成绩单
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| 大家好，我叫安德森·梅菲尔德，是迈阿密大学海洋与大气研究合作研究所的助理科学家。 |
| 我实际上在迈阿密大学海洋实验室 NOAA 的大西洋海洋和气象实验室对面工作，作为他们珊瑚计划的一部分。 |
| 今天我要和你们谈谈我在我整个职业生涯中一直在进行的一些研究，这些研究一直在努力开发预测珊瑚礁命运的工具。 |
| 所以这实际上是我去年讨论的内容的更新或延续，我的探索峰会演讲，但我知道你们中的很多人可能没有听说过，或者即使你听说过 |
| 你可能不记得所有的事情，这完全没问题 我要给你 我要为我正在做的研究奠定基础。 |
| 谈到珊瑚礁面临的一些问题，请简要回顾一下我去年的情况。 |
| 真的很令人兴奋，大概在去年的探索峰会演讲两个月后，我在我的珊瑚预测模型方面取得了重大突破 |
| 取得进展，这在很大程度上要归功于一些新功能和 JMP Pro，所以我今天将分享这些热门新闻数据。 |
| 这就是我们可以预测单个珊瑚群落命运的想法吗？ |
| 所以预测珊瑚礁的命运， 整个珊瑚组合， 这实际上更容易 因为全球的珊瑚礁基本上都处于不良状态 |
| 由于海水温度升高。 所以珊瑚的细胞内有甲藻，它们像植物一样进行光合作用 |
| 它们为珊瑚宿主产生的能量。 问题是当水变得太热时，这会影响它们正确进行光合作用的能力。 |
| 珊瑚要么消化它们，要么把它们踢出去，最终的结果是同样的珊瑚实际上饿死了。 |
| 这是一个遍布全球的问题，因此预测珊瑚礁的命运，我们几乎已经知道这些生态系统正在衰退。 |
| 但在个体层面上，你确实看到了异质性，有些珊瑚物种比其他物种表现得更好，物种内的基因型比其他物种表现得更好——当其他物种容易漂白时，它们具有漂白弹性。 |
| 所以我在我的整个职业生涯中一直感兴趣的是推动这种弹性的东西，它是我们可以实际预测的东西吗？ |
| 所以我把这比作珊瑚精算师。 你能不能把你最喜欢的珊瑚的活检寄给我，我可以做一些分析，然后说，嘿， |
| 你知道这个珊瑚还有六个月的寿命，这个珊瑚可以活几十年，这就是我一直在努力做的事情。 |
| 因为我们目前评估珊瑚健康的方式是追溯性的。 我们去那里进行调查，我们基本上量化了死珊瑚的数量。 |
| 所以这些是需要收集的重要数据，但你并没有真正通过这种方法对这些珊瑚有任何帮助。 这将是类似的 |
| 一位医生告诉他刚刚心脏病发作的病人，嘿，你的血压真的很高，你知道那个病人会很想知道的 |
| 数周、数月之前，他们可以采取一些积极的措施——药物、生活方式的改变，你知道更好的饮食和锻炼。 所以 |
| 你知道我认为以这种追溯方式评估人类的健康是不可接受的，那么为什么我们不能对珊瑚采取这种更积极的方法呢？ |
| 所以有一些预测工具，其中一些实际上是由 NOAA 开发的，实际上大多数是由我的雇主 NOAA 开发的，它们正试图使 |
| 关于珊瑚健康的预测或预测。 |
| 他们专门使用温度，因为在高温和珊瑚白化之间存在着众所周知的经过充分研究的联系，因此将温度作为预测指标进行磨练是有意义的。 |
| 所以这是在看，实际上是联合国今年发布的一份报告，但很多作者都在 NOAA 工作。 这是在看 |
| 他们所谓的年度严重白化的开始年份。 所以今年是每个夏天都会开始发生白化的一年。 所以 |
| 珊瑚可以从白化中恢复，它们可以获得新的共生体，它们可以进食， |
| 他们在一定程度上可以度过难关，但是当白化每年都开始发生时，他们就失去了能力 |
| 恢复，所以这就是为什么一年一度的严重白化年是我在不归路的时候所呼吁的。 所以这很严峻，因为你可以看到 |
| 其中一些年份是红色的，2015 年、2020 年，显然已经过去了，这是在查看南佛罗里达州的地图，所以这就是我们的野外站点所在的位置。 |
| 但我们知道这实际上并非 100% 正确。 是的，这些像素中的珊瑚礁每年都在白化，但还有很多其他的没有。 |
| 所以我的目标之一是提高这些以温度为中心的模型的空间和时间分辨率，因为这些以温度为中心的模型 |
| 不要考虑那里有什么，他们甚至根本不考虑那里是否有珊瑚。 它只是在看温度模式。 |
| 所以他们不考虑那里是否有弹性物种，是否有弹性基因型，但我们需要出去，坦率地说，他们根本没有根据事实。 |
| 我们需要去那里进行生态调查，我们正在研究珊瑚的丰度， |
| 生物量，生物多样性，那里有什么样的珊瑚敌人，某些类型的大型藻类和珊瑚虫，但即使这样我觉得还不够，因为你可以拥有一个珊瑚礁 |
| 像这样的珊瑚绝对铺满了地毯，你在这张图片中看到了。 |
| 生态学家甚至可能会说，嘿，这看起来真的很健康，珊瑚丰富，水看起来很清澈，没有很多藻类，即使是训练有素的眼睛，你也可能知道 |
| 猜测这是一个健康的珊瑚礁，但如果我个人作为珊瑚生理学家知道这是一个低弹性的珊瑚礁，因为这些物种杂草丛生，它们不会保持很多能量 |
| 在海水上升时的水箱中，因此这与丰富的珊瑚和健康之间存在内在的脱节。 |
| 但仔细想想，这并不奇怪。 我们不会以这种方式管理人类健康。 我不会在我住的迈阿密市中心走来走去，说嘿，这个街区有一百万人， |
| 它比这里有 50 万人口的社区健康两倍，我的意思是对经济学家来说可能更健康。 |
| 但如果你真的看看居民的健康状况，可能没有相关性。 你可能会说，嘿，这个更大的城市有 |
| 你知道比小镇更好的医疗保健。 所以在某些情况下，人口密度之间可能存在某种联系 |
| 和人类健康，但你可以找到同样多的地方，但事实并非如此，你知道。 |
| 例如，人口密度较高的地区往往有更多的犯罪，所以这仍然是我们管理的方式让我感到震惊 |
| 或者试图通过简单地数一下那里的东西来推测海洋生物的健康状况。 我认为 |
| 你知道你不会对人这样做，我认为我们可以做得更好。 |
| 所以我真正想做的不仅仅是看温度。 温度对于理解帮助至关重要，但不是孤立的。 |
| 同样，生态因素、生物丰度、生物多样性也将成为关键评估。 它不会告诉你关于持久性和长寿本身。 |
| 我想做的是，我想将这些因素考虑在内，但也要考虑这些生态系统中生物的生理和实际健康状况，因此 |
| 这是一个非常复杂、令人费解的模型，我实际上还没有弄清楚它将如何呈现，或者它将如何工作 |
| 此刻，但我有一些想法。 今天我真正想关注的是我在这里圈出的东西，所以我只是尝试使用生理数据来制作一个预测模型，该模型具有预测珊瑚是否会抵抗漂白或易受感染的能力。 |
| 对于这些类型的预测分析，我倾向于分子生物学，因为你应该看到亚细胞行为的变化 |
| 在你注意到肉眼有问题之前，它们反映了某种异常的生理机能。 所以回到那次心脏病发作 |
| 打个比方，你要在几周、几个月甚至几年内记录高胆固醇水平或高血压 |
| 心脏骤停，这就是为什么当你去看医生时，他们会抽血。 我们有这些完善的生物标志物，如血糖和胆固醇 |
| 推测您未来的健康状况。 他们不会告诉你，你知道你会踢桶的那一天，但这些是 |
| 生物标志物和分析物对您未来的健康说明书具有很高的预测能力。 所以 |
| 胆固醇不是珊瑚的特别好的生物标志物，但其他东西可能是，所以在 NOAA，我们采用这种多 |
| 我们称之为多组学方法，我们观察我们感兴趣的生物体合成的所有不同分子，在我的例子中是珊瑚，看看我们是否能找出哪些可能 |
| 反映压力状态或弹性状态。 我实际上是从基因表达领域开始的，所以是信使 RNA。 |
| 但最近我有点转向蛋白质组学研究，因为蛋白质实际上在细胞中进行工作。 所以 |
| 很多时候你看不到 mRNA 表达和蛋白质水平之间的强相关性。 |
| mRNA 仍然可能是非常好的健康诊断生物标志物，但它们对于机制来说不会太有用。 作为一名生理学家，我想拥有 |
| 我的蛋糕也吃掉了，所以我想知道我的珊瑚细胞中发生了什么，珊瑚细胞如何对高温做出反应，哪些蛋白质参与了热适应。 |
| 这些问题可以通过我们所说的蛋白质组学来解决，蛋白质组学是样本中所有蛋白质的组合。 |
| 所以你得到了机械数据，但你也可以让这些蛋白质作为健康信息的生物标志物，所以这是我的幻灯片，我试图将 20 年的研究浓缩成一张幻灯片，只是为了让每个人都跟上进度。 |
| 确定最佳分析物套件。 所以我只谈了蛋白质。 我是否认为蛋白质是万能的，它们永远不会成为在珊瑚中测量的更好的东西？ |
| 这就是为什么我把支票放在这里 - 绝对不是。 你会在后面的演讲中看到，他们实际上在使用蛋白质进行健康推断方面存在问题。 那里可能有更好的东西，所以这仍在进行中。 |
| 不幸的是，珊瑚是非模式生物，因此对于所有这些事情，我想衡量一下我必须花费数年时间自己开发该方法。 特别是分子工作台。 |
| 您想使用任何类型的分析物，无论是基因、蛋白质还是脂质，作为生物标志物，您都需要适应自然变异来源。 |
| 这些就是光循环之类的东西。 所以因为珊瑚在它们的细胞内有光合作用的鞭毛藻 |
| 它们在明暗周期、潮汐周期、四季中表现出生理学的巨大波动，这些是非性感但必要的邪恶 |
| 您需要做的项目才能最终实现对珊瑚健康的建模。 一旦你掌握了珊瑚的日常生活，你就会知道 |
| 这些环境挑战研究，您将珊瑚暴露于压力源 |
| 或者在实验室中，或者您正在现场查看跨环境梯度的压力源机制。 |
| 这实际上是整个珊瑚领域做得最好的，有成千上万篇关于珊瑚环境生理学的论文，我将在后面的演讲中讨论一个这样的例子。 |
| 但是我们卡住了，你现在看不到任何工作是我一直在使用珊瑚健康数据来实际生成珊瑚压力敏感性预测模型的这个想法，这就是我试图取得的进展在。 |
| 我认为这是因为大多数生理学家和分子生物学家更熟悉事物的描述性方面，即生物体在死亡时会发生什么。 |
| 这并不是要贬低这种研究，这几乎是我迄今为止职业生涯的原因。 |
| 发表这类论文更容易。 坚持珊瑚礁坦克坦克温度上升看蛋白质水平。 我已经发表了 10 篇关于这个的论文，你确实需要做这种类型的工作才能获得 |
| 这种预测方法。 所以，但我确实，话虽如此，我确实想为我个人做出这种转变，而不是这种 |
| 有效地撰写珊瑚讣告的承办人，本质上这些论文是什么，他们正在生成有用的数据，但他们对珊瑚没有任何好处。 |
| 我们从那些固有的描述性项目中获取数据，并以预测能力使用它们，试图找出 |
| 哪些珊瑚将成为气候变化的赢家，哪些将成为输家。 所以从承办人到这个，你知道我之前提到的兽医或精算师。 |
| 我不想给你们这种印象，我是你们知道这太棒了 |
| 建模师。这是我一直在自学并在飞行中学到的东西，但我认为这方面的很多成功以及使这种从描述性内容到预测性内容的无缝过渡 |
| 这是由 JMP 推动的，因为例如我对 Fit Model 平台的熟悉确实让我更容易 |
| 将这种描述描述为预测转换，例如，直到大约一两年前，我在整个职业生涯中都会做的事情就是左边的例子。 |
| 你看，y 框中的这些珊瑚蛋白。 这些是深奥的登录号，您无需注意它们的含义，它们只是知道它们是蛋白质。 |
| 构建模型效果，显示我会感兴趣的温度、珊瑚基因型、采样时间、这种性质的事物，你可以发表一篇不错的论文 |
| 查看这些类型的数据集。 现在我正在做的是我基本上把它颠倒过来 我把所有这些蛋白质都移到构建模型中 |
| 框，旁边是实验和/或环境数据，但是y中会发生什么 |
| 将是我在这里所说的珊瑚白化敏感性。 我稍后给它另一个名字，但想法是一样的。 这是珊瑚会漂白的可能性。 |
| 所以我认为 JMP 在帮助我完成从纯粹描述性的东西到让我的脚湿和预测生物学的转变方面真的很有帮助。 |
| 所以我想回顾一些描述性的东西，并在 JMP Pro 中展示我的一些工具 |
| 特别是我非常喜欢的包。 所以我将使用我们从这里的珊瑚中获得的一些数据集 - orbicella faveolata - 它是其中之一 |
| 佛罗里达群岛最具弹性的珊瑚之一，所以气候变化的影响非常糟糕，你知道我们没有必要与所有珊瑚一起工作，所以你基本上必须与那些本来就已经有点关系的珊瑚一起工作强一点。 |
| 所以我们从不同的珊瑚礁中取出珊瑚，将它们暴露在不同的温度、不同的时间，并观察它们的蛋白质浓度，因为我们需要对生物标志物可能是什么有所了解，我们可能对模型构建有用。 |
| 温度如何影响这种珊瑚的蛋白质组？ |
| 想要解决，所以这与我之前展示的非常相似。 这是我的模型盒，我做了很多单变量的东西，我试图找到你知道哪些蛋白质是 |
| 受温度影响最大，受珊瑚礁地点，那种性质的东西。 我做了很多多元工作 - 主成分分析，多维缩放。 |
| 寻找样本之间的关系，查看多变量处理效果，我们稍后将在这里查看其中的一些内容。 所以去年，我展示的，然后我发表了这篇论文，嗯，这是一个多维缩放图 |
| 在 JMP Pro 16 多变量平台中 - 实际上这将是 15 但我想在这里向您展示的所有内容不要太拘泥于细节。 如果您是色盲，我深表歉意。 |
| 但是绿色，即右侧底部的三个样本，它们是控制珊瑚，因此它们处于控制温度。 上面三个是 |
| 32 度，这对大多数珊瑚来说几乎是死刑。 你可以看到在暴露几周后，他们的蛋白质组，所以他们的蛋白质谱，开始变得更加稳定，这很重要。 |
| 在进行任何类型的预测模型之前，您需要知道温度对蛋白质组有影响。 |
| 这些数据正在查看缺席数据。 因此，无论是否存在蛋白质，大约有 7 或 800 种蛋白质。 |
| 从那时起，方法学有所改进，所以这是在分子生物学中工作的一件好事，方法总是在变得更好。 |
| 所以我所做的我取了相同的样本，但我没有测量 7 或 800 个蛋白质作为存在缺失，而是取了 86 个的子集。 |
| 但现在数据是完全定量的。 所以我让你知道几乎十倍 |
| 更少的蛋白质，但在浓度方面有更高的分辨率，所以我现在要处理的数据集只有 86 种蛋白质。 所以 |
| 这是这些蛋白质的典型分布 他们从来没有正态分布 他们总是偏斜 所以这限制了我在使用完全参数化方法方面，但这不是问题 |
| 与 JMP。 |
| 那么让我们来看看 JMP 表。 |
| 所以这是第一个，我想给你看。 您基本上已经掌握了这张表的两个功能，我真正希望您关注的是 |
| 其广泛的性质。 所以蛋白质组学是昂贵的。 一个样品 200 美元，我的预算有限，在这个特定的实验中我只有 20 个样品。 |
| 但我有 86 种蛋白质。 这意味着不能做典型的多元方差分析来寻找治疗效果，但这并不意味着 |
| 我不能做任何有用的多变量分析。 我从 JMP 开发人员那里得到的一个建议是采用传统的多维缩放方法。 所以这是我的 86 种蛋白质，然后记录到转化我会把它们放在这里。 |
| 我之前做过这件事，我知道四个维度会给我一个很好的解决方案。 |
| 所以这是多维比例图，这些是我的样本的各种命运，所以健康对照，积极漂白，我们稍后会详细介绍。 |
| 但我想在这里做的是低头看压力，我认为没关系它变得有点高，通常喜欢低于第一点。 |
| 我可以通过增加维数来降低压力，但我认为四个维就可以了，所以我要做什么 |
| 我真的要保存这些坐标吗？ 我也可以保存相似性矩阵，因为我对这些样本之间的相似性更感兴趣，所以我将采用这些 |
| 他们现在将成为我的 (???)，所以现在，我遇到的情况是 y 比样本少，所以我可以做一个传统的多元方差分析。 |
| 和我的模型效果，我想完成这个。 CHD实验室，这是什么意思？ 那是珊瑚健康标志，因此珊瑚是否具有弹性或压力。 |
| 哎呀。 |
| 所以这些是 BLR，这意味着抗漂白，我将在整个演讲中使用这个术语。 BLS，漂白易感，这是查看这两组样本的这四个维度的图，因此我将运行多变量方差分析。 |
| 我看到了健康状态的边际效应，这也是您想知道的。 |
| 如果这些白化弹性珊瑚与白化敏感珊瑚具有显着不同的蛋白质组。 所以它在边界上不是很重要，但是 |
| 有了这样的环境数据集，我很乐意在出版物中报告这一点。 您可以做的另一件事可能是更好的方法是采用相同的四个坐标 |
| 对于小数据集，MANOVA 会变得棘手，像这样的小宽数据集，你有一堆不同的环境参数，所以我实际上将使用偏最小二乘平台，我是的忠实粉丝。 |
| 我将使用我的实验数据，这些数据包括珊瑚的来源、暴露的温度、基因型，我将做一个响应面。 |
| 然后是什么正在运行。 |
| 我实际上只是因为数据集太小而将 KFold 降低到 4。 |
| 这不完全是我想要的输出，我想我一定包含了一些不同的东西，但没关系，所以我保存了实际想要向您展示的脚本。 |
| 在这里，我真的不太关心因素的数量。 |
| 你可以在这里看到，我选择了三个。 |
| 真的，我想向你展示的就是这个，它看起来非常混乱和凌乱，但这被称为相关加载图，我认为这在整个 JMP Pro 包中确实是一个未被提及的未充分利用的工具。 |
| 仅仅因为你可以从这个数字中获得多少，所以这显示了我的样本相对于另一个的位置，然后我可以对我的环境因素、基因型、现场温度时间进行分层。 |
| 在这种情况下，我使用坐标，因此 y 将更难以解释，但我也可以使用原始数据完成此操作，然后您就可以真正开始研究如何 |
| 你的分析物、你的环境变量和你的样品都是一种网格，我认为这是一个非常强大的探索工具，你们中的一些人可能不太熟悉。 |
| 所以这是我最喜欢的多元描述工具之一，我喜欢在 JMP Pro 包中使用。 所以虽然，那是所有的实验数据，所以当我们进行这些实验时 |
| 这些珊瑚是我的病人。 他们固执。 我确切地知道在哪里可以找到它们去珊瑚礁那里。 |
| 我可以在不同的季节对它们进行采样。 我正在进行微小的活组织检查，因此不会在很大程度上影响他们的健康。 |
| 所以我有这些穿越时空的珊瑚样本，我知道它们什么时候会变白， |
| 他们漂白的地方，哪些漂白了，哪些没有。 所以现在，我可以通过档案和后报回顾过去，看看珊瑚 |
| 还没有漂白，我想看看我是否可以预测哪些会，哪些不会。 |
| 所以只是为了给你更多关于他们在佛罗里达群岛上部的站点的信息，我们有两个近海站点，岩石和 Cheeca Rocks，两个离岸站点小海螺和克罗克礁。 |
| 重要的是要知道近海珊瑚礁往往更加健壮，您仍然可以在某些地方看到健康的大珊瑚。 |
| 离岸你正在处理这些小压力，所以我们有一个很好的原位弹性梯度。 |
| 这对于模型构建很重要，您不想仅使用强珊瑚或仅使用弱珊瑚来构建或测试模型，您将希望将两者混合使用。 |
| 这只是我放在一起的一个快速图形生成器图，这是查看颜色分数，所以你想成为一个 5。 五基本上意味着你完全健康。 |
| 零意味着你是白人，你快要死了。 实际上，三到四人的压力越来越大。 所以你可以在八月看到这里 |
| 这是在白化事件的中间，我们在这四个站点有一些相当不错的市场白化，即使是更具弹性的近海站点也在一定程度上白化。 |
| 但是，到 10 月他们已经康复，然后在 12 月他们已经康复，但是你看到这种异常行为，我认为这是由疾病驱动的。 |
| 所以这又回到了我之前提到的我的术语珊瑚健康名称，所以。 |
| 这基本上是，你知道我希望最终或最终可能是一个连续变量，可能是 1 到 10。 |
| 但现在我们正试图预测三个基本类别中的一个。 你要么漂白有弹性，要么抗性，要么漂白易感，要么中间。 所以抗漂白性将是顶部的这条绿线，你的颜色分数并没有真正改变 |
| 在漂白事件的过程中。 这是另一个 Graph Builder 图，所以这是查看下半部分的温度。 |
| 所以中间珊瑚会漂白，你知道一点，但它会恢复。 |
| 易漂白的人要么会明显漂白并恢复，要么在某些情况下可能无法完全恢复。 所以这三个本质上是 y 和我的模型的表型。 |
| 这是复杂的设计别担心，这基本上是展示不同的方式，你最终可以完成模型构建过程。 所以在左边 |
| 您将看到将使用哪些数据来训练和验证模型。 |
| 模型本身，你将使用什么来测试模型，然后你最终试图预测什么。 所以如果你只是使用实验室珊瑚数据 |
| 制作一个预测模型，在其中使用更多实验室世界数据对其进行测试， |
| 这将使您有能力在实验室中预测珊瑚的健康状况，但这并不是我们真正想要的。 我的意思是这可以发表，但我们想知道，我们希望能够预测该领域正在发生的事情。 |
| 但是后来你遇到了这个问题，我如何看待使用实验室数据来制作预测模型 |
| 试图预测现场正在发生的事情，你知道使用这个实验室数据来预测这个问题总是一个不稳定的问题 |
| 涉及的受限领域。 但无论如何我们都会尝试一下。 再次，这是使用此菌落健康名称作为 y。 |
| 正如我之前提到的，预测因子最终将不仅仅包括蛋白质，但为了简单起见，我们今天将使用蛋白质。 这是 |
| 使用 JMP Pro 16.1 我有我非常喜欢并且非常推荐的 XG boost 插件。 这更像是给我自己的笔记，但我确实想提一件重要的事情，它可以 |
| 蛋白质组学的一大缺点是它的性质是随机的。 所以请记住，我对实验室样本中的 86 种蛋白质进行了测序 所以这些是我想使用的和我的预测模型。 |
| 当我去那里测量蛋白质组和我的野外样本时，我没有得到那 86 种蛋白质，我得到了一组完全不同的蛋白质。 |
| 所以，然后，我不得不去尝试弄清楚实际上基本上发现了哪些蛋白质以及我的所有样本，所以这大大减少了。 |
| 我可以使用的蛋白质数量，实际上从 86 到 31 一直下降到五种蛋白质，这让我很担心，因为我真的不确定五种蛋白质是否足以给我任何预测能力，但让我们看。 |
| 所以数据集就在这里 |
| 基本上我选取了在我所有野外样本中发现的 31 种蛋白质的子集，但我今天想做的是，我真的只想专注于我在 7 月份采样的珊瑚中的那些蛋白质 |
| 2019. 我只想知道这些珊瑚样本，因为这是在白化事件之前。 我想知道在这些珊瑚漂白之前我能检测到什么吗 |
| 那么，这将我的 31 降到了 5，所以我将尝试用这五种蛋白质制作一个预测模型。 我将使用我最喜欢的 JMP Pro 新功能，即模型筛选，因为这将允许我进行测试 |
| 多个不同的模型并行。 所以我要把我对实验室的珊瑚健康指定放在这里。 我要把我的五种蛋白质放在这里。 |
| 我将给所有这些不同的选项一个机会，你知道我实际上没有在这台计算机上安装 XG boost 但没关系，我想我们可以， |
| 仍然可以找到一个像样的模型。 我将使用五的 Kfold 交叉验证。 我确实想要这里的一些选项。 |
| 让我们看看我们得到了什么。 |
| 这将需要一些时间来运行，因为它将并行检查 20 个不同的模型，使用所有这些不同的因子组合，我们在这里有一些诊断数据，但我想直接进入验证集。 |
| 所以他们基本上排在这里，所以我们有一个似乎表现良好的神经增强模型。 因为我关心准确性，所以我倾向于倾向于错误分类率。 |
| 我们有一个广义回归模型，让我们检查一下，以便我选择它。 它看起来很不错。 |
| 我会运行它。 |
| 你在这里看到所有的诊断，我想花一点时间 |
| 查看 Profiler |
| 因为这会告诉我 |
| 哪些蛋白质贡献最大。 |
| 所以我之前说过的话，我很抱歉，我现在需要重新设置。 |
| 我通常希望我的一种治疗方法最大化，无论是漂白易感还是漂白弹性。 然后我能做的是，我可以说嘿，让我看看成为具有漂白弹性的珊瑚需要什么，所以我实际上要尽量减少漂白敏感性 |
| 和 |
| 好吧，它只向我展示了一种选择。 我想，你知道吗，它已经被设置成那样了，所以没关系 |
| 所以 |
| 在这种情况下它向我展示了 |
| 当我改变这些蛋白质的水平时，样本的比例如何与漂白敏感性有关，这可能对某些事情有用 |
| 就像基因工程，如果你想尝试找到将要成为的蛋白质 |
| 大多数参与珊瑚的恢复能力。 你会想要玩弄 Profiler，但我今天更感兴趣的是预测本身，所以我要做的是在这里发布预测公式。 |
| 你会注意到 |
| 其中一种蛋白质脱落，因此其中一种被认为在实际模型构建中没有用。 |
| 这是我最近两三天才做过的事情，信不信由你。 所以我在这个数据表中有我的七月珊瑚，我想比较一下。 |
| 我想看看它从那个数据表中做出的预测，所以让我们回顾一下，看看它根据那个广义回归模型猜测了什么。 我只是要快速浏览这里并告诉你，因为它只有 12 个样本，无论猜测对还是错，所以这是 |
| 对。对不起，r 在这台电脑上不起作用，不管你信不信，这是对的。 |
| 对。 |
| 对。 |
| 是的，肯定有一种更简单的方法可以做到这一点，但因为这是错误的。 |
| 是的，所以现在它又可以正常工作了。 |
| 对。 |
| 对对对。 |
| 因此，在这 12 个样本的子集中，将其用于蛋白质广义回归模型。 |
| 它在 12 个样本中的 11 个中获得了正确的漂白可能性，这实际上非常酷，我的意思是我已经以各种方式一遍又一遍地运行模拟，实际上 |
| 比我通常打的更好，所以那是 92 93%，所以这真的很令人兴奋，特别是因为这仅适用于蛋白质。 所以 |
| 让我们，已经讨论过了，所以是的，所以我进行这种模拟的平均准确率约为 80% 到 90%。 |
| 这对我来说是非常令人兴奋的。 对于医生来说，这实际上很糟糕。 如果你是对的 |
| 你知道，就心脏骤停事件和 80% 的患者而言，这将是一个巨大的失败，但我认为 |
| 鉴于这对珊瑚来说有点新，我很好，准确率为 80% 到 90%。 这是我没有提到的 |
| 五个蛋白质的子集，然后减少到四个，只关注宿主珊瑚。 我已经去除了共生蛋白，因为几周前 II 刚刚获得了这些数据。 |
| 当我加入那些共生蛋白时，我认为准确度只会上升，并且记住这一点。 |
| 我正在使用实验室数据来预测野外珊瑚行为。 所以你不会期望它是 100% 准确的。 我应该做的和我将要做的，可能在演讲结束后的几个小时内， |
| 我有所有的现场数据。 我有所有的实验室数据。 我可以继续在训练和验证中使用这两个数据集。 |
| 制作一个模型，我可以在其中预测野外珊瑚行为。 我相信这种方法的准确性只会提高。 你可以争论， |
| 当你有了这个现场数据集时，你为什么还要使用实验室珊瑚数据呢？ 你知道，我认为这可能是一个非常有效的观点。 |
| 从生物学的角度来看，你知道这些蛋白质的实际性质对我来说非常有趣，我昨晚才发现它们是什么。 |
| 时间不多了，所以我不打算深入研究它们，但可以说这也将非常有趣，我们能够挖掘出来。 其中之一是进化和猎物捕获，我认为这对于 |
| 试图建立一个机制。 |
| 也就是说，这些是非常小的数据集，有几十个样本。 所以我认为我做了世界上最好的珊瑚压力测试吗？ |
| 不，这是，这是一项正在进行的工作，还有其他方法论问题需要解决，但实际上我最终想要做的是发展这种压力 |
| 测试，这样我们就可以出去做我所说的珊瑚礁分类。 我可以拿我的小样品 |
| 进行蛋白质组学或其他分子分析，将数据输入 JMP， |
| 吐出这些复原力的猜测，我告诉经理，嘿，这里的珊瑚礁看起来状况非常好，暂时就这样吧，你知道的，密切关注它。 |
| 我的模型认为这里的所有珊瑚都容易漂白。 如果你能做些什么来减轻或给那些珊瑚一个机会——清理水质，遏制 |
| 过度捕捞 - 我认为您应该对这些进行分类。 所以这就是我想要能够用这些类型的数据集做的事情。 所以当然数据集需要增长。 |
| 我确实想将它们与现有的基于温度的模型进行比较，尽管规模本质上是不同的。 |
| 我真的只是希望能够拥有这种视觉效果或只是一张地图，我只是说你知道这里是坏点这里是好点。 |
| 我将做所有肮脏的工作，我希望能够将其提炼成经理或外行人可以轻松消化的东西，我认为一旦解决了问题，一旦我们有了一点点，你就会知道更大数据集， |
| 纳入更多的珊瑚物种，扩大地理范围，我们真的可以开始使用这种珊瑚健康预测建模方法 |
| 你知道，作为一种决策工具。 因此，不仅用于监测，而且用于寻找可能对珊瑚养殖恢复有用的弹性基因型。 |
| 您也可以使用这种方法来跟踪缓解项目的成功和类似性质的事情，所以我认为这种方法有很大的潜力 |
| 珊瑚健康预测建模方法，用于这种更积极主动的海洋管理，我希望 |
| 这是我们可以在未来几年在迈阿密大学 NOAA 继续发展的东西，特别是随着这些生态系统变得越来越危险。 |
| 因此，我很乐意回答任何问题。 我再次想提一下我不是受过训练的建模师，所以我绝对欢迎 |
| 有什么建议。 不要把这些当成教条，你知道如果有对数据的严重误解或类似的东西，你不会伤害我的感情，我肯定会感谢任何问题或反馈。 |
| 因此，我将结束我的谈话，很高兴收到你的来信。 谢谢。 |
