Zeichnen einer nichtlinearen Regression mit GraphBuilder und/oder Analyze (mit Skripten)Dieser Beitrag ist ähnlich wie dieser , und ich habe dort einen Kommentar gepostet, aber da der Beitrag 2 Jahre alt ist, wird er möglicherweise nicht gesehen und ich habe Probleme, die Lösung(en) an meine Gleichung anzupassen.
Ich führe eine nichtlineare Regression durch, indem ich das folgende Skript verwende, um die Daten vorzubereiten, und dann die Option „Analysieren“ mit „Normalisierte Fluoreszenz“ als Y-Wert und der Spalte „Modell“ (Formel) als X-Wert (Achsenumkehr) sowie nach Well-Position verwende. Dies geschieht jedoch jeweils nur einzeln. Wenn ich den GraphBuilder verwende, kann ich den Smoother nicht dazu bringen, die Formel zu verwenden. Ich würde gerne alle Diagramme in einem Diagramm haben ODER in einer absolut idealen Einhornwelt jeweils 3 Brunnenpositionen grafisch darstellen (z. B. B2-B4), aber das scheint unrealistisch 
Data Table( "Melt Curve Raw Data" ) << New Column( "Normalized Fluorescence",
formula(
(:Fluorescence - Col Min( :Fluorescence, :Well Position )) / (
Col Max( :Fluorescence, :Well Position )
-Col Min( :Fluorescence, :Well Position ))
)
);
Data Table( "Melt Curve Raw Data" ) << New Column( "Model", Numeric,
"Continuous", Format( "Best", 12 ),
Formula(Parameter({m1 = -60, m2 = 0.2, m3 = -50, m4 = -0.3, m5 = 100000, m6 = 320},
((m1 + m2 * (:Temperature + 273)) + (m3 + m4 * (:Temperature + 273)) * Exp((-m5 / (1.987 *
(:Temperature + 273))) * (1 - (:Temperature + 273) / m6))) /
(1 + Exp((-m5 / (1.987 * (:Temperature + 273))) * (1 - (:Temperature + 273) / m6))))));
Erweiterte statistische ModellierungBetreff: Zeichnen einer nichtlinearen Regression mit GraphBuilder und/oder Analyze (mit Skripten)Du hast es nicht falsch verstanden. Die daraus resultierende Komplexität wird wahrscheinlich eine praktische Grenze schaffen, die die Konvergenz verhindert.
Betreff: Zeichnen einer nichtlinearen Regression mit GraphBuilder und/oder Analyze (mit Skripten)Vielen Dank für die Erläuterung der Anweisungen.Es sieht so aus, als müssten Sie in Ihrem Beispiel alle möglichen Altersstufen eingeben, ist das richtig?Ich verwende 96-Well-Platten, daher habe ich normalerweise etwa 45 Well-Positionen, kann aber auch bis zu 96 haben. Würde ich dann 45 Parameter für alle 6 Variablen (m1-m6) erstellen? Ich glaube, ich verstehe etwas ernsthaft falsch ...
Sie haben in Ihrem anderen Kommentar gefragt, was ich damit machen werde, und es bezieht sich hauptsächlich auf einen Vergleich der Änderung der Enthalpie (m5) und der Schmelztemperatur (m6) für zwei Proteine nach unterschiedlichen Behandlungen.
Betreff: Zeichnen einer nichtlinearen Regression mit GraphBuilder und/oder Analyze (mit Skripten)Lassen Sie mich Ihnen zeigen, wie FDE funktioniert und was es möglicherweise für Sie tun kann. Sie haben noch nicht angegeben, was Sie letztendlich mit den angepassten Kurven machen möchten. Wie werden beispielsweise die Bedingungen in jedem Bohrloch bestimmt? Möchten Sie die Kurven hinsichtlich des Zustands jedes Bohrlochs vergleichen?
Ich habe Ihre Datentabelle geöffnet und Analysieren > Spezialisierte Modellierung > Funktionsdaten-Explorer ausgewählt. Ich übertrage Datenspalten in die folgenden Rollen:
Die Ausgangsplattform zeigt die Daten in einer Überlagerung und einzelnen Funktionen (Kurven). Ich habe oben auf das rote Dreieck geklickt und Modelle > B-Splines ausgewählt.
Die wichtigen Informationen sind die Mittelwertfunktion, die Standardabweichungsfunktion und die funktionalen Hauptkomponenten. Diese FPC erfassen die Einzigartigkeit jeder Kurve relativ zur Mittelwertfunktion. Sie geben Einblick in Ihre Kurven und deren Unterschiede. Die Anzahl der FPCs entspricht der Anzahl der Kurven, aber normalerweise können Sie die meisten davon ignorieren. Die ersten drei FPCs erfassen 99,1 % der Informationen in allen Kurven.
Sie können sich die FPCs als Archetypen Ihrer Kurven vorstellen. Das heißt, sie sind die wesentlichen Merkmale, die kombiniert werden können, um eine der Kurven zu erzeugen. Sie können die FPCs als Antwort oder Faktor verwenden. Mit anderen Worten: Wie bestimmen die Faktorniveaus, die sich über die Wells hinweg ändern, die Form der Kurve? Oder wie sagt die Form einer Kurve ein anderes Ergebnis voraus?
JMP zeigt zunächst willkürlich alle FPCs mit einem Beitrag von mindestens 1 % an, sodass es in diesem Fall 5 FPCs sind. Ich habe die Zahl auf 3 reduziert und die Funktionszusammenfassungen gespeichert, die die Formeln für die „bedingte“ Antwort enthalten. Jetzt kann ich mit den FPCs machen, was ich will, es sind nur Daten. Ich kann sie im Graph Builder darstellen.
Ich habe Skripte in Ihrer ursprünglichen Datentabelle und der mit den Funktionszusammenfassungen gespeichert und die neuen Datentabellen unten angehängt.
Betreff: Zeichnen einer nichtlinearen Regression mit GraphBuilder und/oder Analyze (mit Skripten)Sie haben diese Funktion nicht korrekt verwendet. Der Absatz in der Hilfe ist korrekt, aber vielleicht etwas mehrdeutig. Hier ist der richtige Weg, Schritt für Schritt. Ich verwende Big Class, um ein einfaches Exponentialmodell für :weight versus :height mit :age als Gruppierungsvariable (:weight = A*Exp( B*height) ) anzupassen.
Fügen Sie eine neue Datenspalte für das Modell hinzu. Fügen Sie der Datenspalte eine Formel für das Modell hinzu. Definieren Sie die Parameter.
Klicken Sie auf OK und wählen Sie die Gruppierungsvariable aus.
Wiederholen Sie diesen Schritt für die anderen Parameter, die nicht für alle Kurven gelten. Bauen Sie das Modell. Wählen Sie die Parameter nach Bedarf aus. Hier ist das gruppierte Exponentialmodell.
Speichern Sie die Formel und starten Sie Nonlinear.
Klicken Sie auf OK, um mit der Anpassung zu beginnen.
Ich befürchte jedoch, dass die Parametrisierung in Ihrem Modell zu einer hohen Korrelation zwischen den Schätzungen führen wird. Diese Korrelation wird durch die Einführung der Gruppierungsvariablen verstärkt, insbesondere angesichts der Anzahl der Gruppen. Eine Alternative besteht also darin, das Originalmodell zu verwenden und die Kurven-ID in der Rolle „Nach“ zu verwenden. Auf diese Weise können Sie jede Kurve einzeln anpassen.
Wenn Sie hingegen nicht an dieses Modell gebunden sind, dann ist die FDE ein anderer Weg. Es nutzt eine Erweiterung von Basisfunktionen zur Modellierung der Daten. Dies sind generische Interpolatoren.
Betreff: Zeichnen einer nichtlinearen Regression mit GraphBuilder und/oder Analyze (mit Skripten)Hallo Mark!
Vielen Dank für Ihre Antwort.Ja, ich habe JMP Pro, aber den Functional Data Explorer habe ich noch nicht ausprobiert. Ich werde heute versuchen, darüber zu lesen. Vielen Dank für den Vorschlag.
Ich habe den von Ihnen verlinkten Absatz über die Verwendung des Kontrollkästchens „In Kategorien erweitern“ gesehen. Ich habe dies als 7. Parameter hinzugefügt und auf der Seite „Analysieren“ wurde alles in einem Diagramm grafisch dargestellt (großartig!), mir wurden jedoch nur Werte für eine Zeile angezeigt. Habe ich die Option „In Kategorien erweitern“ falsch verwendet? Hätte ich es zu einem meiner ursprünglichen 6 Parameter hinzufügen sollen?
Betreff: Zeichnen einer nichtlinearen Regression mit GraphBuilder und/oder Analyze (mit Skripten)Der nichtlineare Startdialog vereinfacht die Situation zu sehr. Sie müssen mehr am benutzerdefinierten Modell vornehmen, um anzugeben, wie sich die Gruppenvariable auf die Parameter auswirkt. Ihr Modell enthält nur allgemeine Parameter. Die eindeutigen Parameter hängen von den Ebenen der Gruppenvariablen ab.
Bitte sehen diese Seite und die Notiz unten.
Haben Sie JMP Pro? Haben Sie den Functional Data Explorer ausprobiert?
Betreff: Zeichnen einer nichtlinearen Regression mit GraphBuilder und/oder Analyze (mit Skripten)Wow, die sind alle großartig. Das, wonach ich ursprünglich gesucht habe, war das mehrfarbige Streudiagramm in der oberen rechten Ecke, aber ich bin völlig überwältigt von den Grafiken und dem Skript, die Sie erstellt haben.
Wenn ich die Option „Analysieren“ verwende, erhalte ich die benötigten Werte, aber jedes Diagramm ist separat. Ich habe Screenshots der Einstellungen angehängt, die ich derzeit verwende, zusammen mit den Ergebnissen, nachdem ich auf „Los“ und dann auf „Konfidenzgrenzen“ geklickt habe.
Ich habe auch die Fehlermeldung angehängt, die ich erhalte, wenn ich versuche, „Gruppe“ anstelle von „Nach“ für die Well-Position zu verwenden.
Betreff: Zeichnen einer nichtlinearen Regression mit GraphBuilder und/oder Analyze (mit Skripten)Ich kann nicht genau sagen, wonach Sie suchen. Zeigt zufällig eines dieser Diagramme, was Sie suchen, oder können Sie einen Screenshot des Diagramms posten, das jeweils nur eines anzeigt?Sie sagten, Sie hätten „Analysieren“ verwendet, aber ich bin mir nicht sicher, welche Option in diesem Menü Sie ausgewählt haben.
Graph Builder(
Size( 671, 507 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables(
X( :Model ),
Y( :Normalized Fluorescence ),
Overlay( :Well Position )
),
Elements( Smoother( X, Y, Legend( 12 ) ), Points( X, Y, Legend( 13 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :Well Position ),
Where( :Well Position == {"B2", "B3", "B4"} ),
Display( :Well Position, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) )
)
)
);
Graph Builder(
Size( 671, 543 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables( X( :Model ), Y( :Normalized Fluorescence ), Wrap( :Well Position ) ),
Elements( Points( X, Y, Legend( 9 ) ), Smoother( X, Y, Legend( 11 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :Well Position ),
Where( :Well Position == {"B2", "B3", "B4"} ),
Display( :Well Position, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) )
)
)
);
Graph Builder(
Size( 1308, 384 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables(
X( :Model ),
Y( :Normalized Fluorescence ),
Group X( :Well Position )
),
Elements( Smoother( X, Y, Legend( 12 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :Well Position ),
Where( :Well Position == {"B2", "B3", "B4"} ),
Display( :Well Position, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) )
)
)
);
