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GraphBuilder 및/또는 Analyze(스크립트 포함)를 사용하여 비선형 회귀 플로팅

이 게시물은 이것과 비슷한 , 거기에 댓글을 달았지만 게시물이 2년이 되었기 때문에 보이지 않을 수 있으며 솔루션을 내 방정식에 적용하는 데 문제가 있습니다.

 

아래 스크립트를 사용하여 비선형 회귀를 수행하여 데이터를 준비한 다음 Normalized Fluorescence를 Y 값으로, Model(공식) 열을 X 값(축 반전)으로 분석 옵션을 사용하고 Well Position을 사용하여 그러나 이것은 한 번에 하나만 수행합니다. GraphBuilder를 사용하면 Smoother에서 수식을 사용할 수 없습니다. 하나의 그래프 또는 절대적으로 이상적인 유니콘 세계에서 모든 플롯을 한 번에 그래프 3개 위치(예: B2-B4)에 표시하고 싶지만 비현실적으로 보입니다.

 

Data Table( "Melt Curve Raw Data" ) << New Column( "Normalized Fluorescence",
formula(
(:Fluorescence - Col Min( :Fluorescence, :Well Position )) / (
Col Max( :Fluorescence, :Well Position )
-Col Min( :Fluorescence, :Well Position ))
)
);

Data Table( "Melt Curve Raw Data" ) << New Column( "Model", Numeric, 
"Continuous", Format( "Best", 12 ), 
Formula(Parameter({m1 = -60, m2 = 0.2, m3 = -50, m4 = -0.3, m5 = 100000, m6 = 320}, 
((m1 + m2 * (:Temperature + 273)) + (m3 + m4 * (:Temperature + 273)) * Exp((-m5 / (1.987 * 
(:Temperature + 273))) * (1 - (:Temperature + 273) / m6))) / 
(1 + Exp((-m5 / (1.987 * (:Temperature + 273))) * (1 - (:Temperature + 273) / m6))))));

고급 통계 모델링Re: GraphBuilder 및/또는 Analyze(스크립트 사용)를 사용하여 비선형 회귀 플로팅

당신은 오해하지 않았습니다. 그 결과 복잡성은 아마도 수렴을 방해하는 실질적인 한계를 만들 것입니다.

Re: GraphBuilder 및/또는 Analyze(스크립트 사용)를 사용하여 비선형 회귀 플로팅

지침을 명확히 해주셔서 감사합니다.귀하의 예에서 가능한 모든 연령을 입력해야 했던 것 같습니다. 맞습니까?저는 96-웰 플레이트를 사용하고 있으므로 일반적으로 ~45개의 웰 위치가 있지만 최대 96개까지 있을 수 있습니다. 그러면 모든 6개 변수(m1-m6)에 대해 45개의 매개변수를 수행해야 합니까? 내가 뭔가를 심각하게 오해하고 있는 것 같은데...

 

당신은 당신의 다른 의견에서 내가 이것으로 무엇을 할 것인지 물었고, 그것은 주로 서로 다른 처리 후 두 단백질에 대한 엔탈피(m5)와 녹는 온도(m6)의 변화를 비교하는 것과 관련이 있습니다.

Re: GraphBuilder 및/또는 Analyze(스크립트 사용)를 사용하여 비선형 회귀 플로팅

FDE가 어떻게 작동하고 여러분을 위해 무엇을 할 수 있는지 보여드리겠습니다. 피팅된 곡선으로 궁극적으로 수행하려는 작업을 아직 명시하지 않았습니다. 예를 들어 각 우물의 조건은 어떻게 결정됩니까? 각 유정의 상태에 따라 곡선을 비교하시겠습니까?

 

데이터 테이블을 열고 Analyze > Specialized Modeling > Functional Data Explorer를 선택했습니다. 다음 역할에서 데이터 열을 캐스팅합니다.

 

 

초기 플랫폼은 데이터를 오버레이 및 개별 기능(곡선)으로 표시합니다. 상단의 빨간색 삼각형을 클릭하고 Models > B Splines를 선택했습니다.

 

 

중요한 정보는 평균 함수, 표준 편차 함수 및 기능적 주성분입니다. 이러한 FPC는 평균 함수와 관련된 각 곡선의 고유성을 캡처합니다. 곡선과 그 차이에 대한 통찰력을 제공합니다. FPC의 수는 곡선의 수와 같지만 일반적으로 대부분을 무시할 수 있습니다. 처음 3개의 FPC는 모든 곡선에서 정보의 99.1%를 캡처합니다.

 

FPC를 곡선의 원형으로 생각할 수 있습니다. 즉, 곡선 중 하나를 생성하기 위해 결합될 수 있는 필수 기능입니다. FPC를 응답 또는 요인으로 사용할 수 있습니다. 다시 말해 우물 전체에서 변화하는 요인 수준이 어떻게 곡선의 모양을 결정하는지 질문할 수 있습니다. 또는 곡선의 모양이 다른 결과를 어떻게 예측합니까?

 

 

JMP는 초기에 기여도가 1% 이상인 모든 FPC를 임의로 표시하므로 이 경우에는 5개의 FPC가 있습니다. 숫자를 3으로 줄이고 '조건부' 응답에 대한 공식을 포함하는 기능 요약을 저장했습니다. 이제 FPC로 원하는 것은 무엇이든 할 수 있습니다. FPC는 단지 데이터일 뿐입니다. 그래프 빌더에서 플롯할 수 있습니다.

 

 

원본 데이터 테이블과 기능 요약이 있는 스크립트를 저장하고 아래에 새 데이터 테이블을 첨부했습니다.

Re: GraphBuilder 및/또는 Analyze(스크립트 사용)를 사용하여 비선형 회귀 플로팅

이 기능을 올바르게 사용하지 않았습니다. 도움말의 단락은 정확하지만 약간 모호할 수 있습니다. 단계별로 올바른 방법이 있습니다. Big Class를 사용하여 그룹화 변수(:weight = A*Exp( B*height ) )로 :age를 사용하여 :weight 대 :height에 대한 간단한 지수 모델을 맞춥니다.

 

모델에 대한 새 데이터 열을 추가합니다. 모델에 대한 수식을 데이터 열에 추가합니다. 매개변수를 정의합니다.

 

 

확인을 클릭하고 그룹화 변수를 선택합니다.

 

 

모든 곡선에 공통적이지 않은 다른 매개변수에 대해 이 단계를 반복합니다. 모델을 구축합니다. 필요에 따라 매개변수를 선택합니다. 다음은 그룹화된 지수 모델입니다.

 

 

수식을 저장하고 비선형을 시작합니다.

 

 

피팅을 시작하려면 확인을 클릭합니다.

 

 

하지만 모델의 매개변수화로 인해 추정치 사이에 높은 상관관계가 나타날까 두렵습니다. 이 상관관계는 특히 그룹 수를 고려할 때 그룹화 변수를 도입하면 악화됩니다. 따라서 대안은 원래 모델을 사용하고 By 역할에서 곡선 ID를 사용하는 것입니다. 이렇게 하면 각 곡선을 자체적으로 맞출 수 있습니다.

 

반면에 이 모델에 얽매이지 않는다면 FDE는 또 다른 방법입니다. 기본 기능의 확장을 사용하여 데이터를 모델링합니다. 이들은 일반 보간기입니다.

 

Re: GraphBuilder 및/또는 Analyze(스크립트 사용)를 사용하여 비선형 회귀 플로팅

안녕 마크!

 

응답해 주셔서 감사합니다.예, JMP Pro가 있지만 Functional Data Explorer는 사용해 보지 않았습니다. 나는 오늘 그것에 대해 읽으려고 노력할 것입니다. 제안해 주셔서 감사합니다.

 

"범주로 확장" 확인란 사용에 대해 링크한 단락을 보았습니다. 나는 이것을 7번째 매개변수로 추가했고 분석 페이지에서 모든 것을 하나의 플롯에 그래프로 표시했지만(훌륭합니다!) 한 줄에 대한 값만 제공했습니다. 범주로 확장 옵션을 잘못 사용했습니까? 원래 6개의 매개변수 중 하나에 추가해야 합니까?

 

 

Re: GraphBuilder 및/또는 Analyze(스크립트 사용)를 사용하여 비선형 회귀 플로팅

비선형 시작 대화 상자는 상황을 지나치게 단순화합니다. 그룹 변수가 매개변수에 미치는 영향을 표시하려면 사용자 정의 모델에 대해 더 많은 작업을 수행해야 합니다. 모델에는 공통 매개변수만 포함됩니다. 고유 매개변수는 그룹 변수의 수준에 따라 다릅니다.

 

참조하십시오 이 페이지 그리고 하단의 메모.

 

JMP Pro가 있습니까? Functional Data Explorer를 사용해 보셨습니까?

Re: GraphBuilder 및/또는 Analyze(스크립트 사용)를 사용하여 비선형 회귀 플로팅

와우 그것들은 모두 굉장합니다. 제가 원래 찾고 있던 것은 오른쪽 상단 모서리에 있는 다색 산점도였는데, 당신이 만든 그래프와 스크립트에 완전히 압도당했습니다.

 

분석 옵션을 사용할 때 필요한 값을 얻지만 각 그래프는 별개입니다. "go"를 클릭한 다음 "confidence limits"를 클릭한 후 결과와 함께 현재 사용 중인 설정의 스크린샷을 첨부했습니다.

 

Well Position에 "by" 대신 "group"을 사용하려고 할 때 나타나는 오류 메시지도 첨부했습니다.

 

 

 

Re: GraphBuilder 및/또는 Analyze(스크립트 사용)를 사용하여 비선형 회귀 플로팅

찾고 있는 것이 무엇인지 정확히 알 수 없습니다. 우연히 이 차트 중 하나가 원하는 것을 보여주나요? 아니면 한 번에 하나만 수행하는 차트의 스크린샷을 게시할 수 있습니까?Analyze를 사용한다고 하셨지만 해당 메뉴에서 어떤 옵션을 선택하셨는지 잘 모르겠습니다.

 

Graph Builder(
 Size( 671, 507 ),
 Show Control Panel( 0 ),
 Variables(
  X( :Model ),
  Y( :Normalized Fluorescence ),
  Overlay( :Well Position )
 ),
 Elements( Smoother( X, Y, Legend( 12 ) ), Points( X, Y, Legend( 13 ) ) ),
 Local Data Filter(
  Add Filter(
   columns( :Well Position ),
   Where( :Well Position == {"B2", "B3", "B4"} ),
   Display( :Well Position, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) )
  )
 )
);

Graph Builder(
 Size( 671, 543 ),
 Show Control Panel( 0 ),
 Variables( X( :Model ), Y( :Normalized Fluorescence ), Wrap( :Well Position ) ),
 Elements( Points( X, Y, Legend( 9 ) ), Smoother( X, Y, Legend( 11 ) ) ),
 Local Data Filter(
  Add Filter(
   columns( :Well Position ),
   Where( :Well Position == {"B2", "B3", "B4"} ),
   Display( :Well Position, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) )
  )
 )
);

Graph Builder(
 Size( 1308, 384 ),
 Show Control Panel( 0 ),
 Variables(
  X( :Model ),
  Y( :Normalized Fluorescence ),
  Group X( :Well Position )
 ),
 Elements( Smoother( X, Y, Legend( 12 ) ) ),
 Local Data Filter(
  Add Filter(
   columns( :Well Position ),
   Where( :Well Position == {"B2", "B3", "B4"} ),
   Display( :Well Position, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) )
  )
 )
);