GraphBuilder および/または Analyze (スクリプトを使用) を使用した非線形回帰のプロットこの投稿はこれに似たもの、そこにコメントを投稿しましたが、投稿は 2 年前のものであるため、表示されない可能性があり、解決策を方程式に適応させるのに苦労しています。
以下のスクリプトを使用して非線形回帰を実行してデータを準備し、Y 値として正規化蛍光、X 値としてモデル (式) 列 (軸を反転) を使用して分析オプションを使用し、ウェル位置によって、ただし、これは一度に 1 つしか実行されません。 GraphBuilder を使用する場合、Smoother で数式を使用することができません。 すべてのプロットを 1 つのグラフ上に表示するか、絶対に理想的なユニコーンの世界に、一度に 3 つのウェル位置 (例: B2-B4) をグラフで表示したいと考えていますが、それは非現実的です:p
Data Table( "Melt Curve Raw Data" ) << New Column( "Normalized Fluorescence",
formula(
(:Fluorescence - Col Min( :Fluorescence, :Well Position )) / (
Col Max( :Fluorescence, :Well Position )
-Col Min( :Fluorescence, :Well Position ))
)
);
Data Table( "Melt Curve Raw Data" ) << New Column( "Model", Numeric,
"Continuous", Format( "Best", 12 ),
Formula(Parameter({m1 = -60, m2 = 0.2, m3 = -50, m4 = -0.3, m5 = 100000, m6 = 320},
((m1 + m2 * (:Temperature + 273)) + (m3 + m4 * (:Temperature + 273)) * Exp((-m5 / (1.987 *
(:Temperature + 273))) * (1 - (:Temperature + 273) / m6))) /
(1 + Exp((-m5 / (1.987 * (:Temperature + 273))) * (1 - (:Temperature + 273) / m6))))));
高度な統計モデリングRe: GraphBuilder および/または Analyze (スクリプトを使用) を使用した非線形回帰のプロットあなたは誤解していませんでした。 結果として生じる複雑さにより、おそらく収束を妨げる実際的な制限が生じるでしょう。
Re: GraphBuilder および/または Analyze (スクリプトを使用) を使用した非線形回帰のプロット指示を明確にしていただきありがとうございます。あなたの例では、考えられるさまざまな年齢をすべて入力する必要があるように見えますが、正しいですか?私は 96 ウェル プレートを使用しているため、通常は最大 45 個のウェル位置を持ちますが、最大 96 個まで持つことができます。 この場合、6 つの変数 (m1 ～ m6) すべてに対して 45 個のパラメーターを実行しますか? 何か重大な誤解をしているような気がします...
他のコメントで、これで何をするのかという質問がありましたが、それは主に、異なる処理後の 2 つのタンパク質のエンタルピー (m5) と融解温度 (m6) の変化の比較に関係しています。
Re: GraphBuilder および/または Analyze (スクリプトを使用) を使用した非線形回帰のプロットFDE がどのように機能するのか、そして FDE によって何ができるのかを説明しましょう。 適合曲線で最終的に何をしたいのかまだ述べていません。 たとえば、各井戸の状態はどのように決まるのでしょうか? 各ウェルの状態に関して曲線を比較しますか。
データ テーブルを開き、[分析] > [特殊なモデリング] > [関数データ エクスプローラー] を選択しました。 データ列を次の役割にキャストします。
初期プラットフォームでは、データがオーバーレイと個々の関数 (曲線) で表示されます。 上部の赤い三角形をクリックし、[モデル] > [B スプライン] を選択します。
重要な情報は、平均関数、標準偏差関数、および関数主成分です。 これらの FPC は、平均関数に対する各曲線の一意性を捉えます。 これらは、曲線とその違いについての洞察を提供します。 FPC の数はカーブの数と同じですが、通常はほとんどを無視できます。 最初の 3 つの FPC は、すべての曲線の情報の 99.1% をキャプチャします。
FPC は曲線の原型と考えることができます。 つまり、これらは、曲線の 1 つを作成するために組み合わせることができる重要な機能です。 FPC を応答または要因として使用できます。 言い換えれば、ウェル全体で変化する因子レベルが曲線の形状をどのように決定するのかと疑問に思うかもしれません。 あるいは、曲線の形状から他の結果がどのように予測されるのでしょうか?
JMP は、最初に少なくとも 1% の寄与を持つすべての FPC を任意に表示するため、この場合は 5 つの FPC があります。 数値を 3 に減らし、「条件付き」応答の式を含む機能の概要を保存しました。 FPC は単なるデータであり、FPC を使って何でもできるようになりました。 グラフビルダーでプロットできます。
スクリプトを元のデータ テーブルと機能概要を含むデータ テーブルに保存し、以下に新しいデータ テーブルを添付しました。
Re: GraphBuilder および/または Analyze (スクリプトを使用) を使用した非線形回帰のプロットこの機能を正しく使用していません。 ヘルプの段落は正しいですが、おそらく少し曖昧です。 ここでは正しい方法を段階的に説明します。 Big Class を使用して、:age をグループ化変数 (:weight = A*Exp( B*height ) ) として、:weight 対 :height の単純な指数モデルを近似しています。
モデルに新しいデータ列を追加します。 モデルの式をデータ列に追加します。 パラメータを定義します。
「OK」をクリックし、グループ化変数を選択します。
すべてのカーブに共通ではない他のパラメータに対してこの手順を繰り返します。 モデルを構築します。 必要に応じてパラメータを選択します。 これがグループ化された指数モデルです。
数式を保存し、Nonlinear を起動します。
「OK」をクリックしてフィッティングを開始します。
ただし、モデル内のパラメーター化により、推定値間の相関が高くなるのではないかと心配しています。 この相関関係は、グループ化変数を導入すると、特にグループ数を考慮すると悪化します。 したがって、別の方法は、元のモデルを使用し、By ロールでカーブ ID を使用することです。 この方法により、各カーブを独自にフィットさせることができます。
一方、このモデルに縛られていない場合は、FDE が別の方法です。 基底関数の拡張を使用してデータをモデル化します。 これらは一般的な補間器です。
Re: GraphBuilder および/または Analyze (スクリプトを使用) を使用した非線形回帰のプロットハイマーク！
ご返信いただきまして誠にありがとうございます。はい、JMP Pro は持っていますが、Functional Data Explorer は試したことはありません。 今日はそれについて読んでみます。 ご提案ありがとうございます。
「カテゴリに展開」チェックボックスの使用に関するリンク先の段落を拝見しました。 これを 7 番目のパラメーターとして追加し、[分析] ページですべてを 1 つのプロットにグラフ化しました (素晴らしい!) が、1 行の値しか得られませんでした。 [カテゴリに展開] オプションを間違って使用したのでしょうか? 元の 6 つのパラメータの 1 つに追加する必要がありましたか?
Re: GraphBuilder および/または Analyze (スクリプトを使用) を使用した非線形回帰のプロットノンリニア起動ダイアログは状況を過度に単純化します。 グループ変数がパラメーターにどのような影響を与えるかを示すには、カスタム モデルに対してさらに多くの作業を行う必要があります。 モデルには共通パラメータのみが含まれています。 固有のパラメータは、グループ変数のレベルによって異なります。
参照してくださいこのページそして一番下のメモ。
JMPプロはありますか？ Functional Data Explorer を試したことがありますか?
Re: GraphBuilder および/または Analyze (スクリプトを使用) を使用した非線形回帰のプロットうわー、どれも素晴らしいですね。 私がもともと探していたのは右上隅にある多色散布図でしたが、あなたが作成したグラフとスクリプトには本当に驚かされました。
[分析] オプションを使用すると、必要な値が得られますが、各グラフは別々になっています。 現在使用している設定のスクリーンショットと、「実行」をクリックしてから「信頼限界」をクリックした後の結果を添付しました。
また、Well Position に「by」の代わりに「group」を使用しようとしたときに表示されるエラー メッセージも添付しました。
Re: GraphBuilder および/または Analyze (スクリプトを使用) を使用した非線形回帰のプロットあなたが何を探しているのか正確にはわかりません。偶然、これらのグラフの 1 つがあなたが探しているものを示しているのでしょうか、それとも一度に 1 つだけを実行するグラフのスクリーンショットを投稿してもらえますか?Analyze を使用したとのことですが、そのメニューのどのオプションを選択したのかわかりません。
Graph Builder(
Size( 671, 507 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables(
X( :Model ),
Y( :Normalized Fluorescence ),
Overlay( :Well Position )
),
Elements( Smoother( X, Y, Legend( 12 ) ), Points( X, Y, Legend( 13 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :Well Position ),
Where( :Well Position == {"B2", "B3", "B4"} ),
Display( :Well Position, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) )
)
)
);
Graph Builder(
Size( 671, 543 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables( X( :Model ), Y( :Normalized Fluorescence ), Wrap( :Well Position ) ),
Elements( Points( X, Y, Legend( 9 ) ), Smoother( X, Y, Legend( 11 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :Well Position ),
Where( :Well Position == {"B2", "B3", "B4"} ),
Display( :Well Position, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) )
)
)
);
Graph Builder(
Size( 1308, 384 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables(
X( :Model ),
Y( :Normalized Fluorescence ),
Group X( :Well Position )
),
Elements( Smoother( X, Y, Legend( 12 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :Well Position ),
Where( :Well Position == {"B2", "B3", "B4"} ),
Display( :Well Position, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) )
)
)
);
