成绩单
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| 大家好，我叫 Anderson Mayfield，是迈阿密大学海洋与大气研究合作研究所的助理科学家。 |
| 实际上，我在迈阿密大学海洋实验室 NOAA 的大西洋海洋学和气象实验室对面工作，这是他们珊瑚计划的一部分。 |
| 今天我要和你们谈谈我在整个职业生涯中一直在做的一些研究，它一直在努力开发预测珊瑚礁命运的工具。 |
| 所以这实际上是我去年讨论的发现峰会演讲的更新或延续，但我知道你们中的很多人可能没有听说过，或者即使你听到了 |
| 你可能不记得一切，这完全没关系我会给你我要为我正在做的研究做好准备。 |
| 谈到珊瑚礁面临的一些问题，让我们回顾一下我去年的情况。 |
| 真的很令人兴奋，可能在去年的发现峰会演讲后不到两个月，我在珊瑚预测建模方面取得了重大突破 |
| 进步，这在很大程度上归功于一些新功能和 JMP Pro，所以我今天将分享这些热门的新闻数据。 |
| 这就是我们可以预测单个珊瑚群落的命运的想法吗？ |
| 所以预测珊瑚礁的命运，所以整个珊瑚群，这实际上更容易，因为珊瑚礁在全球范围内基本上都处于不良状态 |
| 由于海水温度上升。 所以珊瑚的细胞内有甲藻，它们像植物一样进行光合作用，然后转移 |
| 它们向珊瑚宿主产生的能量。 问题是当水变得太热时，这会影响它们正常进行光合作用的能力。 |
| 珊瑚要么消化它们，要么把它们踢出去，最终的结果是同样的珊瑚实际上会饿死。 |
| 这是一个全球性的问题，所以预测珊瑚礁的命运，我们几乎已经知道这些是正在衰退的生态系统。 |
| 但在个人层面上，你确实看到了异质性，有些珊瑚物种比其他物种表现更好，物种中的基因型比其他物种表现更好——当其他物种易白化时，它们具有抗白化能力。 |
| 所以我在整个职业生涯中一直感兴趣的是是什么推动了这种弹性，它是我们实际上可以预测的吗？ |
| 所以我把这比作珊瑚精算师。 你能不能把你最喜欢的珊瑚的活检发给我，我可以做一些分析，然后说嘿， |
| 你知道这个珊瑚有六个月的寿命，这个珊瑚可以活几十年，这就是我一直在尝试做的事情。 |
| 因为我们目前评估珊瑚健康的方式是追溯性的。 我们去那里进行调查，我们基本上量化了死珊瑚的数量。 |
| 所以这些是需要收集的重要数据，但你并没有通过这种方法真正帮助这些珊瑚。 这将是类似的 |
| 医生告诉他刚刚心脏病发作的病人，嘿，你真的有高血压，你知道那个病人会很想知道 |
| 几周，几个月前，所以他们可以做一些积极的事情 - 药物，生活方式的改变，你知道更好的饮食和锻炼。 所以 |
| 你知道我认为以这种追溯方式评估人类的健康是不可接受的，那么为什么我们不能对珊瑚也采取这种更积极主动的方法呢？ |
| 所以有一些预测工具，其中一些实际上是由 NOAA 开发的，实际上大部分是由我的雇主 NOAA 开发的 |
| 关于珊瑚健康的预测或预测。 |
| 他们专门使用温度，因为在高温和珊瑚白化之间存在着众所周知的、经过深入研究的联系，因此将温度作为预测指标是有意义的。 |
| 所以这是在看，实际上是联合国今年发布的一份报告，但很多作者都在 NOAA 工作。 这是在看 |
| 他们称之为年度严重白化的那一年。 所以今年，每年夏天都会开始出现白化现象。 所以 |
| 珊瑚可以从白化中恢复，它们可以获得新的共生体，它们可以吃东西， |
| 他们可以在一定程度上经受住风暴，但是当每年都开始发生白化时，他们就失去了能力 |
| 恢复，所以这就是为什么一年一度的严重白化年是我在不归路的时候呼吁的原因。 所以这很严峻，因为你可以看到 |
| 其中一些是红色的，2015 年、2020 年，显然已经过去了，这是在看南佛罗里达州的地图，所以这就是我们的现场站点所在的地方。 |
| 但我们知道这实际上并不是 100% 正确的。 是的，这些像素中的珊瑚礁每年都在褪色，但还有很多其他的没有。 |
| 所以我的目标之一是提高这些以温度为中心的模型的空间和时间分辨率，因为这些以温度为中心的模型 |
| 不考虑那里有什么，他们甚至根本不考虑那里是否有珊瑚。 它只是在查看温度模式。 |
| 所以他们没有考虑那里是否有弹性物种，是否有弹性基因型，但我们需要走出去，坦率地说，它们根本没有基于事实。 |
| 我们需要去那里进行生态调查，我们正在研究珊瑚的丰度， |
| 生物量，生物多样性，那里有什么样的珊瑚敌人，某些类型的大型藻类和珊瑚虫，但即使这样我觉得还不够，因为你可以拥有一个 |
| 绝对像这样的珊瑚铺满了地毯，你在这张图片中看到了。 |
| 生态学家甚至可能会说，嘿，这看起来真的很健康，它有大量的珊瑚，水看起来很清澈，没有很多藻类，即使是受过训练的眼睛，你也知道，你可能 |
| 猜测这是一个健康的珊瑚礁，但如果我个人作为珊瑚生理学家知道这是一个低复原力的珊瑚礁，因为这些物种很杂草，它们是那些不能保持大量能量的物种 |
| 当海水上升时，在水箱中，所以这是珊瑚丰富与健康之间固有的脱节。 |
| 但如果你仔细想想，这并不奇怪。 我们不是这样管理人类健康的。 我不会在我居住的迈阿密市中心四处走走，然后说嘿，这个社区有一百万人， |
| 它比这里有 50 万人口的社区健康两倍，我的意思是对经济学家来说可能更健康。 |
| 但如果你真的看居民的健康状况，可能没有相关性。 你可能会说，嘿，这个大城市有 |
| 你知道比小镇更好的医疗保健。 所以在某些情况下，人口密度之间可能存在某种联系 |
| 和人类健康，但你可以找到同样多的地方，但事实并非如此，你知道的。 |
| 例如，人口密度较高的地区往往有更多的犯罪，所以这让我大吃一惊，这仍然是我们管理的方式 |
| 或者试图对海洋生物的健康做出推测，只是简单地计算那里有什么。 我认为 |
| 你知道你不会对人这样做，我认为我们可以做得更好。 |
| 所以我真正想做的不仅仅是看温度。 温度对于理解寻求帮助至关重要，但不是孤立的。 |
| 同样，生态因素、生物丰度、生物多样性也将成为关键评估。 它不会告诉你持久性和寿命本身。 |
| 我想做的是，我想将这些因素考虑在内，但也要考虑这些生态系统中生物的生理和实际健康状况，所以 |
| 这是一个非常复杂、令人费解的模型，我实际上还没有弄清楚它会如何呈现，或者它是如何工作的 |
| 就目前而言，但我有一些想法。 今天，我真正想关注的是我在这里圈出的内容，因此只是尝试使用生理数据来制作一个能够预测珊瑚是否会抵抗漂白或易受感染的预测模型。 |
| 对于这些预测分析，我倾向于分子生物学，因为你应该看到亚细胞行为的变化 |
| 在您注意到肉眼出现问题之前，它们反映了某种异常的生理学。 所以回到心脏病发作 |
| 类比，您将在几周、几个月甚至几年内记录高胆固醇水平或高血压 |
| 心脏骤停，这就是为什么当你去看医生时，他们会抽血。 我们有这些成熟的生物标志物，比如血糖和胆固醇 |
| 用于猜测您未来的健康状况。 他们无法告诉你，你知道你要踢水桶的那一天，但这些是 |
| 生物标志物和分析物，对您未来的健康计划具有很高的预测能力。 所以 |
| 胆固醇不是珊瑚的特别好的生物标志物，但其他东西可能是，所以在 NOAA，我们采用这种多 |
| 我们称之为多组学方法，在这种方法中，我们查看由我们感兴趣的生物（在我的例子中是珊瑚）合成的所有不同分子，看看我们是否能找出哪些分子可能 |
| 反映压力状态或复原力状态。 我实际上是从基因表达世界开始的，所以是信使 RNA。 |
| 但最近我有点转向蛋白质组学研究，只是因为蛋白质实际上在细胞中进行工作。 所以 |
| 很多时候，你看不到 mRNA 表达和蛋白质水平之间存在很强的相关性。 |
| mRNAs 仍然可能是非常好的健康诊断生物标志物，但它们不会对机制太有用。 作为一名生理学家，我想拥有 |
| 我的蛋糕也吃，所以我想知道我的珊瑚细胞中发生了什么，珊瑚细胞对高温有何反应，哪些蛋白质参与了热适应。 |
| 这些问题可以通过我们所谓的蛋白质组学来解决，蛋白质组学是样品中所有蛋白质的组合。 |
| 所以你得到了机械数据，但你也可以让这些蛋白质作为健康信息生物标志物，所以这是我的幻灯片，我试图将 20 年的研究浓缩成一张幻灯片，只是为了让每个人都加快速度。 |
| 确定最佳分析物套件。 所以我只谈了蛋白质。 我是否认为蛋白质就是一切，它们永远不会成为在珊瑚中测量的更好的东西？ |
| 这就是我把支票放在这里的原因——绝对不是。 你会在后面的演讲中看到，它们实际上是使用蛋白质做出健康推断的问题。 那里可能有更好的东西，所以这仍在进行中。 |
| 不幸的是，珊瑚是非模式生物，所以对于所有这些事情，我想衡量我必须花费数年时间自己开发这种方法。 尤其是分子基准。 |
| 您想使用任何类型的分析物，无论是基因、蛋白质、脂质，作为生物标志物，您都需要适应自然的变异来源。 |
| 这些就是光循环之类的东西。 所以因为珊瑚的细胞内有光合作用的甲藻 |
| 它们在明暗周期、潮汐周期、季节中表现出巨大的生理波动，这些是一种不性感，但却是一种必要的邪恶 |
| 您需要做的项目才能最终实现对珊瑚健康的建模。 一旦你掌握了珊瑚的日常生活方式，那么你就知道了 |
| 这些环境挑战研究，您将珊瑚暴露在压力源中 |
| 或在实验室中，或者您正在研究该领域中跨环境梯度的压力源机制。 |
| 这实际上是整个珊瑚领域做得最好的，那里有数千篇关于珊瑚环境生理学的论文，我将在后面的演讲中讨论一个这样的例子。 |
| 但是我们陷入困境并且你现在看不到任何工作的地方是我一直在使用珊瑚健康数据来实际生成珊瑚压力敏感性预测模型的想法，所以这就是我试图取得的进展在。 |
| 我认为这是因为大多数生理学家和分子生物学家更熟悉事物的描述性方面，即有机体在死亡时会发生什么。 |
| 这并不是要贬低这种研究，这几乎是我迄今为止的职业生涯的原因。 |
| 发表这类论文更容易。 把珊瑚礁缸水箱温度调高看看蛋白质水平。 我已经发表了 10 篇关于这方面的论文，你确实需要做这类工作才能获得 |
| 这种预测方法。 所以但我确实这样做了，话虽如此，我确实想为我个人做出这种转变，而不是这样 |
| 有效地撰写珊瑚讣告的殡仪员，本质上是这些论文，他们正在生成有用的数据，但他们对珊瑚没有任何好处。 |
| 我们从那些固有的描述性项目中获取数据，并以预测能力使用它们，试图弄清楚 |
| 哪些珊瑚将成为气候变化的赢家，哪些将成为输家。 所以从做殡仪员到现在，你知道我之前提到的兽医或精算师。 |
| 而且我不想给你们这样的印象，我是你们知道这很棒 |
| 建模师。这是我一直在自学并在飞行中学习的东西，但我将很多成功归功于这方面，并从做更多描述性的事情到预测性的事情进行了这种无缝过渡 |
| 这是由 JMP 推动的，因为例如我对 Fit Model 平台的熟悉确实让我更容易 |
| 将这种描述描述为预测转换，例如，直到大约一两年前，我在整个职业生涯中所做的就是左边的例子。 |
| 你看，这些珊瑚蛋白在 y 框中。 这些是深奥的登录号，您无需注意它们的含义，它们只知道它们是蛋白质。 |
| 构建模型效果，显示我对温度感兴趣的东西，珊瑚的基因型，采样时间，那种性质的东西，你可以发表一篇不错的论文 |
| 查看这些类型的数据集。 现在我正在做的是我基本上把它颠倒过来我把所有这些蛋白质都转移到构建模型中 |
| 框，旁边是实验和/或环境数据，但 y 中的内容 |
| 将是我在这里所说的珊瑚白化敏感性。 我稍后给它起了另一个名字，但想法是一样的。 这是珊瑚要漂白的可能性。 |
| 所以我认为 JMP 在帮助我完成从纯粹描述性的东西到让我的脚湿透和预测生物学的转变方面真的很有帮助。 |
| 所以我确实想回顾一些描述性的东西，并在 JMP Pro 中介绍一些我的一些工具 |
| 特别是我非常喜欢的包。 因此，我将使用我们从这里的珊瑚中获得的一个小数据集 - orbicella faveolata - 它是其中一个 |
| 佛罗里达礁岛群中更具弹性的珊瑚之一，因此气候变化的影响是如此糟糕，以至于您知道我们没有必要与所有珊瑚一起工作，因此您基本上必须与那些本来就有点的珊瑚一起工作强一点。 |
| 因此，我们从不同的珊瑚礁中取出珊瑚，将它们暴露在不同的温度、不同的时间并观察它们的蛋白质浓度，因为我们需要对可能是什么生物标志物有所了解，我们可能对模型构建有用。 |
| 温度如何影响这种珊瑚的蛋白质组，你可能会想到的各种描述性事物 |
| 想要解决，所以这与我之前展示的非常相似。 这是我的模型盒，我做了很多单变量的东西，我试图让你知道哪些蛋白质是 |
| 受温度、珊瑚礁地点、那种性质的东西影响最大。 我做了很多多变量工作——主成分分析、多维缩放。 |
| 寻找样本之间的关系，查看多变量处理效果，我们稍后将在这里查看其中的一些内容。 所以去年，我展示的东西，从那以后我发表了这篇论文，嗯，这是一个多维缩放图 |
| 在 JMP Pro 16 多变量平台中 - 实际上这将是 15，但我想在这里向您展示的所有内容都不会过于拘泥于细节。 如果你是色盲，我很抱歉。 |
| 但是绿色，右边底部的三个样本，这些是控制珊瑚，所以它们处于控制温度。 上面的三个是 |
| 32 度，这对大多数珊瑚来说几乎是死刑。 你可以看到在暴露几周后，它们的蛋白质组，因此它们的蛋白质谱，开始变得更加稳定，这很重要。 |
| 在进行任何类型的预测模型之前，您需要知道温度对蛋白质组的影响。 |
| 这些数据正在查看存在缺席数据。 因此，无论是否存在一种蛋白质，它大约有 7 或 800 种蛋白质。 |
| 从那以后，方法论得到了改进，所以这对分子生物学来说是一件好事，方法总是越来越好。 |
| 所以我做了同样的样本，但我没有测量 7 或 800 个蛋白质作为存在缺失，而是取了 86 个子集。 |
| 但现在数据是完全定量的。 所以我让你知道几乎十倍 |
| 更少的蛋白质，但在浓度方面有更高的分辨率，所以我现在要使用的数据集只有 86 种蛋白质。 所以 |
| 这是这些蛋白质的典型分布，它们看起来从来都不是正态分布的，它们总是偏斜的，所以这限制了我使用专门的参数方法，但这不是问题 |
| 与 JMP。 |
| 因此，让我们看一下 JMP 表。 |
| 所以这是第一个，我想给你看。 你基本上已经掌握了我真正希望你关注的这张桌子的两个特点是 |
| 其广泛的性质。 所以蛋白质组学很昂贵。 一个样品 200 美元，我的预算有限，在这个特殊的实验中，我只有 20 个样品。 |
| 但我有 86 种蛋白质。 这意味着不能做典型的多元方差分析来寻找治疗效果，但这并不意味着 |
| 我无法进行任何有用的多变量分析。 作为 JMP 开发人员的建议，我得到的一种聪明方法是进行传统的多维缩放。 所以这是我的 86 种蛋白质，然后记录到转化后，我会把它们放在这里。 |
| 而且我知道之前做过这四个维度会给我一个很好的解决方案。 |
| 所以这是多维比例图，这些是我的样本的各种命运，所以健康控制，积极漂白，我们稍后会深入了解。 |
| 但我想在这里做的是低头看压力，我知道它变得有点高，通常喜欢低于第一点。 |
| 我可以通过增加维度的数量来降低压力，但是我认为四个维度就可以了，所以我要做什么 |
| 是我真的要保存这些坐标。 我也可以保存相似度矩阵，因为我对这些样本之间的相似度更感兴趣，所以我将采用这些 |
| 他们现在将成为我的（？？？），所以现在，我的 y 比样本少，所以我可以做一个传统的多元方差分析。 |
| 还有我的模型效果，我想做这个。 冠心病实验室，这是什么意思？ 那是珊瑚健康的名称，所以这就是珊瑚是否具有弹性或压力。 |
| 所以哎呀。 |
| 所以这就是 BLR，意思是抗漂白，我会在整个演讲中使用这个词。 BLS，易漂白，这是查看这两组样本的这四个维度的图，因此我将运行多元方差分析。 |
| 我看到健康状态的边际效应，这又是你想知道的。 |
| 如果这些漂白弹性珊瑚的蛋白质组与漂白敏感珊瑚明显不同。 所以它在边界上并不是很重要，但是 |
| 有了这样的环境数据集，我很乐意在出版物中报告这一点。 您可以做的另一件事可能是更好的方法是采用相同的四个坐标 |
| MANOVA 对于小数据集会变得棘手，像这样的小范围数据集，你有一堆不同的环境参数，所以我实际上将使用偏最小二乘平台，我是的大粉丝。 |
| 我要拿我的实验数据，比如珊瑚来自哪里，它暴露的温度，基因型，我要做一个响应面。 |
| 然后是什么在运行。 |
| 实际上，我打算将 KFold 降低到四个，因为数据集太小了。 |
| 这不是我想要的输出，我想我一定包含了一些不同的东西，但没关系，所以我保存了真正想要展示给你的脚本。 |
| 在这里，我真的不太关心因素的数量。 |
| 你可以看到这里，我选择了三个。 |
| 真的，我只想向您展示这个，它看起来非常混乱和凌乱，但这被称为相关加载图，我认为这确实是整个 JMP Pro 包中未被充分利用的无名工具。 |
| 仅仅因为你可以从这个数字中获得多少收益，所以这显示了我的样本相对于彼此脱落的位置，然后我可以对我的环境因素、基因型、现场温度时间进行分层。 |
| 在这种情况下，我使用坐标，因此 y 将更难以解释，但我也可以使用原始数据来完成，然后你就可以真正开始看看如何 |
| 你的分析物，你的环境变量和你的样品都是网格，我认为这是一个非常强大的探索性工具，你们中的一些人可能不太熟悉。 |
| 这是我最喜欢的多变量描述工具之一，我喜欢在 JMP Pro 包中使用。 所以虽然，这都是实验数据，所以当我们进行这些实验时 |
| 这些珊瑚他们是我的病人。 他们是固执的。 我确切地知道在哪里可以找到他们去那里的礁石。 |
| 我可以在不同的季节对它们进行采样。 我正在进行微小的活检，因此不会在很大程度上影响他们的健康。 |
| 所以我通过空间和时间拥有这些珊瑚样本 我知道它们什么时候会褪色， |
| 他们在哪里漂白，哪些漂白了，哪些没有漂白。 所以现在，我可以通过档案和后播回顾珊瑚的时光倒流 |
| 还没有漂白，并试图看看我是否可以预测哪些做了，哪些没有。 |
| 所以只是为了给你更多关于他们在佛罗里达群岛上游的地点的信息，我们有两个近海地点，岩石和奇卡岩，两个近海地点小海螺和克罗克礁。 |
| 重要的是要知道近岸珊瑚礁往往更加健壮，您仍然可以看到健康的大珊瑚不是到处都是，而是在某些地方。 |
| 离岸你正在处理这些小新闻，所以我们在原地有很好的弹性梯度。 |
| 这对于模型构建很重要，您不想只使用强珊瑚或只使用弱珊瑚来构建或测试模型，您将希望将两者混合使用。 |
| 这只是我放在一起的一个快速的 Graph Builder 绘图，这是查看颜色分数，所以你想成为一个 5。 五基本上意味着你完全健康。 |
| 零表示你脸色苍白，快要死了。 实际上，三到四变得非常紧张。 所以你可以在八月看到这里 |
| 这是在漂白事件的中间，我们在这四个地点有一些漂亮的市场漂白，即使是更具弹性的近海地点也在某种程度上发生了漂白。 |
| 但是，到了 10 月，他们已经康复，然后在 12 月，他们已经康复，但是你看到这种异常行为，我认为这是由疾病驱动的。 |
| 所以这又回到了我之前提到的我的行话珊瑚健康名称，所以。 |
| 这基本上是，你知道我希望最终或最终成为一个连续变量，可能是从 1 到 10。 |
| 但现在我们正试图预测基本上三个类别之一。 你要么是漂白弹性的，要么是抗漂白的，你是易漂白的，或者你是中等的。 所以抗漂白性将是顶部的这条绿线，你的颜色分数并没有真正改变 |
| 在漂白事件的过程中。 这是另一个 Graph Builder 绘图，所以这是查看下半部分的温度。 |
| 所以中间的珊瑚会漂白你知道一点，但随后它会恢复。 |
| 易漂白的人要么会显着漂白并恢复，要么在某些情况下，可能不会全部恢复。 因此，这三个本质上将成为 y 和我的模型的表型。 |
| 这是设计复杂的不用担心，这基本上是展示不同的方式，你最终可以完成模型构建过程。 所以在左边 |
| 您将看到要使用哪些数据来训练和验证模型。 |
| 模型本身，你将使用什么来测试模型，然后你最终试图预测什么。 所以如果你只是使用实验室珊瑚数据 |
| 制作一个预测模型，您可以在其中使用更多实验室世界数据对其进行测试， |
| 这将使您能够在实验室中预测珊瑚的健康状况，但这并不是我们真正想要的。 我的意思是这对于出版来说是可以的，但我们想知道，我们希望能够预测该领域正在发生的事情。 |
| 但后来你遇到了这个问题，我对使用实验室数据制作预测模型有何感受 |
| 试图预测现场发生的事情，你知道使用这些实验室数据来预测这总是一个不稳定的问题 |
| 涉及的受限领域。 但无论如何我们都会尝试一下。 因此，再次使用这个菌落健康名称作为 y。 |
| 正如我之前提到的，预测变量最终将不仅仅包括蛋白质，但为了简单起见，我们今天将使用蛋白质。 这是 |
| 使用 JMP Pro 16.1，我拥有我非常喜欢并且非常推荐的 XG boost 插件。 这对我自己来说更像是一个笔记，但我确实想提一件重要的事情，它可以 |
| 蛋白质组学的一大缺点，它本质上是随机的。 所以请记住，我对实验室样本中的 86 种蛋白质进行了测序，所以这些是我想使用的，也是我的预测模型。 |
| 当我去那里测量蛋白质组和我的现场样品时，我没有得到那 86 种蛋白质，我得到了一组完全不同的蛋白质。 |
| 所以，然后，我不得不去尝试找出实际上基本上发现了哪些蛋白质以及我所有的样本，所以这大大减少了。 |
| 我可以使用的蛋白质数量，实际上从 86 到 31 一直下降到 5 种蛋白质，这让我很担心，因为我真的不确定 5 种蛋白质是否足以给我任何类型的预测能力，但让我们看。 |
| 所以数据集就在这里 |
| 基本上我从所有野外样本中发现的 31 种蛋白质中提取了一个子集，但我今天想做的是，我真的只想专注于我在 7 月采样的珊瑚中的那些蛋白质 |
| 2019. 我只想知道这些珊瑚样本，因为这是在漂白事件之前。 我想知道在这些珊瑚漂白之前我能检测到什么东西吗 |
| 所以，然后，我的 31 下降到 5，所以我将尝试用这五种蛋白质建立一个预测模型。 我将使用我最喜欢的 JMP Pro 新功能，即模型筛选，因为这将允许我进行测试 |
| 多个不同的模型并行。 所以我要把我的实验室珊瑚健康指定放在这里。 我要把我的五种蛋白质放在这里。 |
| 我会给所有这些不同的选项一个机会，你知道我实际上没有在这台计算机上安装 XG 增强，但没关系，我想我们可以， |
| 仍然可以找到一个像样的模型。 我将使用五的 Kfold 交叉验证。 我确实想要这里的一些选项。 |
| 让我们看看我们得到了什么。 |
| 这将需要一些时间来运行，因为它将使用所有这些不同的阶乘组合并行检查 20 个不同的模型，并且我们这里有一些诊断数据，但我想直接进入验证集。 |
| 所以他们基本上在这里排名，所以我们有一个似乎表现良好的神经增强模型。 因为我关心准确性，所以我倾向于倾向于错误分类率。 |
| 我们有一个广义回归模型，让我们检查一下，然后我会选择它。 它看起来很不错。 |
| 我会运行它。 |
| 你在这里看到所有的诊断，我确实想花一点时间 |
| 查看 Profiler |
| 因为这会告诉我 |
| 哪些蛋白质贡献最大。 |
| 所以我之前说过的话，我很抱歉，我现在需要重置它。 |
| 我通常希望将我的一种治疗方法最大化，无论是漂白敏感还是漂白弹性。 然后我能做的是，我可以说，嘿，让我看看如何才能成为具有漂白弹性的珊瑚，所以我实际上要尽量减少对漂白的敏感度 |
| 和 |
| 好吧，它只显示给我一个选项。 我想，你知道吗，它已经被设置好了，所以没关系 |
| 所以 |
| 在这种情况下它向我展示 |
| 当我改变这些蛋白质的水平时，样品的比例如何与漂白敏感性有关，这可能对事情有用 |
| 就像基因工程，如果你想尝试找到将要成为的蛋白质 |
| 大部分与珊瑚的复原力有关。 你会想玩一下 Profiler，但我今天更感兴趣的是预测本身，所以我要做的是在这里发布预测公式。 |
| 你会注意到 |
| 其中一种蛋白质脱落了，因此其中一种被认为在实际模型构建中没有用。 |
| 这是我最近两三天才做过的事情，信不信由你。 所以我在这个数据表中有我的七月珊瑚，我想比较一下。 |
| 我想看看它从那个数据表中做出的预测，所以让我们回顾一下它根据那个广义回归模型猜到了什么。 我只是快速跑过这里告诉你，因为它只有 12 个样本，不管猜测是对还是错，所以这是 |
| 正确的。抱歉，r 在这台电脑上不起作用，信不信由你，这是正确的。 |
| 正确的。 |
| 正确的。 |
| 是的，肯定有更简单的方法可以做到这一点，但因为这是错误的。 |
| 对，所以现在它又可以正常工作了。 |
| 正确的。 |
| 对对对。 |
| 因此，在这 12 个样本的子集中，使用这个作为蛋白质广义回归模型。 |
| 它在 12 个样本中的 11 个样本中得到了正确的漂白可能性，这实际上非常酷，我的意思是我一遍又一遍地以各种方式运行模拟，这实际上是 |
| 比我通常打的更好，所以那是 92 93%，所以这真的很令人兴奋，特别是因为那只适用于蛋白质。 所以 |
| 让我们，已经谈过了，所以是的，所以我进行这种模拟的平均准确率约为 80% 到 90%。 |
| 这对我来说非常令人兴奋。 对于一个实际上会很糟糕的医生。 如果你是对的 |
| 你知道，就心脏骤停事件的前景和 80% 的患者而言，这将是一个巨大的失败，但我认为 |
| 鉴于这对珊瑚来说是一种新事物，我很好，准确率在 80% 到 90% 之间。 这就是我没有提到的 |
| 那五种蛋白质的子集，然后被削减到四种，只观察宿主珊瑚。 我已经删除了共生蛋白，因为我确实在几周前刚刚获得了这些数据。 |
| 当我添加那些共生蛋白时，我认为准确度只会上升并且记住这一点。 |
| 我使用实验室数据来预测野外珊瑚的行为。 所以你不会期望它是 100% 准确的。 我应该做什么以及我将要做什么，可能在结束这个演讲的几个小时内， |
| 我有所有的现场数据。 我有所有的实验室数据。 我可以继续在训练和验证中使用这两个数据集。 |
| 制作一个模型来预测野外珊瑚的行为。 我相信这种方法的准确性只会上升。 你可以争论， |
| 当你拥有这个现场数据集时，你为什么还要使用实验室珊瑚数据？ 你知道，我认为这可能是一个非常有效的观点。 |
| 从生物学的角度来看，你知道这些蛋白质的实际性质对我来说非常有趣，我昨晚才发现它们是什么。 |
| 时间不多了，所以我不打算深入研究它们，但我只想说这将非常有趣，而且我们能够挖掘出来。 其中之一是进化和捕获猎物，我认为这对于 |
| 试图开发一种机制。 |
| 也就是说，这些都是非常小的数据集，有几十个样本。 那么我认为我做了世界上最好的珊瑚压力测试吗？ |
| 不，这是，这是一项正在进行中的工作，还有其他方法问题需要解决，但我最终想要做的是发展这种压力 |
| 测试，这样我们就可以去那里做我所说的珊瑚礁分类。 我可以拿我的小样本 |
| 进行蛋白质组学或其他分子分析，将数据输入 JMP， |
| 吐出这些恢复力的猜测，我告诉经理，嘿，这里的珊瑚礁看起来状态很好，现在就让它保持吧，你知道的，密切关注它。 |
| 我的模型认为这里所有的珊瑚都容易漂白。 如果你能做些什么来减轻或给这些珊瑚一个机会——清理水质，遏制 |
| 过度捕捞——我认为你应该在这些方面对你的努力进行分类。 所以这就是我希望能够用这些类型的数据集做的事情。 因此，数据集当然需要增长。 |
| 我确实想将它们与现有的基于温度的模型进行比较，尽管规模本质上是不同的。 |
| 我真的只是希望能够拥有这种视觉效果或只是一张地图，我只是说你知道这里是坏点，这里是好点。 |
| 我会做所有的脏活，我希望能够把它提炼成经理或外行人可以轻松消化的东西，我认为一旦解决了问题，一旦我们有了一点点，你就会知道更大数据集， |
| 合并更多的珊瑚物种，扩大地理范围，我们真的可以开始使用这种珊瑚健康预测建模方法 |
| 你知道，作为一种决策工具。 因此，不仅仅是为了监测，而是为了寻找可能对珊瑚养殖恢复有用的弹性基因型。 |
| 您也可以使用这种方法来跟踪缓解项目的成功和类似性质的事情，所以我认为这种类型的潜力很大 |
| 珊瑚健康预测建模方法，用于这种更主动的海洋管理，我希望 |
| 这是我们可以在未来几年在迈阿密大学 NOAA 继续发展的东西，特别是随着这些生态系统变得越来越危险。 |
| 因此，我很乐意回答任何问题。 我再次想提一下，我不是受过培训的建模师，所以我绝对欢迎 |
| 有什么建议么。 不要把这些当作教条，你知道如果对数据有严重的误解或类似的东西，你不会伤害我的感情，我绝对会感激任何问题或反馈。 |
| 因此，我将结束我的演讲，并很高兴收到您的来信。 谢谢。 |
