study Management 関連の API 関数への基本的な呼び出しをすでに紹介しました。したがって、登録された研究のメタデータを更新したい場合は、次のようになります。

JMPClinicalStudyManager:refreshStudies ({studyList},{},{});

これについてさらに詳しく説明し、次の一連の投稿で一般的な使用方法について説明します。現時点では、利用可能なものと、それを JSL スクリプト内で一般に呼び出す方法を紹介したいと思いました。次の投稿では、Study Management API の例について説明し、API 呼び出しの名前空間と completeListener 部分について詳しく説明し、JSL でのラップとその中での JSL の使用を開始します。